1. 질의요지

○ 수익사업과 비영리사업을 영위하는 비영리법인이 과세표준을 신고하면서 누락된 선납원천세의 환급가능 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련법령

○ 법인세법 제26조【과세표준의 신고】

① 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 결산을 확정한 날로부터 15일(대통령령이 정하는 외부조정계산서를 첨부하는 법인의 경우에는 30일) 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 한다. (80. 12. 13 개정)

○ 법인세법 제27조【비영리내국법인의 과세표준신고】

① 비영리내국법인은 제1조 제1항 제3호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익(소득세법 제16조 제1항 제12호의 비영업대금의 이익을 제외하고, 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)에 대하여 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (94. 12. 22 개정 : 소득세법 부칙)

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세한다. (88. 12. 26 신설)

③ 이자소득만 있는 비영리내국법인에 대하여는 제62조 및 제64조의 규정을 적용하지 아니한다. (88. 12. 26 신설)

③ 삭 제 (90. 12. 31)

④ 제1항 및 제2항에서 규정하는 것을 제외하고 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (90. 12. 31 개정)

○ 국세기본법 제45조의 2【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과후 1년이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다. (94. 12. 22 신설)

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 (94. 12. 22 신설)

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 (94. 12. 22 신설)

○ 법인세법 기본통칙 4-1-15…27【비영리내국법인의 이자소득신고방법】

비영리내국법인이 법 제27조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하는 경우에 원천징수된 이자소득중 일부만을 다른 수익사업소득과 합산하여 신고할 수 있다. 이자소득과 다른 수익사업소득이 함께 있는 경우 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 원천징수방법으로 과세하는 것이며, 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함할 수 없다. (93. 2. 1 신설)

나. 유사사례

○ 법인 46012-1280. 1995. 5. 11

법인세법시행령 제16조제8항에서 규정하는 비영리법인으로서 이자소득만 있는 법인이 같은 법 제26조의 규정에 의한 법인세 과세표준을 신고함에 있어 이자소득의 일부를 신고하지 아니한 경우 동 금액은 같은법 제27조제2항의 규정에 따라 원천징수 방법에 의하여 과세하는 것이므로, 과세표준 신고에 포함되지 아니한 이자수입에 대한 원천징수세액은 같은법 제31조의 규정에 의한 법인세 납부세액 계산시 이를 공제할 수 없는 것임.