1. 질의내용

(질의 1)

○ 질의 회사는 중소기업으로서 프랜트사업부와 특수선사업부 및 선박 수리업으로 구성되어 있음

- 프랜트사업부: 국내ㆍ외 대형조선업체로부터 선박구성 부분품 일부를 수주하여 원자재를 직접 구매 또는 일부 사급받아 선박ㆍ선각블록을 제작ㆍ조립하여 납품

- 특수선생산부: 합성수지를 사용하여 특수선으로 건조하는 사업부로서 해군과 육군등에 군사목적용으로 건조ㆍ납품

- 수리선사업부: G/T(GROSS, TON) 6000TON 이하급의 각종 선사ㆍ선박등을 수리ㆍ개조

○ 위와 같은 경우에 자본재산업의 적용 범위에 포함되는지 여부

(질의 2)

○ 자본재산업의 현장기술인력 소득공제 적용시 기업부설 연구소등의 연구원에게만 적용하는지

○ 공장단위로 판단할 경우 이 시행 법률이 고시된 날부터 산업별사업수입금액이 많은 사업을 주된 사업으로 판단하는 것인지 여부

○ 96, 97년에는 프랜트생산부 매출이 많았고, 98, 99년에는 특수선생산부 매출이 많았을 경우 자본재산업의 적용여부를 어떻게 판단하여야 하는지

(질의 3)

○ 질의 회사의 경우 한국표준산업분류표의 세세분류상 자본재산업에 해당하는지

(질의 4)

○ 근로소득원천징수영수증 42번 공제난에 현장기술인력 소득공제 항목이 전산상의 적용 유ㆍ무가 확인되지 않고 있는데 이런 경우 회사에 어떤 책임이 있는지

(질의 5)

○ 질의 회사가 자본재산업에 포함될 경우 관할세무서에 수정신고를 하여 과거 공제가 누락된 4년분에 대하여 전액 환급받을 수 있는 지 여부 및 2000년 12월 31일부로 자본재산업의 현장기술인력 소득공제 시행법률이 폐지되는 것으로 알고 있는데 수정신고를 할 수 있는 법적시효는 언제까지 인지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관계법령

○ 조세특례제한법 제19조 【자본재산업의 현장기술인력에 대한 소득공제】

① 자본재산업을 영위하는 중소기업에 근무하는 근로자 중 대통령령이 정하는 현장기술인력에 대하여는 소득세법 제20조의 규정에 의한 총급여액에서 동법 제12조의 규정에 의한 비과세소득의 금액을 제외한 금액과 2천4백만원 중 적은 금액에 근속연수에 따라 정한 다음의 비율을 곱한 금액을 당해 과세연도의 급여액에서 공제한다. (1998. 12. 28 개정)

      <근속연수> <공제비율>

    3년 이상 7년 미만 100분의 10

    7년 이상 12년 미만 100분의 20

    12년 이상 100분의 30

② 원천징수의무자가 제1항의 규정에 의한 현장기술인력에게 매월분의 근로소득을 지급하는 때에는 제1항의 금액을 차감한 후의 월급여액에 대하여 소득세법 제129조 제3항의 규정에 의한 간이세액표를 적용할 수 있다. (1998. 12. 28 개정)

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 근속연수의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28 개정)

④ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 소득공제신청을 하여야 한다. (1998. 12. 28 개정)

⑤ 제1항 및 제2항의 규정은 2000년 12월 31일 이전에 종료하는 과세기간분에 한하여 이를 적용한다. (1998. 12. 28 개정)

○ 조세특례제한법 시행령 제17조 【자본재산업의 현장기술인력의 범위 등】

① 법 제19조 제1항에서 “대통령령이 정하는 현장기술인력”이라 함은 공장 또는 연구개발전담부서(기술개발촉진법 및 산업기술연구조합육성법에 의하여 과학기술부장관의 인정을 받은 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 근무하는 다음 각호의 1에 해당하는 자를 말한다. (1998. 12. 31 개정)

1. 국가기술자격법에 의한 기술자격중 재정경제부령이 정하는 기술분야의 기술자격소지자 (1998. 12. 31 개정)

2. 당해 기업에 일정기간 이상 근무한 기술직 근로자로서 노동부장관이 재정경제부장관과 협의하여 정하는 기준에 따라 전문기술이나 기능이 있다고 인정하는 자 (1998. 12. 31 개정)

② 법 제19조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 자본재산업에의 해당 여부는 공장단위로 판단한다. 다만, 한 공장에서 자본재산업과 기타 산업을 겸업하는 경우에는 산업별 사업수입금액이 큰 산업을 주된 산업으로 보아 법 제19조 제1항의 규정을 적용한다. (1998. 12. 31 개정)

③ 법 제19조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 근속연수는 입사한 날(퇴직과 재입사가 이루어진 경우에는 최종 입사한 날을 말한다)부터 계산하고 합병, 국세기본법 제41조의 규정에 의한 사업의 양도ㆍ양수, 법 제31조의 규정에 의한 중소기업간의 통합 및 법 제32조의 규정에 의한 법인전환의 경우에는 합병 등으로 소멸한 기업에 근무한 기간을 통산하되, 휴직기간과 공장 및 연구개발전담부서외에서 근무한 기간을 제외한다. (1998. 12. 31 개정)

④ 법 제19조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 제1항 각호의 1에 해당하는 자가 연도 중에 현장기술인력 또는 근속연수의 요건을 충족하여 소득공제를 적용받게 되거나 공제액을 달리하게 되는 때에는 매월의 급여에서 각각의 근속연수에 해당하는 공제액을 공제하고 연말정산에 있어서는 매월에 공제하여야 할 금액의 합계액을 공제한다. (1998. 12. 31 개정)

⑤ 법 제19조 제1항의 규정에 의하여 소득공제를 적용받고자 하는 자는 당해 소득공제가 처음 적용되는 월의 급여를 지급받기 전에 재정경제부령이 정하는 소득공제신청서를 원천징수의무자에게 제출하여야 한다. 근속연수가 달라짐에 따라 공제액에 변동이 있는 경우에도 또한 같다. (1998. 12. 31 개정)

○ 소득세법 시행령 제201조 【근로소득세액 연말정산시의 환급】

① 근로소득세액에 대한 연말정산을 하는 경우에 원천징수의무자가 이미 원천징수하여 납부한 소득세에 과오납이 있어 근로소득자에게 환급하는 때에는 그 환급액은 원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다.

② 제1항의 경우에 원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 소득세가 없는 때에는 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 환급한다. (1998. 4. 1 직제개정)

○ 소득세법 시행규칙 제93조 【원천징수세액의 환급】

① 영 제201조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 원천징수의무자가 환급할 소득세가 있고 원천징수하여 납부할 소득세가 없는 경우에는 다음 달 이후에 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다. 다만, 다음 달 이후에도 원천징수하여 납부할 소득세가 없거나 원천징수하여 납부할 소득세가 환급할 금액에 미달하는 경우에는 원천징수 관할세무서장이 이를 환급한다.

② 제1항 단서의 규정에 의하여 소득세의 환급을 받고자 하는 자는 원천징수세액환급신청서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정은 원천징수의무자가 원천징수하여 납부한 소득세액중 잘못 원천징수한 세액이 있는 경우에 이를 준용한다.

나. 관련예규

○ 법인46013-466, 99. 2. 4

자본재산업의 현장기술인력에 대한 소득공제규정을 적용함에 있어서 자본재산업에의 해당여부는 공장단위로 판단하는 것이며, 조세특례제한법시행령 제17조제1항 각호에 해당하는 자가 중소기업의 자본재생산공장에 근무하는 경우에는 직위, 직책 및 근무부서에 관계없이 소득공제를 적용받을 수 있는 것임

○ 법인46013-32, 97. 1. 8

자본재산업의 현장기술인력에 대한 소득공제를 적용함에 있어서 자본재산업에의 해당여부는 공장단위로 판단하는 것이나, 한 공장에서 자본재산업과 기타산업을 겸영하는 경우에는 자본재산업의 사업수입금액이 기타산업의 사업수입금액보다 큰 경우에 당해 공장을 자본재 생산공장으로 보는 것이며, 조세감면규제법시행령 제13조의2제1항제1호 및 제2호 규정에 해당하는 자가 자본재산업을 영위하는 중소기업의 자본재 생산공장에 근무하는 경우 근무부서, 전공분야 및 기술자격 종류에 관계없이 현장기술인력소득공제를 적용받을 수 있는 것임

○ 법인46013-535, 99. 2. 9

현장기술인력의 소득공제에 대하여 세법규정을 잘못 적용하는 등 원천징수의무자의 귀책사유로 인하여 근로소득세를 과다하게 징수한 경우에는 소득공제요건이 충족된 연도에 발생한 소득분부터 연말정산을 재정산하여야 하는 것이며, 소득세법 시행규칙 제93조의 규정에 의하여 환급받을 수 있는 것임