1. 질의내용 요약

《사실관계》

- 사업연도가 1년(1월 1일부터 12월 31일)이고 수익사업을 영위하지 아니하던 비영리법인이 2001년 5월 1일 소유 부동산을 양도하고 법인세법 제103조 및 같은법 제104조의 규정에 의하여 적법하게 “비영리내국법인의 양도소득과세표준 예정신고를 하고 자진납부”를 하였음

- 2001년 10월 1일에 당해 비영리법인이 법인세법시행령 제2조제1항에 규정된 수익사업을 개시하였음

《질의내용》

수익사업개시전에 이미 신고ㆍ납부한 비영리내국법인의 양도소득과세표준 예정신고의 효력 및 자진납부세액의 세무상 처리방법에 대하여 질의함

(갑설) 당해 법인이 신고ㆍ납부한 비영리내국법인의 양도소득과세표준 예정신고로 당해 부동산이 양도에 대한 납세의무가 종결되는 것임

(을설) 당해 법인이 신고ㆍ납부한 비영리내국법인의 양도소득과세표준 예정신고는 국세기본법 제45조의 2에 규정에 의하여 경정청구를 하고, 이와는 별도로 부동산의 양도에 대하여 법인세법 제60조에 의한 법인세와 같은법 제102조에 의한 특별부가세를 신고ㆍ납부하여야 함

(병설) 당해 법인이 부동산의 양도에 대하여 법인세법 제60조에 의한 법인세와 같은법 제102조에 의한 특별부가세를 신고ㆍ납부하여야 하고, 이 경우 비영리내국법인의 양도소득과세표준 예정신고시 이미 납부한 세액은 기납부세액으로 공제함과 동시에 예정신고납부세액 공제받은 금액도 기납부세액으로 공제할 수 있음

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 법인세법 제102조 【신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수】

① 제99조의 규정에 의한 특별부가세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 토지등의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 청산소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 기타의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항의 규정을 준용한다.

② 생략

③ 소득세법 제99조의 규정은 제2항의 규정에 의한 기준시가의 계산에 관하여 이를 준용한다. (2000. 12. 29 신설)

○ 법인세법 제103조 【비영리내국법인의 부동산등 양도소득에 대한 특례】

① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 대통령령이 정하는 수입에서 생기는 소득(이하 “부동산등 양도소득” 이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (1998. 12. 28 개정)

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 부동산등 양도소득에 대하여는 제99조 및 제101조의 규정에 불구하고 소득세법 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 특별부가세로 납부하여야 한다. (1998. 12. 28 개정)

③ 제2항의 규정에 의한 특별부가세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 제102조의 규정을 준용한다. (1998. 12. 28 개정)

④ 제1항 내지 제3항에 규정하는 부동산등 양도소득에 대한 특례의 적용방법 및 과세표준 등의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28 개정)

○ 법인세법 제104조 【비영리내국법인의 양도소득과세표준의 예정신고 등】

① 비영리내국법인이 제103조 제2항의 규정에 의하여 계산한 특별부가세는 소득세법 제105조 내지 제108조의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조 및 제112조의 2의 규정은 이를 준용한다. (2000. 12. 29 개정)

② 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준 예정신고를 한 비영리내국법인의 경우에는 제103조 제3항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법 제110조 제4항 단서의 규정에 해당하는 경우에는 제103조 제3항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. (2000. 12. 29 개정)

○ 법인세법시행령 제145조 【비영리내국법인의 양도소득에 대한 특례】

① 법 제103조 제1항에서 “대통령령이 정하는 수입에서 생기는 소득” 이라 함은 토지ㆍ건물과 법 제99조 제1항 제4호 가목의 규정에 의한 자산 및 이 영 제139조 제10항의 규정에 의한 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득을 말한다. (2000. 12. 29 개정)

② 법 제103조의 규정에 의한 부동산 등 양도소득에 대한 특례는 제1항의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제103조의 규정을 적용하지 아니한다. (1998. 12. 31 개정)

③ 비영리내국법인이 법 제104조의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제102조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다. (2000. 12. 29 개정)

④ 법 제104조 제1항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하는 경우에는 재정경제부령이 정하는 양도소득과세표준예정신고서를 제출하여야 한다. (2000. 12. 29 개정)