1. 질의내용

○ 1998년에 자본이 잠식된 A법인(주주구성 : 갑법인 50%, 갑법인의 출자자 및 임직원 을ㆍ병ㆍ기타 50%, 업종 : 종이제조업)이 자본이 잠식된 B법인(주주구성 : 갑법인 100%, 업종 : 석제조업)을 합병함에 있어 부채가 자산을 초과하여 그 초과한 금액을 영업권으로 계상하고 이를 상각하여 손금에 산입한 경우

- 합병법인과 주주인 갑법인 간에 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련법령

○ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자” 라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산” 이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. (1998. 12. 28 개정)

②~③ (생략)

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28 개정)

○ 법인세법시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우” 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. (1998. 12. 31 개정)

1.~7. (생략)

8. 다음 각목의 1에 해당하는 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우 (1998. 12. 31 개정)

가. 특수관계자인 법인간의 합병(분할합병을 포함한다)에 있어서 주식 등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우 (1998. 12. 31 개정)

나.~다. (생략)

9. (생략)

② (생략)

○ 법인세법시행령 부 칙 (1998. 12. 31 대통령령 제15970호)

제1조 【시행일】

이 영은 1999년 1월 1일부터 시행한다. 다만, --- 제88조 --- 부칙 제13조 제1항의 규정은 공포한 날부터, 제54조 및 제120조 제2항 내지 제4항의 개정규정은 2000년 1월 1일부터 시행한다.

제2조 (생략)

제3조 【합병 및 분할에 관한 특례에 관한 적용례】

제5조, --- 제88조 제1항 제8호 가목, --- 제120조 제7항의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 합병하거나 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 분할하는 분부터 적용한다.

나. 관련예규 등

○ 재경원 법인46012-14, 1998.1.26

합병법인ㆍ피합병법인에 출자한 법인의 합병계약 승인행위에 대하여는 구 법인세법시행령(1998.12.31 개정전) 제46조 제2항의 부당행위계산부인의 규정이 적용되지 아니함

○ 법인46012-1033, 2000.04.26

합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계함에 있어서 피합병법인의 결손금을 영업권으로 계상한 금액은 이를 법인세법시행령 제24조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 영업권으로 보지 아니하는 것임

○ 법인46012-2599, 1999.07.08

합병법인이 피합병법인의 상호ㆍ거래관계 기타 영업상의 비밀 등으로 사업상 가치가 있어 이를 적절한 평가에 의하여 유상으로 취득한 가액은 합병법인의 영업권으로 보는 것이나, 이 경우 피합병법인의 자산 및 부채를 장부가액으로 승계함에 있어 부채가 자산을 초과하여 그 초과한 금액을 영업권으로 계상한 경우에는 세무계산상 동 영업권은 없는 것으로 보는 것임

○ 법인46012-3029, 1998.10.16

합병법인이 합병으로 소멸하는 법인의 부채가 자산을 초과하여 그 초과한 금액을 영업권으로 계상하고 이를 법인세법시행규칙 제27조 제1항 제2호의 규정에 의해 상각하여 손금에 산입한 경우에는 당해 영업권은 없는 것으로 보며 각사업연도소득금액계산시 동 상각액을 손금불산입하는 것임