1. 질의내용 요약

< 사실관계 >

─ 갑법인【○○(주)】은 토지와 건물을 소유하고 있으며 을회사(○○컨설팅회사)는 위 갑소유의 건물을 철거하고 그 자리에 주상복합건물을 신축ㆍ분양하기로 사업계획을 세우고 병법인【○○건설(주)】을 시공사로 하여 지주 공동사업을 2002.3월부터 추진할 예정임.

─ 토지등 소유자인 갑은 지주공동사업이 원활히 진행되어 주상 복합건물이 성공적으로 분양되겠지만 만의 하나라도 사업의 진행이 원활하지 못하면 커다란 손해가 발생할 우려가 예상되어 갑은 을, 병과 공동연대하여 토지 등에 대하여 서로간의 약정금액대로 보상하여 줄 것을 요구하므로 부득이 수용할 수밖에 없음.

─ 주요 약정내용

ㆍ갑의 업무(토지소유자)

목적사업부지 및 인허가 조건으로 부과되는 기부채납 토지의 제공, 종합토지세 납부, 분양수입금 관리, 청약금 수납 등

ㆍ병의 업무(시공사)

목적사업 건축물의 책임준공, 하자보수와 민원처리, 중도금 대출 관련 업무 협조, 입주관리 및 관리비 부담 등

ㆍ을의 업무(컨설팅회사)

당사 명의의 차입원금 900억원의 상환 및 이자 납부, 분양전 사업추진을 위한 설계비등 조달, 공사 및 기성관리 감독 등.

< 질의내용 >

이 경우 토지 등 소유자인 갑이 2002년 3월 이후에 을, 병과 공동으로 지주공동사업을 추진하는 경우에 특별부가세가 해당되는 지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 법인세법 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례)

① 국토이용관리법 제28조의 규정에 의하여 건설교통부장관이 조사한 당해 지역의 직전 분기의 평균지가가 직전전 분기 대비 100분의3 이상 상승하거나 전년도 동 분기대비 100분의 10이상 상승한 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 소재하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 그 양도로 인하여 발생한 소득(이하 “토지등 양도소득”이라 한다)에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의20)을 곱하여 산출한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

② 다음 각호의 1에 해당하는 토지 등 양도소득에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지 등에 대한 토지등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하는 것입니다.

1. 파산선고에 의한 토지등의 처분으로 인하여 발생하는 소득

2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득

3. 도시개발법 그밖의 법률의 규정에 의한 환지처분등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득

○ 법인세법시행령 제92조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례)

① 법 제55조의 2 제1항에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 지역중 지가가 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 재정경제부령이 정하는 지역을 말한다.

1. 조세특례제한법시행령 별표7에 규정된 대도시권의 지역

2. 개발이익환수에 관한법률 제2조제2호의 규정에 의한 개발사업이 진행중이거나 예정되어 있는 지역 및 그 인근지역

② 중략

③ 법 제55조의2 제2항 제3호에서 “대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 소득을 말한다.

1. 도시개발법 그밖의 법률에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당됨으로써 발생하는 소득, 이 경우 환지처분 및 체비지는 소득세법시행령 제152조의 규정에 의한 것으로 한다.

2. 분할(법 제46조제1항각호 및 법 제47조제1항의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ 현물출자(조세특례제한법 제38조제1항의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ조직변경 및 교환(법 제50조의 요건을 갖춘 것에 한한다)으로 인하여 발생하는 소득

3. 이하생략

○ 조세특례제한법 제38조(현물출자에 대한 과세특례)

① 내국법인이 다음 각호의 요건을 갖춘 현물출자에 의하여 새로운 내국법인(독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 지주회사 및 금융지주회사법에 의한 금융지주회사를 제외하며, 이하 이 조에서 “신설법인” 이라 한다)을 설립하는 경우에는 그 출자로 인하여 취득한 신설법인의 주식가액 중 현물출자로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 손금에 산입하여 과세를 이연받을 수 있다.

1. 신설법인의 설립등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 현물출자할 것 (1999. 12. 28 신설)

2. 주식 또는 대통령령이 정하는 자산을 현물출자할 것 (1999. 12. 28 신설)

* 대통령이 정하는 자산 : 토지 및 건축물

나. 유사예규 (예규, 심사, 심판, 행정소송)

○ 법인46013-1931,1996.07.08외 다수

【질의】

이웃에 연접하여 보유하고 있는 3개 회사의 공장부지에 주택건설사업을 3사가 일시에 진행하고자 함.

이때 이에 필요한 사항들을 묶어 약정서를 작성하기로 합의하였는데 이에 대하여 동 약정서는 공동사업이므로 법인세 특별부가세가 부과된다는 설과 그렇지 않다는 설이 있어 질의함.

【회신】

귀 질의의 경우 법인이 소유하고 있는 부동산을 공동사업에 출자하면서 당초지분의 변동 등 당해 자산이 사실상 이전되는 경우는 법인세법 제59조의 2 제2항의 규정에 의하여 출자한 자산의 등기여부에 불구하고 당해자산이 양도된 것으로 보는 것임.