1. 질 의 내 용

○ 무역업을 영위하는 A법인(′98 수임금액 60억)이 계열사인 부동산임대업을 주업으로 하는 B법인(′98 수임금액 20억)을 ′99년 중 흡수합병하고 B법인 부동산을 매각하여 금융기관부채(당초 B법인 부동산을 담보로 A법인이 차입)를 상환하는 경우 특별부가세 감면 적용 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관 련 법 령

○ 조특법 제42조【기업의 합병, 사업양도ㆍ양수 등의 지원을 위한 양도소득세 등의 감면】

① 대통령령이 정하는 기업이 합병, 사업양도ㆍ양수 등을 통한 당해 기업의 재무구조개선 및 경영합리화를 위하여 대통령령이 정하는 기업구조조정계획(이하 이 조에서 “기업구조조정계획”이라 한다)에 따라 1999년 12월 31일 이전에 다음 각호의 요건을 갖추어 사업용부동산을 양도한 경우에는 그 부동산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (98.12.28. 개정)

1. 대통령령이 정하는 사업용부동산(1997년 12월 31일 이전에 취득한 분에 한한다)을 양도할 것

2. 당해 기업에 대하여 채권을 가지는 금융기관으로 구성된 대통령령이 정하는 금융기관협의회(이하 이 조에서 “채권금융기관협의회”라 한다)에 기업구조조정계획을 제출하여 승인(승인내용에 대한 변경승인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 얻을 것

○ 조특법시행령 제39조【기업의 합병, 사업양도ㆍ양수 등의 지원을 위한 양도소득세 등의 감면】

① 법 제42조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 기업”이라 함은 금융기관이 아닌 기업으로서 부동산양도일까지 계속하여 3년 이상 제34조 제1항 제1호 각목의 1에 해당하는 사업(당해 사업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 과세연도의 직전과세연도의 사업별 수입금액 중 당해 사업의 사업별 수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 내국기업을 말한다. (98.12.31. 개정)

② 법 제42조 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 기업구조조정계획”이라 함은 기업의 합병ㆍ인수 또는 사업양도ㆍ양수로 인하여 중복자산 또는 불용자산(이하 이 항에서 “중복자산 등”이라 한다)이 되는 사업용부동산의 양도와 그 양도대금의 사용계획을 명시한 것으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 것을 말한다. (98.12.31. 개정)

1. 다음 각목의 1에 해당하지 아니할 것

가. 당해 기업 또는 독점규제및공정거래에관한법률 제2조 제2호의 규정에 의한 기업집단이 새로운 사업에 진출하기 위하여 기업을 합병ㆍ인수하거나 사업을 양수하는 경우

나. 독점규제및공정거래에관한법률 제7조 제1항의 규정에 의한 기업결합의 제한을 받는 경우

2. 사업용부동산을 다음 각목의 1에 따라 1999년 12월 31일 이전에 양도할 것

가. 합병의 경우 : 합병으로 인하여 발생하는 중복자산 등을 양도할 것

나. 사업양도의 경우 : 당해 기업의 자산총액 또는 매출총액의 100분의 30 이상을 차지하는 사업부문 또는 양도가액이 50억원 이상에 해당하는 사업부문을 양도하는 것으로서 당해 사업부문의 사업용부동산을 양도하는 것일 것

다. 기업인수의 경우 : 법인세법시행령 제87조 제3항 및 동조 제4항의 규정에 의한 지배주주 및 특수관계에 있는 자(이하 이 조에서 “지배주주 등”이라 한다)가 소유하고 있는 주식의 전부를 지배주주 등이 아닌 자(당해 법인의 임원을 제외한다)가 일시에 인수하여 경영권을 획득하고 중복자산 등을 양도할 것

라. 사업양수의 경우 : 나목의 규정에 의하여 양도된 사업부문을 인수하는 경우로서 중복자산 등을 양도할 것

3. 제2호의 규정에 의한 자산의 양도대금을 다음 각목의 1의 용도에 사용할 것

가. 당해 기업의 부채상환

나. 재정경제부령이 정하는 사업용자산에 해당하는 시설의 취득

○ 법인세법 제99조【과세표준】

① 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다. (98.12.28. 개정)

② 제1항에서 “양도”라 함은 토지 등에 대한 등기 등에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현출물자 등으로 인하여 그 토지 등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. (98.12.28. 개정)

⑪ 합병(제44조 제1항 각호의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ법인의 분할(제46조 제1항 각호 및 제47조 제1항의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ조직변경 및 교환(제50조의 요건을 갖춘 것에 한한다)으로 인하여 소유권이 이전되거나 토지구획정리사업법 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이월과세 또는 과세이연을 적용받을 수 있다. (98.12.28. 개정)

○ 법인세법 제44조【합병평가차익상당액의 손금산입】

① 다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액 중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다. (98.12.28. 개정)

1. 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것

2. 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 100분의 95 이상일 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것

나. 유사사례

○ 법인46012-1852, 1998.7.7

조세감면규제법 제40조의 9 규정의 합병은 법인세법 시행령 제43조 제2항의 부동산업과 제3항의 소비성서비스업에 해당되지 아니하는 기업간의 합병을 말하는 것입니다.

조세감면규제법 제40조의 9 제1항의 규정을 적용함에 있어 피합병법인의 사업용부동산을 합병법인이 취득하는 경우 그 취득시기는 피합병법인이 취득한 시기를 말하는 것입니다.