1. 질의내용 요약

○ 중소기업을 영위하고 있는 거주자가 중소기업청과 기술혁신개발사업협약을 체결하고 중소기업청으로부터 기술개발비를 일부 지원 받아 기술개발사업을 수행함에 있어서

1. 정부출연금의 세무상 처리 방법 및 총수입금액 산입 여부

2. 정부출연금의 기술개발비 세액공제 대상 여부 및 정부출연금이 총수입금액에 산입된다면 제조업의 사업소득에 포함되어 조세특례제한법 제7조의 감면소득에 해당하는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제39조 【총수입금액과 필요경비의 귀속연도등】

① 거주자의 각 연도의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 연도로 한다. (1994. 12. 22 개정)

② 거주자가 매입ㆍ제작 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다. (1994. 12. 22 개정)

③ 거주자가 각 과세기간의 소득금액을 계산함에 있어서 총수입금액과 필요경비의 귀속연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다. (1998. 12. 28 개정)

④ 제1항의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도, 제2항의 취득가액의 계산이나 기타 자산ㆍ부채등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22 개정)

○ 소득세법시행령 제51조 【총수입금액의 계산】

③ 사업소득에 대한 총수입금액의 계산은 다음 각호에 의한다.

4. 사업과 관련하여 무상으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 발생하는 부채의 감소액은 총수입금액에 이를 산입한다. 다만, 법 제26조 제2항의 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 조세특례제한법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】 (2000. 12. 29 제목개정)

① 내국인(대통령령이 정하는 부동산업 및 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비” 라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다. (2000. 12. 29 개정)

1. 당해 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4연간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법 (2000. 12. 29 개정)

2. 당해 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법 (2000. 12. 29 개정)

○ 조세특례제한법시행령 제9조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】 (2000. 12. 29 제목개정)

① 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 부동산업 및 소비성서비스업”이라 함은 제130조 제1항의 규정에 의한 부동산업과 동조 제2항의 규정에 의한 소비성서비스업을 말한다. (2000. 12. 29 개정)

② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용” 이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. (2000. 12. 29 개정)

○ 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】 (2000. 12. 29 제목개정)

① 제조업, 광업, 건설업, 운수업(물류산업과 여객운송업을 말한다. 이하 이 조에서 같다), 어업, 도매업, 소매업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업(이하 이 조에서 “의료업” 이라 한다), 대통령령이 정하는 자동차정비공장을 운영하는 사업(이하 이 조에서 “자동차정비업” 이라 한다), 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(동법 제44조의 2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재생처리하는 경우를 포함한다) 및 수질환경보전법에 의한 폐수처리업을 영위하는 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각호의 구분에 의한 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. (2000. 12. 29 개정)

1. 대통령령이 정하는 수도권(이하 이 조에서 “수도권” 이라 한다)안에서 중소기업을 영위하는 내국인중 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업” 이라 한다) : 100분의 20(도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업을 영위하는 소기업은 100분의 10) (2000. 12. 29 개정)

2. 수도권외의 지역에서 중소기업을 영위하는 내국인 : 100분의 30(도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업을 영위하는 중소기업은 100분의 10) (2000. 12. 29 개정)

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. (1998. 12. 28 개정

나. 유사 사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 소득46011-24,2001.02.27

【질의】

본인은 제조업체로서 2000년도에 중소기업청과 기술혁신개발사업에 관한 협약을 체결하였음. 협약내용에 따라 정부출연금 6천만원을 2000년도 중에 2회에 걸쳐 모두 수령하였음. 그러나 당해 과제가 성공으로 판명시에는 30%를 반환하는 조건임. 정부출연금을 수령할 때 이를 어떻게 처리하는지에 대하여 다음과 같은 이견이 있어 질의함.

<갑설> 정부출연금 6천만원을 일단 영업의 수익으로 처리하여 수익으로 인식하고, 향후 동 과제가 성공으로 판정되어 30%를 반환할 때 반환액을 손비로 처리함.

<을설> 정부출연금 6천만원은 수령하였으나, 70%는 성패여부에 상관없이 당사에 귀속되는 것이므로 ‘확정된’ 것이라고 보아 영업외 수익으로 처리함. 그러나 30%(1,800만원)는 성패여부에 따라 그 귀속이 달라지므로 이를 단기채무로 설정하는 것이 옳음.

【회신】

거주자의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도는 소득세법 제39조의 규정에 의하여 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 연도로 하는 것이므로 정부로부터 출연금을 지급받은 경우와 정부에 기술료를 납부하는 경우의 총수입금액 및 필요경비 귀속연도는 각각 정부로부터 출연금의 교부통지 또는 기술료의 납부통지를 받은 날이 속하는 과세기간으로 하는 것임.