1. 질의사항

○ ○○시가 전액 출자한 ○○시○○공사가 ´89.3.23. ○○시와의 협약에 따라 ○○시의 주택사업, 택지 개발사업 등을 대행하면서 동 대행사업비를 ○○시로부터 미리 수령, 사용해 왔으며

- 동 사업의 단위사업별로 ○○시에 예산 집행 현황을 보고하고, 차액을 정산하는 등 그 절차도 거쳤으나

- ´98년 감사원의 ○○공사에 대한 감사시 ○○시부터 수령한 대행사업비(자금)에서 발생한 이자수익이 ○○공사의 자체자금에 대한 발생수익이 아닌데도 이를 ○○시에 반납하지 아니하고 ○○공사의 이자수익으로 계상하여 ○○시에 반납하지 아니하였다는 감사 지적이 있어 ○○시의 반납지시(´99년)에 의거, ´89년~´97년까지 ○○공사가 이자수익으로 계상하였던 수입이자를 전액 ´99년에 반납하였음

- 이후 ´99.7.21. 위 감사원의 지적사항에 따른 후속조치로서 ○○공사와 ○○시간에 당초 이자수익의 반납 유무에 대한 약정내용이 불분명하였던 것을 그 귀속의 주체를 분명히 하는 기준을 마련, ○○시에 귀속되는 것으로 재약정을 체결하였음

(질의 1) 위와 같은 경우 ○○공사가 ´89년~´97년분 이자수익중 부과제척기간이내의 이자수익을 ´99년 당해 법인의 손금으로 처리하였던바, 세무상 인정되는 것인지

(질의 2) 만약, 반납한 이자수익이 ´99년 귀속 손금으로 볼 수 없다면 세무서장의 경정시 해당 각 사업연도의 이자수익을 익금불산입 사항으로 하여 경정처분하는 것이 타당한지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련규정 등

○ 지방공기업법시행령 제63조제1항ㆍ제2항ㆍ제3항

① 지방자치단체의 사업을 공사로 하여금 대행하고자 하는 경우 위탁계약에 의함

② 공사가 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 지방자치단체는 다음의 경비를 부담하여야 함

ㆍ사업집행에 따른 시설비ㆍ인건비 및 부대경비

ㆍ사업의 대행에 따른 대행수수료

ㆍ기타 사업집행상 필수적으로 소요되는 경비

③ 공사가 그 대행사업을 종료한 때에는 지체없이 지방자치단체가 부담한 비용을 정산하여야 함

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 법인46012-4330, 1999.12.17

국가에 납품한 대가를 원가계산 잘못 등으로 과다하게 지급받은 사실이 발견되어 그 계약조건에 따라 국가에 반환하는 금액은 그 금액이 확정된 날에 손금산입함.

○ 법인1264-1519, 1982.5.17

전기손익수정손익은 조세의 부담을 부당히 감소시킬 목적이 없는 한 손금 계상한 연도에 손금 또는 익금에 산입할 수 있음

○ 법인46012-2442, 1999.6.29

고객이 예탁한 예금중 소멸시효가 완성된 예금을 익금에 산입한 은행이 당해 고객의 청구에 의하여 이미 익금에 산입한 금액을 지급하는 경우에 동 금액은 그 지급일이 속하는 사업연도의 손금에 산입하는 것임

○ 심사법인99-459. 2000.2.25

손금의 귀속연도 착오로 비용을 발생한 사업연도에 손금으로 계상하지 않고, 지급한 사업연도의 손금으로 계상하였다 하더라도, 세금을 미리 낸 결과가 되고, 조세를 부당히 감소시킬 목적으로 이루어 진 것이 아닌 경우, 기간손익을 확정된 사업연도로 다시 귀속시켜 과세할 때에 이미 부과제척기간이 경과된 사업연도의 손금의 경우 당초 신고내용과 같이 지급일에 손금산입을 인정하는 것이 과세의 합목적성과 과세 형평상 합당하다 할 것임(같은 뜻 심사법인 99-37, 1999.4.9)