1. 질의내용 요약

○ 각 사업연도에 2회 이상 자산을 양도하여 양도차손과 양도차익이 각각 발생한 경우 조세특례제한법 제37조 및 같은법 제48조를 적용함에 있어

- 감면비율이 다른 부동산에 대한 특별부가세 계산 ?

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 법인세법 제99조 【과세표준】

① 특별부가세의 과세표준은 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다)

(이하생략)

③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 상속세 및 증여세법에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 법인이 대통령령이 정하는 토지등을 양도하는 경우에 있어서는 당해 토지등을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동법 동조 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.

2. 토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용

⑫ 소득세법 제100조 제1항의 규정은 제1항의 규정에 의한 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. (2000. 12. 29 신설)

○ 법인세법시행령 제140조 【특별부가세의 과세표준계산】

① 법인이 각 사업연도에 2 이상의 자산을 양도한 경우에 있어서 법 제99조 제1항에 의한 특별부가세의 과세표준은 당해 사업연도에 양도한 자산별로 법 제99조 제3항에 의하여 계산한 양도차익을 합산한 금액으로 한다. 이 경우 양도한 자산 중 법 제99조 제3항 제1호 및 제2호의 합계액이 당해 자산의 양도가액을 초과하는 자산이 있는 때에는 그 초과하는 금액을 차감하여 특별부가세의 과세표준을 계산한다.

○ 조세특례제한법 제134조 【특별부가세 감면의 종합한도】

법인이 제43조, 제60조, 제61조, 제63조의 2 제4항, 제69조, 제70조, 제71조, 제77조 내지 제80조, 제84조 제2항 및 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제16조 제2항(동항 제1호 및 제3호를 제외한다)ㆍ제3항 및 제6항의 규정에 의하여 각 사업연도에 감면받을 특별부가세액의 합계액이 대통령령이 정하는 특별부가세산출세액의 100분의 50에 상당하는 금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 다만, 특별부가세산출세액의 100분의 50에 상당하는 금액이 1억원 이하인 경우에는 이를 1억원으로 한다.

○ 조세특례제한법시행령 제128조 【특별부가세 감면의 종합한도】

법 제134조에서 “대통령령이 정하는 특별부가세 산출세액” 이라 함은 당해 사업연도의 특별부가세산출세액의 합계액에서 다음 각호의 금액을 공제한 것을 말한다.

1. 법 제31조, 법 제33조, 법 제35조 내지 법 제37조, 법 제42조, 법 제48조, 법 제50조, 법 제81조 내지 법 제83조, 법 제84조 제1항, 법 제85조 및 법 제97조에 규정하는 소득에 대한 특별부가세 산출세액