1. 질의내용

과학기술부장관의 허가에 의해 설립된 비영리법인이 고유목적사업인 연구사업을 위해 연구시험장치 등 고정자산 취득에 지출한 금액이 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것에 해당하는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련법령

○ 법인세법 제12조의 2【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 제18조 제1항의 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합산한 금액의 범위안에서 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (94. 12. 22 신설)

1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액(94. 12. 22 신설 ; 소득세법 부칙)

2. 소득세법 제18조 제1항 제6호의 규정에 의한 증권투자신탁수익의 분배금 (94. 12. 22 신설)

2. 소득세법 제17조 제1항 제5호의 규정에 의한 증권투자신탁수익의 분배금(94. 12. 22 개정 ; 소득세법 부칙)

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액(94. 12. 22 신설)

4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 대통령령이 정하는 율을 곱하여 산출한 금액(94. 12. 22 신설)

② 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금으로서 그 사업연도종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 또는 제18조 제1항의 지정기부금에 사용하고 남은 잔액은 그 5년이 되는 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. (94. 12. 22 신설)

○ 제18조【기부금의 손금불산입】

① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선 등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 “지정기부금”이라 한다) 중 다음 각호의 금액의 합계액을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. (90. 12. 31 개정)

○ 법인세법 시행령 제17조【고유목적사업준비금 손금산입】

① 법 제12조의 2 제1항 제4호에서 “수익사업에서 발생한 소득”이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금 및 법 제18조 제3항의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제12조의 2 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제8조 제1항 제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제18조 제3항의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다. (94. 12. 31 신설)

② 법 제12조의 2 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 율”이라 함은 100분의 50을 말한다. (94. 12. 31 신설)

③ 법 제12조의 2 제1항 및 제2항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 법 제1조 제1항 제1호의 규정에 의한 수익사업외의 사업을 말한다. (94. 12. 31 신설)

④ 법 제12조의 2 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 인건비등 필요경비로 사용하는 금액과 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 의료보험ㆍ연금관리 및 공제사업등을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령의 규정에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. (94. 12. 31 신설)

○ 제42조【지정기부금의 범위】

① 법 제18조 제1항에서 “대통령령이 정하는 기부금”이라 함은 다음 각호에 규정하는 것을 말한다. (96. 12. 31 개정)

1. 다음 각목의 비영리법인(단체를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여 당해 비영리법인의 고유목적사업비로 지출하는 기부금 (96. 12. 31 개정)

가. 사회복지사업법에 의하여 설립한 사회복지법인

나. 교육법에 의한 학교, 기능대학법에 의한 기능대학 또는 주무부장관이 추천하는 외국의 대학이나 학술연구단체

다. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ기술진흥단체(직업훈련기본법에 의한 직업훈련법인을 포함한다)

라. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화ㆍ예술단체 또는 환경보호운동단체

마. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체

2. 다음 각목에 규정하는 기부금 (96. 12. 31 개정)

가. 교육법에 의한 학교의 장 또는 기능대학법에 의한 기능대학의 장이 추천하는 개인에게 교육비ㆍ연구비 또는 장학금으로 지출하는 기부금

다. 방송법에 의하여 종교방송을 하는 방송법인에 방송을 위한 건물(방송에 직접 사용되는 부분에 한한다)의 신축비로 지출하는 기부금

② 제1항 제1호 본문에서 “고유목적사업비”라 함은 당해 비영리법인에 관한 법령 또는 정관이 규정하고 있는 설립목적을 수행하는 사업으로서 법 제1조 제1항 제1호의 규정에 의한 수익사업외의 사업에 사용하기 위한 금액을 말한다. (96. 12. 31 개정)

나. 유사사례

○ 법인46012-1946, 1998.7.14

귀 질의의 경우 비영리내국법인이 손금산입 후 5년 이내에 고유목적사업 또는 지정기부금에 사용하지 아니한 고유목적사업준비금을 법인세법 제12조의2 제2항의 규정에 따라 익금에 산입함에 있어서 고유목적사업용 건축물의 취득에 사용한 금액은 고유목적사업에 사용한 것으로 보지 아니하는 것이며,

질의의 경우 비영리법인이 법인세법 제18조 제1항의 지정기부금을 지출한 경우에는 고유목적사업준비금과 직접 상계하는 방법으로 회계처리하는 것입니다.

○ 법인46012-1002, 1998.4.23

귀 질의의 경우 비영리내국법인이 교회건물 및 토지를 양도하고 그 대금을 금융기관에 예치함으로써 발생한 이자소득금액을 법인세법 제12조의 2규정에 따라 고유목적사업준비금으로 설정한 후 이를 교회신축에 지출하는 금액은 같은법시행령 제17조 제4항에 규정하는 “고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액”으로 보지 아니하는 것이며

질의의 경우 비영리내국법인은 질의1과 관련한 이자소득에 대하여 법인세법 제26조 제1항의 규정에 의한 법인세 신고시에 원천징수된 법인세를 기납부세액으로 공제할 수 있는 것입니다.