1. 질의내용

민법 제32조 및 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 의거 설립되어 석유제품의 연구개발 및 품질검사 등을 영위하는 비영리내국법인이 석유의 품질관리 등에 필요한 시험장비 등 고정자산을 취득하기 위해 정부로부터 “보조금의 예산 및 관리에 관한 법률”의 규정에 의해 에너지 및 자원사업 특별회계에서 보조금을 지급받아 시험장비구입 등 고정자산을 취득한 경우

질의1) 국고보조금에 대한 법인세 납세의무 여부

질의2) 국고보조금으로 취득한 고정자산을 수익사업용자산으로서 자본의 원입으로 경리한 경우 동 고정자산에 대한 감가상각비 계상 가능 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련법령

○ 법인세법시행령 제2조【수익사업의 범위】

① 법 제1조 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류표(이하 “한국표준산업분류표”라 한다)에 의한 사업중 수익이 발생하는 것으로 하되, 다음 각호의 사업을 포함하지 아니하는 것으로 한다. (94. 12. 31 개정)

1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다) 조경 및 관련서비스업외의 농업 (94. 12. 31 개정)

2. 사업서비스업중 연구 및 개발업(상업적 연구개발업을 제외하되, 내국법인이 외국에서 영위하는 기술용역사업에 대하여 당해 외국이 법인세를 부과하지 아니하는 경우로서 당해 외국에 본점 또는 주사무소가 있는 외국법인이 국내에서 영위하는 기술용역사업을 포함한다) (94. 12. 31 개정)

3. 교육서비스업중 교육법에 의한 학교를 경영하는 사업 (94. 12. 31 개정)

4. 보건 및 사회복지사업 중 사회복지사업법의 규정에 의하여 운영하는 사회복지사업 (94. 12. 31 개정)

5. 연금 및 공제업중 국민연금법에 의한 국민연금사업 비생명보험업중 의료보험법 및 공무원 및 사립학교교직원 의료보험법에 의한 의료보험사업 (94. 12. 31 개정)

6. 주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역중 부가가치세법 제12조 제1항 제16호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업 (94. 12. 31 개정)

7. 기타 제1호 내지 제6호와 유사한 사업으로서 총리령이 정하는 사업 (94. 12. 31 개정)

④ 비영리내국법인이 법 제1조 제1항 각호의 수익사업을 영위하는 때에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업(이하 “비영리사업”이라 한다)에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. 이 경우에 수익사업과 비영리사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다. (94. 12.

○ 법인세법시행령 제4조【신탁소득의 구분경리】

법 제4조 제2항의 규정에 의한 신탁회사는 각 사업연도의 소득계산에 있어서 신탁재산에 귀속되는 소득과 기타의 소득을 구분하여 경리하여야 한다. (74. 12. 31 개정)

○ 법인세법시행령 제69조【공통손익의 계산등】

① 법 및 다른 법률의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 그 사업과 기타의 사업별로 구분할 수 없는 공통손금과 그 공통손금에 대응하는 공통익금을 총리령이 정하는 바에 의하여 구분계산하여야 한다. (94. 12. 31 개정)

② 법 제64조의 2의 규정에 의하여 구분경리를 함에 있어서 자산ㆍ부채, 수익ㆍ비용의 구분계산방법에 관하여는 총리령으로 정한다. (94. 12. 31 개정)

○ 법인세법시행규칙 제24조【구분경리의 정의】

① 영 제2조 제4항과 영 제4조에 규정하는 경리의 구분은 당해 각 규정에 의하여 구분하여야 할 사업 또는 수입별로 익금과 손금을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하는 것으로 한다. 다만, 각사업 또는 수입에 공통되는 익금과 손금은 예외로 한다. (82. 3. 20 개정)

② 삭 제 (82. 3. 20)

○ 법인세법시행규칙 제25조【공통손익의 계산방법】

① 영 제2조 제4항의 규정에 의하여 수익사업과 기타 사업의 규정에 의하여 수익사업과 기타 사업의 손익을 구분경리하는 경우에 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금 이외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 같다)이 없는 경우나 기타 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다. (82. 3. 20 개정)

1. 수익사업과 기타 사업의 공통익금은 수익사업과 기타 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산한다.

2. 수익사업과 기타 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산한다.

3. 수익사업과 기타 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타 사업의 개별손금액에 비례하여 안분계산한다.

② 제1항에 규정하는 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다. (75. 3. 3 개정)

③ 영 제69조의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타 사업에 공통되는 익금과 손금의 구분계산은 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다. (89. 3. 6 단서삭제)

○ 제14조의 4【국고보조금으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입】

① 내국법인이 대통령령이 정하는 사업용자산(이하 이 조에서 “사업용자산”이라 한다)을 취득 또는 개량할 목적으로 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률의 규정에 의한 보조금(이하 “국고보조금”이라 한다)을 지급받아 당해 목적에 지출한 금액은 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 국고보조금을 지급받은 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입할 수 있다. (94. 12. 22 개정)

② 국고보조금을 지급받은 날이 속하는 사업연도에 제1항의 사업용자산을 취득 또는 개량할 수 없는 경우에는 그 사업연도의 다음 사업연도의 개시일로부터 1년 이내에 이를 취득 또는 개량하는 것에 한하여 제1항의 규정을 준용한다. (94. 12. 22 개정)

○ 제1조【납세의무】

① 국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 “내국법인”이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조에 규정된 설립목적 및 그와 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 “비영리내국법인”이라 한다)은 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호의 수익사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다. (94. 12. 22 개정)

○ 제1조【비영리법인의 자기자본 계산 등】

① 비영리법인이 법인세법시행령 (이하 “영”이라 한다) 제2조 제4항의 규정에 의하여 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 액을 수익사업의 자본금으로 한다. (97. 3. 29 제목개정)

② 비영리법인이 비영리사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 때에는 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우에 자산가액은 시가에 의한다. (72. 2. 10 개정)

③ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 비영리사업에 지출한 때에는 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 조세감면규제법 제61조 제3항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다. (97. 3. 29 개정)

○ 제23조의 2【국고보조금의 손금산입】

① 법 제14조의 4 제1항에서 “대통령령이 정하는 사업용자산”이라 함은 사업용고정자산과 석유류를 말한다. (94. 12. 31 신설)

② 법 제14조의 4 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 지급받은 국고보조금중 사업용자산의 취득 또는 개량에 소요된 금액으로 하되, 그 금액은 다음의 구분에 따라 일시상각충당금 또는 압축기장충당금으로 계상하여야 한다. (94. 12. 31 개정)

1. 감가상각대상자산 : 일시상각충당금

2. 제1호 이외의 자산 : 압축기장충당금

③ 국고보조금으로 취득한 사업용자산의 감가상각비는 제2항 제1호의 규정에 의한 일시상각충당금의 범위안에서 일시상각충당금과 상계하여야 한다. (94. 12. 31 개정)

○ 통칙 2-7-4…14의 4【손금에 산입할 국고보조금의 범위】

국고보조금으로 취득한 고정자산의 손금산입은 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률의 규정에 의한 보조금을 지급받아 고정자산을 취득하는 경우에 적용되는 것이므로 공장이전보상금과 탄가규제와 관련하여 교부받는 보조금은 법 제14조의 4에 규정하는 국고보조금에 해당하지 아니한다. (93. 2. 1개정)

○ 2-7-5…14의 4【국고보조금등을 고정자산의 취득가액과 상계한 경우의 손금산입】

국고보조금등으로 취득한 고정자산에 대하여 손금산입하는 금액을 일시상각충당금 또는 압축기장충당금으로 계상하지 아니하고 고정자산의 취득가액과 상계(압축기장)한 경우에도 법 제14조의 2 내지 제14조의 4의 규정을 적용한다. (85. 1. 1 개정)

나. 유사사례

○ 법인 46012-1976, 98. 7.16

비영리법인이 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률의 규정에 의거 고정자산을 취득하기 위해 정부로부터 지급받는 보조금은 법인세법 제1조 제1항 단서규정의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 해당하지 아니하는 것이며,

이 경우 비영리법인이 보조금으로 취득한 고정자산을 법인세법시행규칙 제1조 제2항의 규정에 따라 수익사업에 전입하고 그 자산가액을 자본의 원입으로 경리한 경우에는 당해 고정자산에 대하여 같은법시행령 제48조 제1항의 규정에 의해 계산한 감가상각비를 손금에 산입하는 것임