1. 질의내용
법인이 합병으로 인하여 소유권이 이전된 부동산에 대한 특별부가세를 이월과세 적용한 후, 합병법인이 합병등기일이 속한 사업연도중에 당해 부동산을 양도하는 경우
- 피합병법인이 이월과세 적용받은 특별부가세를 수정신고하여야 하는지
- 합병법인이 양도시기가 속하는 사업연도에 특별부가세를 납부하여야 하고, 그 취득시기를 당초 피합병법인의 취득시기 또는 합병등기일로 하여 과세표준을 계산하는 것인지 여부
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련법령
○ 법인세법 제99조 【과세표준】
① 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다. (98.12.28. 개정)
② 제1항에서 “양도”라 함은 토지 등에 대한 등기 등에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지 등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. (98.12.28. 개정)
⑪ 합병(제44조 제1항 각호의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ법인의 분할(제46조 제1항 각호 및 제47조 제1항의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ조직변경 및 교환(제50조의 요건을 갖춘 것에 한한다)으로 인하여 소유권이 이전되거나 토지구획정리사업법 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이월과세 또는 과세이연을 적용받을 수 있다. (98.12.28. 개정)
○ 법인세법 제59조의 2 【과세표준】 <98.12.28 개정전>
① 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다. (90.12.31. 개정)
② 제1항에서 “양도”라 함은 토지 등에 대한 등기에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지 등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 다만, 법인의 합병 또는 조직변경으로 인하여 소유권이 이전되는 경우 및 토지구획정리사업법 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 양도로 보지 아니한다. (82. 12. 21 개정)
○ 조세특례제한법 §2①
6. “이월과세”라 함은 현물출자 등을 통하여 개인 또는 법인이 당해 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “종전사업용고정자산 등”이라 한다)을 다른 법인에게 양도하는 경우 이를 양도하는 개인 또는 법인에 대하여는 소득세법 제94조의 규정에 의한 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다) 또는 법인세법 제99조의 규정에 의한 특별부가세(이하 “특별부가세”라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 당해 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “신사업용고정자산 등”이라 한다)을 양도하는 경우 종전사업용고정자산 등의 취득가액을 신사업용고정자산 등의 취득가액으로 보아 신사업용고정자산 등의 양도가액에서 차감한 금액에 대하여 특별부가세를 과세하는 것을 말한다. 이 경우 종전사업용고정자산 등의 취득시기를 신사업용고정자산 등의 취득시기로 본다.
7. “과세이연”이라 함은 공장의 이전 등을 위하여 개인 또는 법인이 당해 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “종전사업용고정자산 등”이라 한다)을 양도하고 그 양도가액으로 다른 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “신사업용고정자산 등”이라 한다)을 대체취득한 경우 종전사업용고정자산 등의 양도에 따른 양도차익 중 다음의 산식에 의하여 계산한 금액(신사업용고정자산 등의 취득가액이 종전사업용고정자산 등의 양도가액을 초과하는 경우에는 종전사업용고정자산 등의 양도에 따른 양도차익을 한도로 하며, 이하 이 호에서 “과세이연금액”이라 한다)에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 과세하지 아니하는 것을 말한다. 이 경우 신사업용고정자산 등의 양도에 대하여는 신사업용고정자산 등의 취득가액에서 과세이연금액을 차감한 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세 또는 특별부가세를 과세한다.
과세이연금액 =
종전사업용고정자산 등의 신사업용고정자산 등의 취득가액
× ──────────────────
양도에 따른 양도차익 종전사업용고정자산 등의 양도차익
○ 시행령 §140
⑩ 조세특례제한법 제2조 제1항 제6호 또는 제7호의 규정은 법 제99조 제11항의 규정에 의한 이월과세 또는 과세이연을 적용함에 있어서 이를 준용한다. (98.12.31. 개정)
⑪ 법 제99조 제11항의 규정에 의하여 교환 또는 환지처분의 이월과세 또는 과세이연을 적용받고자 하는 내국법인은 교환일 또는 환지처분일이 속하는 사업연도의 법인세과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 이월과세적용신청서 또는 과세이연신청서에 교환명세서 또는 환지처분명세서를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (98.12.31. 개정)
○ 법인세법 제44조 【합병평가차익상당액의 손금산입】
① 다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액 중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다. (98. 12. 28 개정)
1. 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것
2. 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 100분의 95 이상일 것
3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것
② 제1항의 규정에 의하여 합병평가차익에 상당하는 금액을 손금에 산입한 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년 이내에 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 손금에 산입한 금액을 그 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한다. (98. 12. 28 개정)
○ 법인세법 제76조 【가산세】
① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제1호의 규정을 적용하는 경우에는 제2호의 규정을 적용하지 아니하며, 비영리내국법인에 대하여는 제1호의 장부에 관한 가산세의 규정을 적용하지 아니한다. (98.12.28. 개정)
1. 제60조의 규정에 의한 신고가 없거나 제112조의 규정에 의한 장부의 비치ㆍ기장의무를 이행하지 아니한 경우에는 납세지 관할세무서장이 결정한 산출세액(적정유보초과소득에 대한 법인세를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)의 100분의 20에 상당하는 금액(그 금액이 당해 법인의 수입금액의 1만분의 7에 미달하거나 산출세액이 없는 때에는 그 수입금액의 1만분의 7에 상당하는 금액). 다만, 신고하지 아니한 소득금액이 50억원을 초과하는 경우에는 그 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액(그 금액이 당해 법인의 수입금액의 1만분의 10에 미달하거나 산출세액이 없는 경우에는 그 수입금액의 1만분의 10에 상당하는 금액)으로 한다.
2. 제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에는 다음 각목의 금액
가. 그 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1 이상이고 대통령령이 정하는 부당과소신고금액(이하 이 호에서 “부당과소신고금액”이라 한다)이 50억원을 초과하는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액. 다만, 그 금액이 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10 미만이거나 산출세액이 없는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10으로 한다.
나. 가목 외의 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10(부당과소신고금액에 대하여는 100분의 20)에 상당하는 금액. 다만, 산출세액이 없는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.
3. 제63조 또는 제64조의 규정에 의하여 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우(제29조 제4항ㆍ제56조 제4항 및 조세특례제한법에 의하여 법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자상당액 등을 포함한다)에는 그 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 세액에 대하여 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율과 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 고지일까지의 기간 등을 참작하여 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 금액
○ 국세기본법 제49조 【수정신고에 의한 감면】
관할세무서장은 제45조의 규정에 의하여 과세표준수정신고서를 법정신고기한경과 후 6월 이내에 제출한 자에 대하여는 최초의 과소신고로 인하여 부과하여야 할 가산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감한다. 다만, 과세표준수정신고서를 제출한 과세표준과 세액에 관하여 경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우에는 그러하지 아니하다. (94.12.22. 개정)
○ 국세기본법 시행령 제29조 【수정신고에 의한 가산세의 면제】
① 삭 제 (93.12.31.)
② 법 제49조 단서에서 “경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우”라 함은 당해 국세에 관하여 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 과세표준수정신고서를 제출한 경우를 말한다. (94.12.31. 개정)