1. 질의내용

○ 학교법인이 의과대학 신축부지로 매입한 토지를 양도하고 그 양도대금으로 의과대학 신축 및 학교이전에 사용하기 위하여 기 차입한 학교법인의 차입금을 상환한 경우

- 당해 차입금의 상환을 교육사업에 사용한 것으로 보아 특별부가세가 감면되는 지 여부

<사례>

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련규정

○ 조세감면규제법 제73조【학교법인의 토지 등에 대한 특별부가세의 면제】

① 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인의 다음 각호의 1에 해당하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다. (93.12.31. 개정)

1. 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득

2. 학교법인이 1985년 12월 31일 이전에 취득한 토지 등을 다른 수익용재산을 취득하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득

② 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 학교법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 교육사업에 사용하지 아니하거나 수익용재산을 취득하지 아니한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 추징한다. (93.12.31. 개정)

③ 제1항의 규정에 의하여 면제받은 세액을 제2항의 규정에 의하여 추징하는 경우에는 제31조 제6항의 규정을 준용한다. (93.12.31. 개정)

③ 제1항의 규정에 의하여 면제받은 세액을 제2항의 규정에 의하여 추징하는 경우에는 제33조 제4항의 규정을 준용한다. (97.12.13. 개정)

④ 제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 세액면제신청을 하여야 한다. (96.12.30. 개정)

○ 시행령 제70조【학교법인의 토지 등에 대한 특별부가세의 면제】

① 법 제73조 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 다음 각 호의 1에 해당하는 경우로 한다. (97.12.31. 개정)

1. 교육사업에 직접 사용되는 토지 등을 먼저 취득한 경우에는 그 취득한 날부터 2년 이내에 기본재산인 토지 등을 양도하는 경우

2. 기본재산인 토지 등을 먼저 양도하는 경우에는 양도대금을 그 양도한 날부터 3년 이내에 교육사업에 사용하는 경우

3. 법 제73조 제1항 제2호의 규정에 의한 토지 등을 양도하고 양도대금을 그 양도한 날부터 1년 이내에 재정경제부령이 정하는 수익용 재산(이하 이 조에서 “수익용 재산”이라 한다)의 취득에 사용하는 경우 (98.5.16.개정)

② 법 제73조 제2항의 규정에 의하여 면제받은 세액을 추징할 수 있는 경우는 다음과 같다. (93.12.31. 개정)

1. 제1항 제1호의 규정에 의하여 기본재산인 토지 등을 양도하지 아니하는 경우 (97.12.31. 신설)

1. 양도금액을 3년 이내에 교육사업에 사용하지 아니하거나 교육사업 외의 목적에 사용한 경우. 다만, 부득이한 사유로 인하여 3년 이내에 사용할 수 없는 경우로서 1차에 한하여 3년을 넘지 아니하는 범위 안에서 소관세무서장의 사용기한연장승인을 얻은 경우를 제외한다.

2. 양도대금을 교육사업 외의 목적에 사용하거나 제1항 제2호의 규정에 의하여 교육사업에 사용하지 아니한 경우. 다만, 부득이한 사유로 인하여 3년 이내에 사용할 수 없는 경우로서 1차에 한하여 3년을 넘지 아니하는 범위 안에서 납세지관할 세무서장의 사용기한연장승인을 얻은 경우를 제외한다. (97.12.31. 개정)

2. 양도금액을 1년 이내에 총리령이 정하는 수익용재산의 취득에 사용하지 아니하거나 취득한 수익용재산을 그 취득일부터 3년 이내에 처분한 경우. 다만, 그 수익용재산의 처분금액을 그 취득일부터 3년 이내에 교육사업에 사용하는 경우를 제외한다. (94.12.31. 개정)

3. 양도대금을 제1항 제3호의 규정에 의하여 수익용재산의 취득에 사용하지 아니하거나 취득한 수익용재산을 그 취득일부터 3년 이내에 처분한 경우, 다만, 그 수익용재산의 처분금액을 그 취득일부터 3년 이내에 교육사업에 사용하는 경우를 제외한다. (97.12.31. 개정)

나. 관련예규

○ 법인22601-778, ´87.3.27

학교법인이 양도대금으로 양도전에 취득한 수익용기본재산인 건물을 신축시 차입한 차입금을 상환하는 경우에는 특별부가세가 면제대상에서 제외함

○ 법인22601-1349, ´91.7.6

사학기관 재무회계규칙 제8조에 의거 차입한 금액을 교육사업에 사용하고 그후 토지 등의 양도대금으로 그 차입금을 상환한 때에는 동차입금 상환액은 교육사업에 사용한 금액으로 봄

○ 법인46012-1679, ´93.6.8

사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 기본재산인 토지 등을 양도하고 양도대금을 사립학교법시행령 제13조제1항의 교비회계의 세입으로 편입한 후 동령 제13조제2항제4호에 규정하는 교비회계의 세출로 지출하는 경우 교육사업에 사용한 것으로 보아 조세감면규제법 제67조의3 제1항제1호 규정에 의하여 특별부가세를 면제받을 수 있음

○ 재경원 재산46012-153, ´95.4.26

사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산인 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도하였음이 조세감면규제법 제70조제1항의 규정에 의하여 확인되는 경우에 한하여 기본재산 양도에 따른 특별부가세를 면제하는 것이나, 학교법인이 소유하는 기본재산을 양도하기 전에 새로운 학교부지 등을 먼저 취득하는 경우에는 조세감면규제법 제73조의 규정을 적용하지 아니하는 것임

○ 재경부 재산46014-169, ´99.5.20

조세특례제한법 제81조 및 동법시행령 제76조에 의한 학교법인의 토지 등에 대한 특별부가세의 면제에 있어서 의과대학 부속병원은 수익용재산에 해당됨