1. 질의내용

개인사업자가 1999년 귀속분 소득세신고시 조세특례제한법 제64조의 농공단지입주기업등에 대한 세액감면을 받은 후 포괄양수도 방법에 의하여 법인으로 전환한 경우 세법에서 정한 용도로 사용하지 않고 폐업한 것으로 보아 감면세액 추징사유에 해당되는지 여부.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련법령

○ 구 조세특례제한법(법률 제5580호) 제64조 【농공단지 입주기업 등에 대한 세액감면】

① 2000년 12월 31일까지 산업입지및개발에관한법률에 의한 농공단지 중 대통령령이 정하는 농공단지에 입주하여 농어촌소득원개발사업을 영위하는 내국인과 지역균형개발및지방중소기업육성에관한법률 제9조 및 동법 제50조의 규정에 의한 개발촉진지구 및 지방중소기업특별지원지역으로서 대통령령이 정하는 지구ㆍ지역에 입주하여 사업을 영위하는 중소기업에 대하여는 제6조 제1항의 규정을 준용하여 당해 공장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 감면한다. (98.12.28. 개정)

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. (1998. 12. 28 개정)

○ 구 조세특례제한법 제145조(법률 제5580호) 【기업합리화적립금의 적립】

① 제5조 내지 제7조, 제10조 내지 제12조, 제24조 내지 제27조, 제31조 제4항 내지 제6항, 제32조 제4항, 제34조, 제37조, 제62조 내지 제65조, 제68조, 제94조, 제101조, 제103조, 제126조와 부칙 제11조 및 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다) 내지 제4항의 규정에 의하여 세액공제ㆍ세액감면 또는 소득공제(이하 이 조에서 ″감면 등″이라 한다)를 적용받고자 하는 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받고자 하는 세액(소득공제를 받고자 하는 경우에는 그 공제받고자 하는 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 공제받고자 하는 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액(이하 ″감면세액상당액″이라 한다)을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다. (98.12.28. 개정)

② 제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 경우에는 당해 사업연도후 대통령령이 정하는 이익(이하 “처분가능이익” 이라 한다)이 최초로 발생하는 사업연도의 이익금처분시까지 이를 적립할 수 있다. (1998. 12. 28 개정)

③ 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하는 경우에는 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 당해 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 하며, 당해 금액은 법인세법 제64조의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. (98.12.28. 개정)

④ 제1항ㆍ제2항 및 제6항의 규정에 의한 기업합리화적립금은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 제외하고는 이를 계속하여 적립하여야 한다. (98.12.28. 개정)

⑤ 제1항의 규정에 의한 감면 등을 받은 거주자는 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 그 소득금액에 대한 소득세상당액)에서 공제받은 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 고정자산에 대한 투자나 장기차입금의 상환에 사용하여야 한다. (98.12.28. 개정)

⑥ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 법인전환소기업의 경우 법인전환일부터 3년 이내에 종료하는 사업연도에 감면 등을 받고 당해 감면세액상당액을 법인전환일부터 4년 이내에 종료하는 사업연도(이하 ″특례기간″이라 한다)까지 제5항의 규정을 준용하여 고정자산에 대한 투자나 장기차입금의 상환에 사용한 금액은 기업합리화적립금으로 적립하여 사용한 것으로 본다. 다만, 감면세액상당액 중 특례기간 내에 사용하지 못한 금액은 특례기간종료일이 속하는 사업연도에 기업합리화적립금으로 적립하여야 하며, 적립하지 아니한 법인전환소기업에 대하여는 제2항 및 제3항의 규정을 준용한다. (98.12.28. 개정)

○ 구 조세특례제한법(법률제5580호)제146조【감면세액의추징】

제145조 제1항의 규정에 의한 감면 등을 받은 내국인에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 당해 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 그 각호에 규정하는 금액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다. (98.12.28. 개정)

1. 제145조 제1항의 규정에 의한 감면 등을 받은 법인이 동조 제2항 및 제6항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 경우: 감면세액상당액 중 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 금액

2. 제145조의 기업합리화적립금을 동조 제4항에 규정된 방법에 의하지 아니하고 처분한 경우: 처분한 당해 기업합리화적립금상당액

3. 제5조, 제11조, 제24조 내지 제27조, 제62조 제1항ㆍ제2항, 제65조 제2항, 제94조, 제103조, 제126조 및 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 동조의 규정에 의하여 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 종료일부터 3년이 경과되기 전에 당해 자산을 처분한 경우(대통령령이 정하는 경우를 제외한다): 당해 자산에 대한 세액공제액상당액

4. 제145조 제1항의 감면 등을 받은 거주자가 제145조 제5항의 규정에 의하여 사용하여야 할 금액 중 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 경우(사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 의하여 법인으로 전환하는 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다): 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 금액

○ 구 조세특례제한법시행령(대통령령 제15969호) 제137조【기업합리화적립금의 적립 등】

⑩ 법 제146조 제4호에서 ″대통령령이 정하는 경우″라 함은 현물출자 또는 제9항의 규정에 의한 사업양수도방법에 의하여 설립된 법인이 당해 법인의 최초 과세연도의 이익금처분시에 감면세액미사용분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립한 경우를 말한다. 다만, 당해 법인의 최초 과세연도의 이익금처분시까지 소득세법 제70조의 규정에 의한 종합소득과세표준확정신고기한이 경과되지 아니한 과세연도의 감면세액에 대하여는 동 감면세액의 미사용분에 상당하는 금액을 그 다음 과세연도의 이익금 처분시에 기업합리화적립금으로 적립한 경우를 말한다. (98.12.31. 개정)

나. 관련예규

○ 법인46012-1556,1999.04.26

【질의】

당사는 1995년에 농촌지역 농공단지에서 창업한 개인업체임.

1998년에 법인으로 전환하게 되므로서, 5년간 50% 감면이 되는 혜택을 법인전환 후에도 잔여연수 만큼 계속 받는 것으로 알고 있음.

1998년 8월말에 개인업체를 폐업하고 9월에 법인전환하게 되면 1998년도의 세금감면 혜택은 8월까지는 1999년 5월 종합소득세 신고때 개인업체에서 받고, 9월부터 12월까지는 법인결산때 감면혜택을 받을 수 있는지 아니면 법인만 받을 수 있는지에 대하여 질의함.

【회신】

조세감면규제법 제50조의 규정에 의한 농공단지입주기업에 대한 세액감면을 적용받고 있는 개인사업자가 감면기간 중에 같은법 제124조 제4호 단서의 규정에 의하여 법인으로 전환한 경우에는 개인사업자의 법인전환한 과세연도 및 법인기업의 잔존감면기간 동안 세액감면을 받을 수 있는 것임.

이 경우 개인사업자의 감면세액 상당액중 같은법 제123조 제6항의 규정에 의한 고정자산의 투자 등에 사용하지 아니한 금액은 법인이 같은법시행령 제108조 제9항의 규정에 의하여 기업합리화적립금으로 적립하는 경우에 한하여 개인사업자의 감면세액이 추징되지 아니하는 것임.