1. 질의내용 요약

【질의배경 및 내용】

○ ’99. 5 ○○세무서에서 ○○공단에 대한 부가세 환급조사시 동 공단이 ○○시로부터 위탁받아 수행하는 대행사업(공영주차장관리, ○○공원주차장관리, ○○공원관리, 장묘사업소관리, ○○식물원관리 등)에 대하여 부가세를 과세하면서

- ○○공원, 장묘사업소, ○○식물원의 관리용역 공급에 따른 세금계산서를 동 공단에서 각 사업소별로 별도 사업자등록을 하고 직접 수취하여 당해 세금계산서의 매입세액을 공제하지 아니하고 결정(’94년 1기분 : 907백만원)하였으며

- 동 공단에서는 각 사업소 관할세무서장에게 경정(환급청구 금액 : 341백만원)청구를 하였고

- 장묘사업소 관할세무서장인 ○○세무서장은 동 경정청구에 대하여 부가세가 면제되는 사업에 관련된 매입세액으로서 환급할 수 없다고 통지하자

- 동 공단에서 장묘사업소 관리대행에 따른 매입세액의 환급방법을 질의함

※ ○○공단은 장묘사업소를 면세사업자로 ○○세무서에 등록하였고, 부가세 신고사실이 없음

【그 동안의 경위】

○ ’99.5. : ○○세무서에서 ○○공단이 ○○시로부터 위탁받아 수행하는 관리대행용역의 부가세 과세여부 및 과세표준에 대하여 우리청에 질의

○ ’99.7.6 : 부가세법 제7조의 규정에 의한 용역의 공급에 해당하여 과세되며, 과세표준은 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함하는 것으로 회신(부가 46015-1941)

○ ’99.7.5 : ’94년 1기분 부가세 과세(907백만원)

○ ’99.7.27 : ’94년 1기 귀속 매입세액 에 대하여 ○○세무서에 경정청구(341백만원)

○ ’99.8.24 : ’94년 2기～’98년 1기 까지 결정전통지(12,167백만원)

○ ’99.10. : ○○세무서에서 동 공단에 경정불가 통지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련법령

○ 부가가치세법 제4조(납세지)

①부가가치세는 사업장마다 납부하여야 한다.

○ 부가가치세법 제17조(납부세액)

②다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액

○ 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구)

①과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.(94.12.22 신설)

나. 관련사례

○ 부가 46015-1941, ’99.7.6 : ○○공단 관련 질의회신임

지방공기업법에 의하여 설립된 ○○공단이 지방자치단체로부터 위탁받은 업무를 대항하여 주고 그 대가를 받는 경우에는 부가세법 제7조의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것이며, 이 경우 부가세 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함하는 것임. 다만, 동법시행령 및 동법시행규칙의 개정으로 ’98.3.21이후 최초로 공급하는 분부터는 면세됨

○ 대법 ’95누 8492, ’95.11.7, 대법84누163, ’84.7.10

부가세법 제5조 제1항 소정의 사업자등록의무자는 부가세의 납세의무 있는 사업자에 한하고 부가세의 면세사업자는 그 등록의무가 없다고 할 것이므로 동법 제17조 제2항 제5호 소정의 “제5조 제1항의 규정에 의한 등록”이란 부가세의 납세의무 있는 사업자의 사업자등록만을 의미하며, 부가세의 면세사업자가 사업자등록신청을 하여 “면세사업자용”이라고 기재된 사업자등록증을 교부받았다고 하더라도 이는 소득세법상의 사업자등록을 한 것이나 부가세법상의 고유번호를 부여받은 것으로 볼 수 있을 뿐 부가세법 제5조 제1항에서 정한 사업자등록을 한 것이라고는 볼 수 없음

○ 부가 1265-945, ’80.5.24, 부가 46015-2768, ’98.12.16

법인세법에 의한 면세사업자로 등록한 사업자가 부가세법 제5조의 규정에 의한 사업자등록을 하지 아니하고 부가세가 과세되는 사업에 대한 투자를 한 경우에는 등록전 매입세액이므로 메출세액에서 공제되지 아니함

○ 부가 46015-993, ’93.6.21

면세사업자로 등록한 사업자가 부가세법 제5조의 규정에 의한 과세사업등록을 하지 아니하고 부가세 과세사업을 영위하는 경우에는 동법 제22조 제1항의 규정에 의한 미등록가산세를 적용받게 되는 것임