1. 질의내용 요약
<중소기업에 대한 특별세액감면의 추정 여부>
본인은 의사로서 수년 전부터 혼자서 개인병원을 운영하여 왔으며, 그러던 중 2002년 1월 2일자로 이전과 동일 사업장에서 후배의사와 공동으로 병원을 개원하였으며, 물론 공동사업자의 사업자등록번호는 개인병원 때와 동일하나, 이 경우에 2001년 귀속 소득세 신고시 신청한 중소기업에 대한 특별세액감면은 부인되고 감면세액을 추징되어야 하는지 여부에 대하여 질의합니다.
(갑설)
공제받은 세액 상당액을 공동병원에서 2002년 이후에 고정자산에 대한 투자나 장기차입금의 상환에 사용한다면 조세특례제한법 제145조 제5항과 같은법 제146조 제4호에 의거하여 정당하게 집행되었으므로 조세특례제한법 제7조에 의한 중소기업에 대한 특별세액감면은 정당하게 인정되어야 하므로 이를 추징할 수 없다
(이유)
개인사업자에서 공동사업자로 변경되었다고 하더라도 동일 사업장에서 동일 사업자번호로 계속하여 사업을 영위하고 있으므로 사업을 폐업하였다고 볼 수 없기 때문이다.
(을설)
공제받은 세액 상당액을 공동병원에서 2002년 이후에 고정자산에 대한 투자나 장기차입금의 상환에 사용한다 하더라도 조세특례제한법 제145조 제5항과 같은법 제146조 제4호에 의거하여 정당하게 집행되지 아니하였으므로 조세특례제한법 제7조에 의한 중소기업에 대한 특별세액감면을 부인하고 추징되어야 한다.
(이유)
개인사업자에서 공동사업자로 지위가 변경되었으므로 개인사업자일 때 혜택을 받은 중소기업에 대한 특별세액감면 상당액을 조세특례제한법 제145조 제5항과 같은법 제146조 제4호에 의거하여 개인사업자일 때 당하게 집행되지 아니하였기 때문이다.
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
○ 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】
① 제조업, 광업, 건설업, 운수업(물류산업과 여객운송업을 말한다. 이하 이 조에서 같다), 어업, 도매업, 소매업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 종자 및 묘목생산업, 축산업, 의료법에 의한 의료기관을 운영하는 사업(이하 이 조에서 “의료업” 이라 한다), 대통령령이 정하는 자동차정비공장을 운영하는 사업(이하 이 조에서 “자동차정비업” 이라 한다), 폐기물관리법에 의한 폐기물처리업(동법 제44조의 2의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재생처리하는 경우를 포함한다) 및 수질환경보전법에 의한 폐수처리업을 영위하는 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각호의 구분에 의한 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. (2001. 12. 29 개정)
1. 대통령령이 정하는 수도권(이하 이 조에서 “수도권” 이라 한다)안에서 중소기업을 영위하는 내국인 중 대통령령이 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업” 이라 한다)과 대통령령이 정하는 지식기반산업을 영위하는 중소기업 : 100분의 20(도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업을 영위하는 소기업은 100분의 10) (2001. 12. 29 개정)
2. 수도권외의 지역에서 중소기업을 영위하는 내국인 : 100분의 30(도매업, 소매업, 의료업, 자동차정비업을 영위하는 중소기업은 100분의 10) (2000. 12. 29 개정)
② 1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. (1998. 12. 28 개정)
나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)
○ 소득46011-1705,1995.06.21
조세감면규제법 제7조의 규정을 적용받은 거주자가 감면세액상당액을 동 법시행령 제108조 제4항 및 제5항의 규정에 따라 사용하지 아니하고 폐업하는 경우에는 동법 제124조의 규정에 의하여 이자상당가산액을 포함한 감면세액을 추징하여야 하는 것이므로 폐업연도의 소득에 대하여는 중소제조업에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 없는 것임.
○ 소득46011-1269,1999.04.06
단독으로 사업을 영위하다가 공동사업으로 변경한 경우에 단독사업장은 공동사업으로 변경한 날의 전날에 폐업(또는 승계)한 것으로 보고 소득금액을 계산하는 것임. 공동사업으로 변경후 당해 공동사업장에서 발생한 소득은 그 지분 또는 손익분배의 비율에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 거주자별로 소득금액을 계산하는 것이며, 이 경우 단독사업장 및 공동사업장에 대하여 각각 별개로 장부를 비치ㆍ기장하는 것이므로 일정규모 이상 사업자가 소득세 확정신고시 조정계산서 등을 첨부하여 신고하지 아니한 경우에는 신고불성실가산세를 적용하는 것임.