1. 질의내용

○ 근로소득에 관한 연말정산을 한 후 개인별지급액을 추가지급 또는 회수할 사유가 발생하여 재정산하는 경우 원천징수 방법과 재정산하여 신고할 경우 근로소득원천징수영수증 수정분을 개인별로 작성하여 제출해야 하는지 전산매체로 갈음하여 제출할 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련법령

○ 소득세법 제137조【근로소득세액의 연말정산】

① 주된 근무지의 원천징수의무자가 당해연도의 다음 연도 1월분의 근로소득 또는 퇴직자의 퇴직하는 달의 근로소득을 지급하는 때에는 이를 받는 자의 당해 연도의 근로소득금액 또는 퇴직하는 달까지의 당해 연도의 근로소득금액에서 그 근로소득자가 제140조의 규정에 의하여 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 한 후 이를 종합소득과세표준으로 하여 종합소득산출세액을 계산하고 제134조 제4항 각호의 세액공제를 한 후 당해연도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세를 공제하고 그 차액을 원천징수한다. (96. 12. 30 개정)

② 제1항의 경우에 당해연도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세가 당해 종합소득산출세액에서 제134조 제4항 각호의 세액공제를 한 금액을 초과하는 때에는 그 초과액은 당해 근로소득자에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 환급하여야 한다.

③ 일용근로자 외의 자로서 2인이상으로부터 급여를 받은 자의 종된 근무지의 원천징수의무자가 소득세를 원천징수하는 때에는 종된 근무지에서 지급하는 당해연도의 근로소득금액에 기본세율을 적용하여 계산한 종합소득산출세액에서 당해연도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세를 공제하고 그 차액을 원천징수한다.

○ 소득세법시행령 제201조【근로소득세액 연말정산시의 환급】

① 근로소득세액에 대한 연말정산을 하는 경우에 원천징수의무자가 이미 원천징수하여 납부한 소득세에 과오납이 있어 근로소득자에게 환급하는 때에는 그 환급액은 원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다.

② 제1항의 경우에 원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 소득세가 없는 때에는 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 환급한다. (98. 4. 1 직제개정)

○ 소득세법시행규칙 제93조【원천징수세액의 환급】

① 영 제201조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 원천징수의무자가 환급할 소득세가 있고 원천징수하여 납부할 소득세가 없는 경우에는 다음 달 이후에 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다. 다만, 다음 달 이후에도 원천징수하여 납부할 소득세가 없거나 원천징수하여 납부할 소득세가 환급할 금액에 미달하는 경우에는 원천징수 관할세무서장이 이를 환급한다.

② 제1항 단서의 규정에 의하여 소득세의 환급을 받고자 하는 자는 원천징수세액환급신청서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정은 원천징수의무자가 원천징수하여 납부한 소득세액중 잘못 원천징수한 세액이 있는 경우에 이를 준용한다.

○ 기본통칙 137-1【근로소득을 추가지급한 때의 연말정산】

원천징수의무가 근로소득에 대한 연말정산을 한 후 당해 과세기간의 근로소득을 추가로 지급하는 때에는 추가로 지급하는 때에 근로소득세액의 연말정산을 다시 하여야 한다.

○ 소득세법 제128조【원천징수세액의 납부】

원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 원천징수 관할세무서ㆍ한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.