1. 질의요지

○ 수익사업과 비영리사업을 영위하는 비영리법인이 과세표준을 신고하면서 누락된 이자소득에 대한 원천세의 환급가능 여부

- 95년 귀속 : 이자소득 신고, 선난원천세 일부 누락

- 96년 귀속 : 이자소득 전부누락, 선납원천세 전부 누락

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련법령

○ 법인세법 제27조【비영리내국법인의 과세표준신고】

① 비영리내국법인은 제1조 제1항 제3호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익(소득세법 제16조 제1항 제12호의 비영업대금의 이익을 제외하고, 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)에 대하여 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (94. 12. 22 개정 ; 소득세법 부칙)

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세한다. (88. 12. 26 신설)

③ 이자소득만 있는 비영리내국법인에 대하여는 제62조 및 제64조의 규정을 적용하지 아니한다. (88. 12. 26 신설)

③ 삭 제 (90. 12. 31)

④ 제1항 및 제2항에서 규정한 것을 제외하고 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (90. 12. 31 개정)

○ 법인세법 기본통칙 4-1-15…27【비영리내국법인의 이자소득신고방법】

비영리내국법인이 법 제27조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하는 경우에 원천징수된 이자소득중 일부만을 다른 수익사업소득과 합산하여 신고할 수 있다. 이자소득과 다른 수익사업소득이 함께 있는 경우 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 원천징수방법으로 과세하는 것이며, 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함할 수 없다. (93. 2. 1 신설)

나. 유사사례

○ 법인46012-136, 1998.1.16

이자소득과 다른 수익사업소득이 함께 있는 비영리법인이 법인세 과세표준과 세액을 신고함에 있어서 이자소득을 과세표준에 포함하지 아니한 경우 동 이자소득에 대하여는 법인세법 제27조 제2항의 규정에 의하여 원천징수방법으로 과세하는 것이며 이를 경정 등의 청구에 의하여 과세표준에 포함할 수 없는 것입니다.