1. 질의요지
○ 수익사업을 영위하는 비영리내국법인으로서 보유부동산을 양도한 경우 양도차익에 대한 법인세 및 특별부가세 신고방법
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련법령
○ 법인세법 제59조의 6【비영리내국법인의 부동산 등 양도소득에 대한 특례】
① 비영리내국법인(대통령령이 정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다)이 제1조 제1항 제5호 및 제6호의 수입으로서 대통령령이 정하는 수입에서 생긴 소득(이하 “부동산 등 양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (94.12.22. 신설)
② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 부동산 등 양도소득에 대하여는 제59조의 2 및 제59조의 4의 규정에 불구하고 소득세법 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 특별부가세로 납부하여야 한다. (94.12.22. 개정)
③ 제2항의 규정에 의한 특별부가세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 제59조의 5의 규정을 준용한다. (94.12.22. 신설)
④ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 부동산 등 양도소득에 대한 특례적용방법 및 과세표준 등의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (94.12.30. 개정)
○ 법인세법 제1조【납세의무】
① 국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 “내국법인”이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조에 규정된 설립목적 및 그와 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 “비영리내국법인”이라 한다)은 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호의 수익사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다. (94.12.22. 개정)
1. 농업ㆍ수렵업 및 임업, 어업, 광업, 제조업, 전기ㆍ가스 및 수도사업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 숙박 및 음식점업, 운수ㆍ창고 및 통신업, 금융 및 보험업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업, 교육서비스업, 보건 및 사회복지사업, 사회 및 개인서비스업, 가사서비스업으로서 대통령령이 정하는 것 (94.12.22. 개정)
2. 삭 제(94.12.22.)
3. 소득세법 제16조 제1항 각호에 규정하는 이자ㆍ할인액 및 이익 (94.12.22. 개정)
4. 소득세법 제17조 제1항 각호에 규정하는 배당 또는 분배금 (94.12.22. 개정)
5. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입(93.12.31. 개정)
6. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인한 수입(94.12.22. 개정)
7. 제1호 내지 제6호 외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것 (88.12.26. 신설)
② 법 제1조 제1항 제6호에서 “고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(법 제1조 제1항 제1호의 규정에 의한 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 고정자산을 말한다. (95.12.30. 개정)
○ 법인세법시행령 제124조의 10【비영리내국법인의 부동산 등 양도소득에 대한 특례】
① 법 제59조의 6 제1항에서 “대통령령이 정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인”이라 함은 법 제1조 제1항 제1호의 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 말한다. (94.12.31. 신설)
② 법 제59조의 6 제1항에서 “대통령령이 정하는 수입에서 생긴 소득”이라 함은 토지ㆍ건물 및 제124조의 3 제9항에서 규정하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득을 말한다. (94.12.31. 신설)
③ 법 제59조의 6의 규정에 의한 부동산 등 양도소득에 대한 특례는 제2항에 규정하는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. (96.12.31. 신설)
④ 비영리내국법인이 법 제59조의 7의 규정에 의하여 자산양도차익 예정신고 및 납부를 한 경우에도 법 제26조 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 자산양도차익 예정신고 납부세액은 법 제59조의 5의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다. (96.12.31. 신설)
⑤ 법 제59조의 7 제1항의 규정에 의하여 자산양도차익 예정신고를 하는 경우에는 재정경제부령이 정하는 자산양도차익 예정신고서를 제출하여야 한다. (98.5.16. 개정)
○ 조세감면규제법 제60조【공공법인 등에 대한 소득계산의 특례】
① 공공법인에 대하여 이 법과 소득세법 및 법인세법을 적용함에 있어서 당해 법인의 설립에 관한 법률에 의하여 주주 또는 출자자에게 이익배당을 할 수 있는 법인 외의 법인과 별표 중 제32호 내지 제42호, 제93호 및 제111호의 법인(제40호의 법인 중 농어촌진흥공사를 제외한다)은 법인세법 제1조의 규정에 의한 비영리내국법인으로 본다. (93.12.31. 개정)
② 다음 각호의 법인에 대하여는 당해 법인의 결산재무제표상 당기순이익(법인세 등을 공제하지 아니한 당기순이익을 말한다)을 과세표준으로 하여 그 과세표준에 제59조 제1항의 세율을 적용하여 과세(이하 “당기순이익과세”라 한다)한다. 다만, 당해 법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 당기순이익과세를 포기한 때에는 그 이후의 사업연도에 대하여 당기순이익과세를 하지 아니한다.(93.12.31. 개정)
1. 신용협동조합법에 의하여 설립된 신용협동조합 및 새마을금고법에 의하여 설립된 새마을금고
2. 농업협동조합법에 의하여 설립된 단위농업협동조합 및 특수농업협동조합
3. 축산업협동조합법에 의하여 설립된 지구별 축산업협동조합과 업종별 축산업협동조합
4. 수산업협동조합법에 의하여 설립된 지구별 수산업협동조합ㆍ업종별 수산업협동조합 및 수산물제조수산업협동조합(어촌계를 포함한다)
5. 중소기업협동조합법에 의하여 설립된 협동조합ㆍ사업협동조합 및 협동조합연합회 (95.12.29. 개정)
6. 임업협동조합법에 의하여 설립된 임업협동조합(산림계를 포함한다)
7. 엽연초생산협동조합법에 의하여 설립된 엽연초생산협동조합 및 인삼협동조합법에 의하여 설립된 인삼협동조합
8. 농지개량조합법에 의하여 설립된 농지개량조합 (96.12.30. 개정)
9. 한국은행법에 의하여 설립된 한국은행