1. 질의내용
[현 황]
의료기 제조업을 주업으로 하고 도매업 및 일부 토지의 임대업을 부수적으로 운영하던 갑법인이
- ’98.3월 생산을 중단하고 제조관련 기계장치 및 원재료 등의 재고자산을 특수관계없는 법인에 매각하고
- 공장건물을 사무실용으로 개조하여 ’98.7이후 특수관계있는 을법인에 임대하였으며
- 부동산 임대업 및 수입대행 서비스업을 영위하던 당시 ’99.4.12 의약품 및 화공약품을 생산하는 을법인에 합병되었음
- 합병법인은 제조업 및 승계받은 서비스업을 계속하여 영위하고, 승계받은 임대사업은 합병전 피합병법인으로부터 건물을 임차사용하였던 것이므로 합병후 영위하지 아니함
- 합병일 현재 피합병법인의 장부가액에 의해 1:1비율에 의해 합병하고 합병대가는 전부 합병법인의 주식으로 받기로 하는 등 법인세법 제44조 제1항 제2호의 요건을 갖추었음
[질의내용]
질의1) 위 경우가 법인세법 제44조 제1항 제1호 및 제3호의 요건을 갖춘 것인지 여부
○ 만약 법인세법 제44조 제1항 제3호의 요건에 해당하지 아니할 경우,
- 합병법인이 승계받은 고정자산가액의 1/2이상을 임대업에 사용할 경우 당해 요건에 해당하는지 여부
질의2) 질의1의 합병이 법인세법 제44조 제1항 각호의 요건에 해당하지 아니하여 특별부가세의 과세이연을 할 수 없다면 양도차익을 계산함에 있어 양도가액은 ?
<갑설> 합병법인이 인수한 장부가액
<을설> 합병대가, 즉 합병으로 인해 피합병법인에게 교부한 합병법인의 주식가액
질의3) 위 합병이 특별부가세 과세이연 요건을 갖추지 못하여 피합병법인이 양도가액을 합병대가에 의해 계산하여 특별부가세를 납부한 경우
- 합병법인이 추후 당해 토지 등을 양도하여 특별부가세 납부시 취득가액은 ?
<갑설> 피합병법인의 양도가액
<을설> 피합병법인의 당초 취득가액으로 하되, 피합병법인이 납부한 특별부가세는 기납부세액으로 공제
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련법령
○ 법인세법 제99조 【과세표준】
①특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.(종전 제59조의 2)
⑪합병(제44조 제1항 각호의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ법인의 분할(제46조 제1항 각호 및 제47조 제1항의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ조직변경 및 교환(제50조의 요건을 갖춘 것에 한한다)으로 인하여 소유권이 이전되거나 토지구획정리사업법 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이월과세 또는 과세이연을 적용받을 수 있다.
○ 법인세법 제44조 【합병평가차익 상당액의 손금산입】
①다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액 중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.(종전 제14조의 5)
1. 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것
2. 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 100분의 95이상일 것
3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것
○ 시행령 제80조 【합병평가차익 상당액의 손금산입】
①법 제44조 제1항에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 토지 및 건축물(이하 이 조에서 “토지 등”이라 한다)을 말한다.(종전 제23조의 4)
②법 제44조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 다음 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 합병평가차익은 토지 등의 시가를 초과하는 가액을 제외한 금액으로 한다.
토지 등의 합병평가차익＝합병평가차익
평가증된 토지 등의 총평가증액
× ──────────────────
평가증된 전체 자산의 총평가증액
③합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일이전에 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 승계한 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 법 제44조 제1항 제3호의 규정에 해당하지 아니하는 것으로 한다. 이 경우 승계받은 사업(한국표준산업분류에 의한 세분류를 기준으로 하며, 이하 이 조에서 “사업”이라 한다)이 2 이상인 경우에는 각 사업별로 판정하며, 동호의 규정에 해당하는 사업부문의 자산에 한하여 제2항의 규정을 적용한다.