1. 질의내용 요약

[질의내용]

사업자가 창고ㆍ보관업을 위한 저온창고를 신축하여 당해 저온창고 신축관련 매입세액을 전액 공제 받은 후 자기의 다른 사업장에 있는 면세사업(농산물 도매업)과 관련하여 일시적으로 농산물을 저장하였을 경우 당초 저온창고 신축과 관련하여 공제받은 매입세액은 부가가치세법 시행령 제63조에 의거 재계산하여야 하는지?

만약, 재계산할 경우 저온창고를 일시적으로 사용한 경우에도 해당 과세기간의 부가가치세법 시행령 제61조의 규정에 의하여 면세ㆍ과세 공급가액으로 안분계산하여야 하는지?

※ 참고로 민원인은 저온창고 사업장에 자기의 다른 사업장에 있는 농산물을 보관하는 경우 용역의 자가공급으로 보아 보관수수료 상당액에 대하여 세금계산서를 교부하는 경우에는 납부 및 환급세액의 재계산 문제가 발생되지 않으리라는 의견임

[우리청 의견]

(갑설)

납부 및 환급세액에 대하여 재계산을 하여야 한다

◇ 이유

- 사업자가 부가가치세 과세되는 사업에 사용하기 위하여 감가상각자산을 취득하고 부가가치세법 제17조 제1항 제1호의 규정에 의하여 매입세액을 전액 공제한 후 당해 감가상각자산을 부가가치세가 과세되는 사업과 면제되는 사업에 공통으로 사용한 경우에는 같은법 시행령 제63조의 규정에 의한 납부세액 및 환급세액을 재계산하도록 하고 있는 바

- 비록 사업자가 과세사업을 위하여 취득한 저온창고를 자기의 다른 사업장에 있는 명세사업과 관련하여 일시적으로 사용하였다 할지라도 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용한 것으로 보아 재계산을 하여야 하는 것이며, 재계산시 과세(창고ㆍ보관업)ㆍ면세(농산물 도매업) 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 하는 것임.

(을설)

용역의 자가공급으로 부가가치세가 과세되지 아니하며, 납부세액 및 환급세액의 재계산문제도 발생하지 않는다

◇ 이유

- 납부세액 및 환급세액의 재계산은 과세 또는 과세ㆍ면세공통으로 사용되는 감가상각자산을 취득하고 부가가치세 매입세액을 공제받은 후 당해 감가상각자산이 과세ㆍ면세 공통으로 사용되거나 당초 매입세액을 공제한 과세기간(재계산한 경우에는 그 재계산한 과세기간)의 면세비율이 과세비율보다 증가한 경우 발생하는 것으로

- 창고ㆍ보관업을 위한 당해 저온창고를 자기의 다른 사업장과 관련한 면세 농산물 보관에 사용하였을 경우 당해 창고ㆍ보관행위는 용역의 자가공급에 해당되어 부가가치세가 과세되지 않는 것이므로 당해 저온창고를 과세ㆍ면세 공통으로 사용되는 것으로 보아 납부세액 및 환급세액을 재계산할 수는 없는 것임.

※ 참고예규 1. 자기사용인에게 용역을 공급할 경우 부가가치세가 과세되지 않는 사례(간세1235-4383, 1977.12.2)

2. 여객운송, 차량정비겸영자가 여객운송차량정비시 부가가치세가 과세되지 않는 사례(부가1265.2-2919,1981.11.9)

2. 질의내용에 대한 자료

가. 유사사례

○ 부가46015-465, 2000.3.4

사업자가 부가가치세가 과세되는 사업에 사용하기 위하여 감가상각자산을 취득하고 부가가치세법 제17조 제1항 제1호의 규정에 의하여 매입세액을 공제한 후 당해 감가상각자산을 부가가치세가 과세되는 사업과 면제되는 사업에 공통으로 사용하여 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율이 당해 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)의 그 비율보다 증가된 경우에는 동법시행령 제63조의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산을 하여야 하는 것입니다.