1. 질의내용

○ 비영리 내국법인인 의료법인이 병원신축을 목적으로 토지를 구입하였으나 근저당권자의 저당권 실행으로 구입토지가 매각될 위기에 처하게 됨에 따라 부득이 매각하는 경우

- 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례를 적용받을 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련법령

○ 법인세법 제62조의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】

① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득” 이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (2001. 12. 31 신설)

1. 소득세법 제94조 제1항 제3호의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 (2001. 12. 31 신설)

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (2001. 12. 31 신설)

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. (2001. 12. 31 신설)

③~⑨ (생략)

○ 법인세법시행령 제99조의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례】

① 법 제62조의 2 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분” 이라 함은 소득세법시행령 제158조 제1항 제1호ㆍ제4호(주식 등에 한한다) 및 제5호에 규정된 자산을 말한다. (2001. 12. 31 신설)

② 법 제62조의 2 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 동조 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의 2의 규정을 적용하지 아니한다. (2001. 12. 31 신설)

③ 법 제62조의 2제4항 단서에서 “대통령령이 정하는 자산” 이라 함은 출연받은 날부터 3년 이내에 양도하는 자산을 말한다. 다만, 1년 이상 다음 각호의 1에 해당하는 사업(의료업외에 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 자산을 제외한다. (2001. 12. 31 신설)

1. 법령에서 직접 사업을 정한 경우에는 그 법령에 규정된 사업 (2001. 12. 31 신설)

2. 행정관청으로부터 허가ㆍ인가 등을 받은 경우에는 그 허가ㆍ인가 등을 받은 사업 (2001. 12. 31 신설)

3. 제1호 및 제2호외의 경우에는 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 사업 (2001. 12. 31 신설)

④~⑥ (생략)

나. 관련예규

○ 법인46012-187, 2002.3.29

- 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 ″건설가계정″으로 계상된 금액 중 2001.1.1이후 개시하는 사업연도에 법인세법시행규칙 제29조의 2 제1항 제1호에 규정된 병원건물의 신축비로 지출된 금액은 같은법시행령 제56조 제6항 제3호 규정에 의하여 고유목적사업에 사용한 금액으로 보는 것임

○ 법인46012-525, 1997.02.20

- 비영리법인이 법인세법 제1조 제1항 제1호의 수익사업에 해당하는 부동산임대업을 영위하고 있는 경우에는 다른 수익사업용 부동산을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여 같은법 제59조의 6에 규정하는 비영리법인의 양도소득에 대한 과세특례규정을 적용할 수 없는 것임 (대상법인을 법인세법 제1조 제1항 제1호에 규정하는 수익사업이 없는 비영리법인으로 한정)