1. 질의내용 요약

≪사실관계≫

농업협동조합법에 의하여 설립된 단위조합입니다.

1. 당해 법인이 2000.12.14.농어민지원시설인 토지(면적 264㎡, 양도가액 8,000,000원)를 양도하였습니다.

2. 2000.12.30. 농어민지원시설에 사용하기 위하여 토지(면적 3,075㎡,양도가액 106,583,560원)을 취득하였습니다.

3. 2001.05.17. 농어민지원시설인 토지(면적 1,084㎡, 건물 139.78㎡, 양고가액 270,000,000원)를 양도하였습니다.

당해 법인은 2000.12.14. 토지 양도에 대하여 조세특례제한법(2000. 12.29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것) 제84조의 규정에 의하여 특별부가세를 과세이연 하였습니다.

≪질의사항≫

당해 법인이 2001.5.17. 양도한 농어민지원시설인 토지의 양도차익에 대하여 조세특례제한법 제84조의 규정에 의하여 특별부가세를 감면할 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제84조 【농업협동조합 등에 대한 손금산입 특례】의 구법:1999.12.28 법률 제6045호, 개정 제84조 【농업협동조합 등에 대한 특별부가세 등의 감면 등】

① 농업협동조합법ㆍ수산업협동조합법 또는 임업협동조합법에 의하여 설립된 각 조합(어촌계 및 산림계를 포함한다. 이하 이 조에서 같다.)과 조합 또는 이들 조합과 중앙회가 상호간에 토지 등을 2000년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 면제한다. (1999. 12. 28 개정)

② 제1항의 규정에 의한 조합ㆍ중앙회 또는 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의하여 설립된 농업기반공사가 5년 이상 계속하여 사용한 대통령령이 정하는 농어민 등 지원시설(이하 이 조에서 “종전시설” 이라 한다)을 새로운 시설(이하 이 조에서 “신시설” 이라 한다)로 이전하기 위하여 종전시설을 양도하는 경우 당해 종전시설의 양도에 대하여는 제71조 제1항 내지 제4항의 규정을 준용한다. 이 경우 “공장” 은 “시설” 로, “신공장” 은 “신시설” 로, “구공장” 은 “종전시설” 로 각각 한다. (1999. 12. 28 개정)

③ (생략)

○ 조세특례제한법 제84조【농업협동조합 등에 대한 손금산입 특례】의 구법:2000.12.29 법률 제6297호, 개정 제84조 【농업협동조합 등에 대한 특별부가세 등의 감면 등】

① 농업협동조합법ㆍ수산업협동조합법 또는 산림조합법에 의하여 설립된 각 조합(어촌계 및 산림계를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합 또는 이들 조합과 중앙회가 상호간에 토지 등을 2003년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 면제한다. (2000. 12. 29 개정)

② 제1항의 규정에 의한 조합ㆍ중앙회 또는 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의하여 설립된 농업기반공사가 5년 이상 계속하여 사용한 대통령령이 정하는 농어민 등 지원시설(이하 이 조에서 “종전시설” 이라 한다)을 새로운 시설(이하 이 조에서“신시설” 이라 한다)로 이전하기 위하여 2003년 12월 31일 이전에 종전시설을 양도하는 경우 당해 종전시설의 양도에 대하여는 제71조 제1항 내지 제4항의 규정을 준용한다. 이 경우 “공장” 은 “시설” 로, “신공장” 은 “신시설” 로, “구공장” 은 “종전시설” 로 각각 한다. (2000. 12. 29 개정)

③ (생략)

○ 조세특례제한법 제84 【농업협동조합 등에 대한 손금산입 특례】 (2001. 12. 29 제목개정)

① 농업협동조합법ㆍ수산업협동조합법 또는 산림조합법에 의하여 설립된 각 조합(어촌계 및 산림계를 포함한다)과 그 중앙회가 농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률에 의한 유통자회사에 2003년 12월 31일 이전에 토지 등을 현물출자함으로써 발생하는 자산의 양도차익은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 대통령령이 정하는 바에 의하여 이를 손금에 산입할 수 있다. (2001. 12. 29 개정)

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 손금산입대상 양도차익의 계산, 현물출자에 관한 명세서 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2001. 12. 29 개정)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규 등)

○ 제도46013-431(2000.11.22)

【질의】

○○은행이 5년 이상 농민지원시설로 사용하던 시설을 양도함에 있어, 새로운 농민지원시설을 양도시기 전후에 나누어 취득하는 경우에도 종전의 농민지원시설 양도에 따른 특별부가세 과세이연 등을 받을 수 있는지 여부

【회신】

○○은행이 5년 이상 농민지원시설로 사용하던 시설을 양도하는 경우에는 조세특례제한법 제71조 제1항의 규정에 의하여 신시설을 취득ㆍ이전하여 사업을 개시한 날로부터 2년 이내에 종전시설을 양도하거나, 종전시설을 양도한 날부터 1년(신시설 준공은 3년) 이내에 신시설을 취득하여 사업을 개시하는 경우에는 종전시설 양도에 따른 특별부가세 과세이연 등을 받을 수 있음.