1. 질의내용 (○○청 감사지적사항)

○ ○○공단이 법인세 과세표준 신고를 하면서 수입이자 상당액에 대하여는 구법인세법 제27조의 규정에 의한 분리과세를 선택함으로써 동 금액을 익금에 산입하지 아니하고

- 결산시에는 동 수입이자 상당액에 대한 고유목적사업준비금을 설정하였는 바 적법 여부

* 감사지적내용에 의하면 수입이자 상당액을 각사업연도 익금에 포함하지 아니하고 동 금액에 대한 고유목적사업준비금만 설정하되 원천징수세액에 대하여 기납부세액공제을 적용받지 않음

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련규정

○ 법인세법 제12조의 2【고유목적사업준비금의 손금산입】(98.12. 개정전의 것)

① 비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 제18조 제1항의 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합산한 금액의 범위 안에서 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (94.12.22. 신설)

1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액 (94.12.22. 개정)

2. 소득세법 제17조 제1항 제5호의 규정에 의한 증권투자신탁수익의 분배금 (94.12.22. 개정)

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호 내지 제3호 외의 수익사업에서 발생한 소득에 대통령령이 정하는 율을 곱하여 산출한 금액

○ 법인세법 제27조【비영리내국법인의 과세표준신고】(98.12.28 개정전)

① 비영리내국법인은 제1조 제1항 제3호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익(소득세법 제16조 제1항 제12호의 비영업대금의 이익을 제외하고, 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)에 대하여 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (94.12.22. 개정)

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세한다. (88.12.26. 신설)

③ 삭 제(90.12.31.)

④ 제1항 및 제2항에서 규정한 것을 제외하고 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (90.12.31. 개정)

○ 법인세법기본통칙 4-1-15…27【비영리내국법인의 이자소득 신고방법】

비영리내국법인이 법 제27조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하는 경우에 원천징수된 이자소득 중 일부만을 다른 수익사업소득과 합산하여 신고할 수 있다. 이자소득과 다른 수익사업소득이 함께 있는 경우 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 원천징수방법으로 과세하는 것이며 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함할 수 없다. (93.2.1. 신설)

나. 유사사례

○ 법인46012-638 ＼ ‘98.3.14

- 비영리법인이 이자소득에 대한 법인세 과세방법을 법인세법 제27조의 규정에 의한 원천징수방법을 선택함으로써 각 사업연도 소득금액에 포함되지 아니한 이자소득에 대하여는 같은법 제12조의 2 규정에 의한 고유목적사업준비금을 손금에 계상할 수 없는 것임