1. 질의내용 요약

○ 종합병원을 운영하고 있는 비영리법인이 보건복지부(○○진흥원)로부터 “생식의학 및 불임 유전체 연구”라는 연구개발과제로 국고보조금을 수령한 경우 법인세법상 과세소득 해당여부

o 협약당사자

(갑) : 보건복지부(○○진흥원)

(을) : ○○의대 부속병원

(병) : ○○의대 부속병원 여성의학연구소 (주관 연구책임자)

* 주관연구책임자인 여성의학연구소는 ○○의대 부속병원의 고유목적사업부문으로 의료사업(종합병원)의 고유목적사업준비금으로 운영되고 있는 동일법인임

- 부속병원 : 수익사업부문

- 여성의학연구소 : 고유목적사업부문

o 연구계획

○○의대 부속병원(을)은 국고보조금을 수령하여 민간부담금을 보태어 주관연구책임자인 여성의학연구소(병)에 전액지급하고 동 연구소는 이를 세부연구기관인 자체 및 ○○의대와 △△의대 교수들에게 연구비로 지급할 예정임

질의 1)

국고보조금은 연구개발과제로 국가에서 지원하는 금액이며, 이를 연구하는 기관 또는 의료법인의 고유목적사업부문(비수익사업)인 만큼 법인세법시행령 제2조 제1항 제2호에서 규정하는 “사업서비스업 중 연구 및 개발업”으로 비과세소득 해당여부

질의 2)

만일 의료법인의 과세소득으로 본다면 수익사업부문에서 전출하는 고유목적사업 준비금에 해당되는 바, 비영리법인이 손금에 산입할 수 있는 고유목적사업준비금을 초과하는 금액(소득금액의 50%)에 해당하는 국고보조금은 손금산입이 불가한지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

2. ~ 6. (생략)

○ 법인세법시행령 제2조 【수익사업의 범위】

① 법인세법(이하 “법”이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다.

1. 축산업(축산관련 서비스업을 포함한다)ㆍ조경 및 관련 서비스업 외의 농업

2. 사업서비스업 중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

3. ~ 8. (이하생략)

○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (2001. 12. 31 개정)

1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액

2. 소득세법 제17조 제1항 제5호의 규정에 의한 증권투자신탁수익의 분배금

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 대통령령이 정하는 율을 곱하여 산출한 금액

○ 법인세법시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

③ 법 제29조 제1항 제4호에서 “수익사업에서 발생한 소득”이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금 및 법 제24조 제2항의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제24조 제2항의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다.

④ 법 제29조 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 율”이라 함은 100분의 50을 말한다.

⑤ 법 제29조 제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다.

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 법인46012-4281(1999.12.13)

1. 계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업은 수익사업으로 분류하는 것이며

2. 수익사업과 기타의 사업에 공통으로 사용되는 자산에 대한 감가상각비는 공통손금에 해당되나 당해 자산의 처분으로 인하여 생기는 손익을 수익사업의 개별손익으로 하는 것으로서, 공통손금은 같은법시행규칙 제76조 제6항의 규정에 따라 구분경리 하는 것임.

○ 법인46012-1782(1998.07.02)

정부출연금 등에 의해 연구활동을 하는 특정연구기관육성법에 의한 비영리연구기관이 일반기업체와 계약을 체결하여 당해 연구활동에서 발생한 연구결과를 제공하고 기술료를 받는 경우 당해 기술료가 주무장관이 정하는 용도에만 사용되는 경우에도 동 기술료수입은 법인세법 제1조제1항제1호(현행 제3조제2항제1호)의 수익사업으로 보는 것임.