1. 질의요지

○ 내국법인이 ’89. 9월경 농지 및 과수원 10,000평을 9억원에 매입하였으나 농지법에 의하여 법인명의로 소유권이전이 불가능하여 선급금 계정에 계상하여 관리하여 오던 중,

○ ’94. 8월경 원소유자와 부동산매매계약을 해지한 것으로 하여 토지 매입가액의 2배에 상당하는 금액을 위약금수입(영업외수익)으로 기장처리하고 법인세신고를 하였으나,

○ 세무관서의 조사에 의하여 위 토지를 당해법인이 다른 법인에게 그 취득가액의 2배에 해당하는 가액으로 양도하였음에도 허위로 매매계약의 해약으로 처리한 것이 밝혀져 특별부가세를 추징당하는 경우에

- 당해 토지가 농지 등으로서 법인이 그 취득에 관한 등기를 할 수 없는 경우에도 법인세법 제59조의4 제1항 제1호의 미등기 양도토지 등의 세율 40%를 적용하여야 하는 지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련법령

○ 법인세법 제59조의 4【세 율】

① 법인의 토지등 양도에 대한 특별부가세는 제59조의 2의 규정에 의한 과세표준금액에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. (78. 12. 5 개정)

1. 미등기양도토지등의 경우 (88. 12. 26 개정)

과세표준금액의 100분의 40

2. 제1호 외의 경우 (82. 12. 21 개정)

과세표준금액의 100분의 25

2. 제1호 외의 경우 (94. 12. 22 개정)

과세표준금액의 100분의 20

② 제1항의 규정은 제8조의 규정에 의한 과세표준금액에 대한 법인세액이 없는 경우에도 이를 적용한다. (74. 12. 21 신설)

③ 삭 제 (82. 12. 21)

④ 제1항 제1호에서 “미등기양도토지등”이라 함은 토지등을 취득한 내국법인이 그 토지등의 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 다만, 대통령령이 정하는 토지등은 제외한다. (82. 12. 21 개정)

⑤ㆍ⑥ 삭 제 (82. 12. 21)

○ 법인세법 시행령 제124조의 9【미등기양도제외자산】

법 제59조의 4 제4항에서 “대통령령이 정하는 토지 등”이라 함은 다음 각호에 규정하는 것을 말한다. (95. 12. 30 개정)

1. 장기할부조건으로 취득한 자산으로서 그 계약조건에 의하여 양도당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산 (93. 12. 31 개정)

2. 법률의 규정 또는 법원의 처분에 의하여 양도당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산

3. 법 제59조의 3 제1항 제5호에 규정하는 토지 (93. 12. 31 개정)

3. 법 제59조의 3 제1항 제2호에 규정하는 토지 (95. 12. 30 개정)

○ 법인세법 기본통칙 7-2-11…59의 4【미등기양도토지등의 범위】

다음 각호에 게기하는 토지등은 영 제124조의 9(미등기양도제외자산)에 해당되는 것으로 한다.

1. 토지구획정리사업이 종료되지 아니함으로써 토지취득등기를 하지 못하고 양도한 토지

2. 건설업자가 토지구획정리사업조합으로부터 공사용역대가로 취득한 체비지로서 토지구획정리사업법 제62조에 규정하는 토지구획환지처분공고 이전에 양도한 토지

나. 유사사례

○ 심사 법인97-4109, ’98. 2. 13

제목: 법인이 취득한 부동산을 타인명의로 소유권이전등기를 한 후 법인명의로 소유권이전등기를 하지 않고 장부에 계상하였다가 그대로 양도한 경우 미등기자산의 양도로 보아 특별부가세 증과세율(40%)을 적용하여야 하는지 여부

요지: 청구법인이 쟁점부동산의 토지를 비록 청구법인의 명의로 소유권이전 등기를 하지 아니하고 제3자에게 명의신탁한 상태에서 양도하고 직접 소유권이전등기를 하였다 하더라도, 취득 후 당시 대표이사인 ○○○명의로 소유권이전등기를 하였고, 청구법인의 소유부동산으로 취득시 부터 매기 결산서에 반영하여 처분청에 신고하여 왔으며, 지상에 청구 법인명의로 건축물을 신축하여 사업용부동산으로 사용하고 있던 중 부동산실명제의 취지에 맞추어 쟁점부동산을 양도하고 발생한 소득에 대한 법인세 및 특별부가세 등 제세금을 신고납부한 이 건의 경우,『미등기 양도자산』이 아닌 것으로 보아 특별부가세 중과세율의 적용대상에서 제외함이 타당하다 할 것임

Ⅰ. 사실관계

ㆍ쟁점부동산 : ○○시 ○○동 ○○번지 대지 295.5㎥ (개인명의등기)건물727.37㎥ 법인명의등기)

- ’ 85. 10. 24 : 토지 취득계약 (○○개발공사)

                매수자명의→개인 ○○○

- ’ 86. 10. 23 : 잔금청산 (법인장부에 법인소유토지로 계상)

- ’ 86. 11. 15 : 취득 (등기명의 : 당시 대표이사 ○○○)

- ’ 87. 1. 20 : 대표이사 ○○○의 각서를 받음

- ’ 87. 4. 3 : 근저당권 설정 [채무자 : 청구법인]

             [근저당권자 : (주)○○○]

- ’ 89. 3. 28 : 건물신축 (법인명의로 소유권보존등기) 슈퍼마켓 등으로 사용함

- ’ 95. 10. 26 : 제3자에게 양도 (법인으로 토지소유권 이전등기 없이 제3자에게 직접 등기이전)

- ’ 96년 3월 법인세 신고시 특별부가세 등 신고납부

Ⅱ.과세내용

쟁점부동산의 토지를 법인명의로 소유권이전등기를 하지 아니하고 제3자에게 직접 양도하였다하여 미등기 양도자산으로 보아 특별부가세 중과세율 100분의 40을 적용하고 물가상승율 공제적용을 배제하여 과세

Ⅲ.청구주장

청구법인 소유 쟁점부동산을 양도하고 적법하게 특별부가세 등을 신고 납부하였음에도 쟁점부동산 토지를 법인명의로 등기하지 아니하고 개인의 명의 (청구 법인의 대표이사 명의)로 등기된 상태로 제3자에게 양도하였다하여 미등기 양도자산으로 보아 특별부가세율 100분의 40을 적용하고 물가상승율공제를 배제하여 과세하는 것은 부당함

Ⅳ.사실판단

ㆍ청구법인은 쟁점토지를 ○○○○개발공사로부터 85.10.24 계약체결 하고 동일에 계약금 ○백만원, 이후 86.10.23까지 4차에걸쳐 중도금 및 잔금으로 ○○백만을 지급하고 취득하였으나, 당시 쟁점토지는 단독주택건설용지로서 일반수요자만이 취득할 수 있으므로 부득이 청구 법인의 대표이사 개인명의로 소유권이전등기하고 “쟁점토지가 청구 법인의 소유로 청구법인의 필요 (등기이전, 담보제공 및 설정, 건축 허가등)에 의하여 요구시에는 이행할 것”을 각서로 제출받았음

ㆍ청구법인은 쟁점토지를 취득당시부터 장부상에 등재하였고, 87.4.3 청구법인 명의로 근저당설정을 하고, 89.3.28 동지상에 3층건물을 신축하여 청구법인의 사업장으로 계속 사용하여 오다가, 95.10.26 쟁점부동산을 제3자에게 양도하고 소유권이전등기를 직접하여 주고, 양도에서 발생한 소득에 대하여 법인세 및 특별부가세를 자진신고ㆍ납부한 사실로 보아 비록 쟁점토지가 청구법인 명의로 소유권이전등기는 되어 있지 않았지만 처분청도 쟁점토지를 청구법인 소유로 받아들여 관리하고 있었다고 할 것임

Ⅴ.법령판단

ㆍ미등기 양도자산에 관하여 중과세세율을 적용하도록 규정한 취지는 조세의 포탈과 양도차익만을 노려 잔대금 등의 지급없이 전전매매 하는 따위의 부동산투기 등을 억제하려는데 있음

ㆍ명의신탁에 의한 소유권이전등기도 부동산등기임에는 틀림이 없어 이를 가지고 바로 자산을 취득한 자가 그에 관한 등기를 하지 아니한 경우에 해당한다고 볼 수 없다 할 것임

ㆍ부동산실명제관련법에 의하면 제3자로의 등기된 명의신탁부동산을 1년이내에 제3자에게 매각처분하여 직접 소유권이전등기를 하는 경우에는 실명전환의무가 면제되는 것으로 되어 있음

Ⅵ.종합판단

청구법인이 쟁점토지를 취득하여 명의신탁한 후 청구법인의 소유부동산으로 하여 매기 결산서에 반영하여 처분청에 신고하였으며, 쟁점 토지의 지상에 건축물을 신축하여 청구법인의 사업용부동산으로 사용하고 있었고, ’95. 7. 1 부동산실명제 시행에 따라 1년 이내인 ’95. 10. 26에 제3자에게 양도하고 직접 소유권이전등기를 하여 주어 실명전환의무가 면제되었다는 점 등과 위 관련법령의 취지 등을 종합하여 볼 때, 쟁점토지의 양도에서 발생한 소득에 대한 법인세 및 특별부가세를 신고납부한 이 건의 경우는 비록 청구법인의 명의로 소유권이전등기를 하지 아니하고 제3자에게 명의신탁한 상태에서 양도하고 직접 소유권이전등기를 하였다 하더라도 미등기 양도자산에 대한 특별부가세 중과세세율의 적용대상에서 제외함이 타당하다 할 것이고, 이에 따라 법인세법 제59조의 제3항 제3호에 의하여 계산한 금액 [물가 상승율공제금액]을 양도가액에서 공제하여 양도차익을 계산함이 타당하다고 판단됨

Ⅶ.결 론

일반적으로 법인이 타인명의로 취득하여 보유하고 있는 부동산으로서 법인명의로 등기되지 아니한 상태에서 양도시는 개인과 달리 엄격하게 미등기 양도자산으로 보아 40%의 세율을 적용하여야 하나, 본건과 같인 쟁점부동산을 취득하여 법인 명의로 소유권이전등기를 할 수 없는 부득이한 사유가 발생되어 법인대표이사 개인명의로 소유권이전등기를 하였으나, 취득 후 법인의 소유부동산으로 매기 결산서에 반영하여 처분청에 신고하고 쟁점토지의 지상에 건축물을 신축하여 법인의 사업용부동산으로 사용하다가 부동산실명제관련법에 의한 실명전환 의무가 면제되는 기간이내에 제3자에게 양도하여 직접 소유권이전하여 주고 양도에서 발생한 소득에 대하여 법인세 및 특별부가세를 자진 신고납부한 사실로 보아, 비록 쟁점토지가 법인명의로 소유권이전등기는 되어 있지 않았지만 처분청도 쟁점토지를 법인소유로 받아들여 관리하고 있었다고 할 것이므로 법인의 미등기 양도자산으로 보아 40%의 세율을 적용하는 것은 무리가 있다고 판단됨

○ 재산46014-108, 1998.5.25

토지 등을 취득한 내국법인이 그 토지 등에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 경우의 당해 토지 등은 법인세법 제59조의4제5항 본문의 규정에 의하여 미등기 양도토지 등에 해당합니다.

1995.6.30이전에 토지 등을 취득한 내국법인이 그 토지 등에 관한 등기를 하지 아니함으로써 전소유자명의로 등기된 토지 등을 1998.6.30이전에 양도하는 경우에는 부동산실권리자명의등기에관한법률 제10조 및 동법 부칙 제3조의 규정에 의하여 “장기미등기 부동산”에 해당하지 아니합니다. 1995.6.30 이전에 명의신탁한 기존명의신탁자가 실명등기유예기간(1995.7.1~1996.6.30)이내에 ○○공사에 매각을 의뢰한 경우에는 동법 제11조제2항의 규정에 의하여 실명등기한 것으로 보고 있으나, 장기미등기 부동산의 경우에는 ○○공사에 매각을 의뢰할 수 있는 근거규정이 없음

○ 법인46012-739, 1998.3.25

귀 질의1의 경우와 같이 법인이 취득한 부동산에 대하여 등기를 하지 아니하고 양도하는 경우 당해 부동산은 법인세법 제59조의4 제4항 본문의 규정에 의한 미등기양도 토지 등에 해당되는 것이며

귀 질의2,3의 경우 부동산실권리자명의등기에 관한 법률 및 부동산등기특별조치법에 관련된 사항은 관련부처에 문의하시기 바랍니다.