1. 질의내용 요약

《사실관계》

사회복지사업법에 의하여 설립되어 고유목적사업으로 보육시설을 운영하는 사회복지법인이 보육인원의 감소(정원120명 중 40명 수용)로 인하여 운영에 어려움이 겪고 있던 중 보육원의 토지 및 시설이 택지개발지구로 편입되어 토지보상금을 받았고 동 부동산의 양도에 대하여 조세특례제한법(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제82조 제1항 제1호의 규정에 의하여 특별부가세를 감면받았습니다.

부동산 양도시 당해 비영리법인은 육아시설운영사업을 하기가 곤란하여 주무부서의 정관변경에 대한 인가를 받아 육아시설운영사업을 고유목적사업에서 제외하였습니다. 그 후 당해 법인은 동 토지보상금을 “동 재산에 상응하는 부동산을 매입하거나 금융기관에 예치”하라는 기본재산처분허가를 얻어 동 토지보상금을 금융기관에 예치하고 그 이자수입을 고유목적사업에 사용하였습니다.

《질의사항》

당해 사회복지법인이 동 토지보상금을 금융기관에 예치하고 그 이자수입을 고유목적사업에 사용하는 경우 그 금융기관에 예치한 금액이 비영리법인이 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부?

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제82조 【사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제】(삭 제, 2001. 12. 29)

① 2003년 12월 31일 이전에 다음 각호의 1에 해당하는 토지 등을 당해 법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다. (2000. 12. 29 개정)

1. 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이 그 고유목적에 3년 이상 직접 사용한 토지 등 (1998. 12. 28 개정)

2. - 6. (생략)

② 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 그 고유목적사업에 사용하지 아니한 때에는 당해 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 특별부가세로 납부하여야 한다. (2000. 12. 29 개정)

③ 제1항의 규정에 의하여 면제받은 세액을 제2항의 규정에 의하여 납부하는 경우에는 제33조 제4항의 규정을 준용한다. (2000. 12. 29 개정)

④ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 면제신청을 하여야 한다. (1998. 12. 28 개정)

○ 조세특례제한법시행령 제77조 【사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제】

① 법 제82조 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 그 면제신청서류에 의하여 고유목적사업에 사용할 목적으로 토지등을 양도하는 것이 확인되는 경우에 한한다. (1998. 12. 31 개정)

② (생략)

③ 법 제82조 제2항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 그 고유목적사업에 사용하지 아니한 때” 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다. (1998. 12. 31 개정)

1. 양도금액을 고유목적사업외의 목적에 사용한 때 (1998. 12. 31 개정)

2. 양도금액을 3년이내에 사용하지 아니한 때. 다만, 부득이한 사유로 인하여 3년이내에 사용할 수 없는 경우로서 1차에 한하여 3년을 넘지 아니하는 범위내에서 납세지 관할세무서장의 사용기한연장승인을 얻은 경우를 제외한다. (1998. 12. 31 개정)

④ 법 제82조 제2항의 규정에 의하여 납부하여야 하는 세액은 면제세액에 제3항 각호의 1에 해당하는 금액이 토지 등의 양도가액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. (2000. 12. 29 개정)

⑤ 법 제82조 제4항의 규정에 의하여 특별부가세의 면제신청을 하고자 하는 자는 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액면제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (1998. 12. 31 개정)

⑥ 법 제82조의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 자가 토지등의 양도금액을 고유목적사업에 사용한 때에는 그 사용일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 고유목적사업사용명세서를 제출하여야 한다. (1998. 12. 31 개정)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규 등)

○ 법인46012-1936(1998.07.14.)

【질의】

사회복지법인이 고유목적사업에 직접 사용한 토지 등을 처분(수용)하여 새로운 고유목적사업용 부동산을 취득하는데 사용하고, 일부는 금융기관에 예치하여 이자수입을 고유목적사업의 운영비로 사용하고 있는 바

- 양도대금중 금융기관의 예치한 예금이 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부

【회신】

사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이 조세감면규제법 제74조의 규정(2001.12.29. 법률 제6538호 개정되기 전의 조세특례제한법 제82조에 해당)에 의하여 고유목적사업에 직접 사용한 토지 등을 양도하고 특별부가세를 감면받은 경우로서 그 양도금액중 3년 이내에 고유목적사업에 사용하지 아니한 금액에 대하여는 감면받은 세액을 추징하는 것임.