1. 질의내용

① 산림청에 산림지 및 임도용지로 매각한 경우 조감법 제65조의 특별부가세 감면을 적용받을 수 있는지?

② 국가로부터 무상으로 수증받은 자산을 양도하는 경우 양도가액에서 공제할 취득가액의 범위는?

③ 도로 및 목장용지를 산림청에서 매입하여 산림지와 임도용지로 편입하는 경우에도 동법의 규정을 적용받을 수 있는지?

④ 감면세액의 종합한도액 계산 방법은?

⑤ 부동산을 감정하여 양도하는 경우 감정평가 비용과 매각신문공고 비용을 양도차익계산시 공제하는 양도비용으로 볼 수 있는지?

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련법령

○ 법인세법 제59조의 6【비영리내국법인의 부동산등 양도소득에 대한 특례】

① 비영리내국법인(대통령령이 정하는 수입사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다)이 제1조 제1항 제5호 및 제6호의 수입으로서 대통령령이 정하는 수입에서 생긴 소득(이하 “부동산등 양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (94. 12. 22 신설)

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 부동산등 양도소득에 대하여는 제59조의 2 및 제59조의 4의 규정에 불구하고 소득세법 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 특별부가세로 납부하여야 한다. (94. 12. 22 개정 ; 소득세법 부칙)

○ 조감법 제65조【국가등에 양도하는 토지등에 대한 양도소득세등의 감면】

① 다음 각호의 소득에 대하여 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 거주자가 국가ㆍ지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다)에 대통령령이 정하는 산림지를 양도함으로써 발생하는 소득

2. 대통령령이 정하는 토지등을 제주도개발특별법에 의한 사업시행자중 대통령령이 정하는 자에게 양도함으로써 발생하는 소득

② 제1항 제1호의 규정에 의한 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.

③ 제1항 제2호의 규정은 토지등을 매입한 자가 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다.

④ 제1항 제2호의 규정에 의한 사업시행자가 사업시행승인을 얻은 사업계획서상의 공사완료일까지 그 사업을 완료하지 아니하는 경우에는 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사업시행자로부터 소득세 또는 법인세에 가산하여 징수한다.

⑤ 제1항의 규정에 의하여 감면받은 세액을 제4항의 규정에 의하여 징수하는 경우에는 제31조 제6항의 규정을 준용한다.

○ 조감법 제119조【양도소득세감면의 종합한도】

① 개인이 제43조ㆍ제63조(제1항 단서 중 개발제한구역에서의 토지 등을 양도하는 경우를 제외한다) 내지 제66조ㆍ제70조, 제71조 및 법률 제4666호 조세감면규제법개정법률 부칙 제16조 제2항(동항 제1호 및 제3호를 제외한다) 내지 제4항 및 제6항의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. (97. 4. 10 개정)

○ 조감법 제120조【특별부가세 감면의 종합한도】

법인이 제43조ㆍ제44조ㆍ제55조ㆍ제63조 내지 제66조ㆍ제68조ㆍ제70조ㆍ제71조ㆍ제75조 제2항 및 법률 제4666호 조세감면규제법개정법률 부칙 제16조 제2항(동항 제1호 및 제3호를 제외한다) 내지 제4항 및 제6항의 규정에 의하여 각 사업연도에 감면받을 특별부가세액의 합계액이 대통령령이 정하는 특별부가세 산출세액의 100분의 50에 상당하는 금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 다만, 특별부가세산출세액의 100분의 50에 상당하는 금액이 1억원 이하인 경우에는 이를 1억원으로 한다. (94. 12. 22 개정)

○ 산림법 제81조【국유림의 교환 및 매수】

산림청장은 국유림의 경영관리상 필요하다고 인정될 때에는 공유림 또는 사유림과 교환하거나 또는 이를 매수할 수 있다.

○ 조감법시행령 제62조【국가등에 양도하는 토지등에 대한 양도소득세등의 감면】

① 법 제65조 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 산림지”라 함은 산림법 제81조의 규정에 의하여 국가(산림법 제5조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 권한의 위탁을 받은 지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다)가 교환하거나 매수하는 산림지와 임도용지로 편입되는 부지를 말한다. (94. 12. 31 개정)

② 법 제65조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 토지등”이라 함은 당해 토지등의 양도일 현재 다음 각호의 1에 해당하는 자가 5년이상 보유한 토지등을 말한다. 이 경우 토지등을 상속받은 상속인의 보유기간 또는 제주도 거주기간을 계산함에 있어서는 피상속인의 보유기간 또는 거주기간을 상속인의 보유기간 또는 거주기간으로 본다.

1. 제주도에 본적이 있거나 원적이 있는 자(그가 속하여 있는 종중을 포함한다)

2. 제주도에 5년 이상 거주한 자

③ 법 제65조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 자”라 함은 제주도개발특별법 제11조 제1항에 의한 사업시행자로서 다음 각호의 1에 해당하는 자를 말한다.

1. 국가ㆍ지방자치단체, 정부투자기관관리기본법에 의한 정부투자기관 및 지방공기업법에 의한 지방공기업

2. 제주도개발특별법 제5조 제2항 제2호 내지 제5호 또는 제12호에 해당하는 사업중 제조ㆍ가공단지 사업의 시행자

3. 제주도개발특별법에 의하여 지정된 관광단지 및 관광지구 조성사업시행자 (95. 12. 30 신설)

④ 법 제65조 제2항의 규정에 의한 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 총리령이 정하는 세액감면신청서에 제1항의 규정에 해당하는 산림지임을 확인할 수 있는 서류를 첨부하여 소관세무서장에게 제출하여야 한다. (94. 12. 31 개정)

⑤ 법 제65조 제3항의 규정에 의한 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한내에 총리령이 정하는 세액감면신청서에 당해 토지등을 매입한 사실을 확인할 수 있는 서류를 첨부하여 양도자의 납세지 소관세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 그 기한내에 세액감면신청서등을 제출하지 못한 경우에는 과세표준 신고기한으로부터 1년이 되는 날 또는 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 이를 제출할 수 있다. (94. 12. 31 개정)

○ 조감법시행령 제107조【특별부가세 감면의 종합한도】

법 제120조에서 “대통령령이 정하는 특별부가세 산출세액”이라 함은 당해 사업연도의 특별부가세 산출세액의 합계액에서 다음 각호의 금액을 공제한 것을 말한다.

1. 법 제31조ㆍ법 제33조ㆍ법 제33조의 2ㆍ법 제33조의 3ㆍ법 제35조ㆍ법 제38조ㆍ법 제40조의 2ㆍ법 제67조ㆍ법 제72조 내지 법 제74조ㆍ법 제74조의 2ㆍ법 제75조 제1항ㆍ법 제76조 및 법률 제4666호 부칙 제16조 제2항 제1호ㆍ제3호ㆍ동조 제5항 및 동조 제7항에 규정하는 소득에 대한 특별부가세 산출세액 (95. 12. 30 개정)

2. 국세기본법 및 조약과 법 제3조 제1항 각호의 법률에 의하여 특별부가세가 비과세 또는 감면되는 소득이 있는 경우에는 당해 소득에 대한 특별부가세 산출세액

나. 관련예규

○ 법인 46012-2233, 94.8.4

특별부가세가 과세되는 토지 등을 무상으로 증여받은 경우, 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득가액은 법인세법시행령 제37조 제1항 제3호에 규정하는 정상가액으로 함.

○ 법인 46012-2472, 97.9.25

비영리내국법인이 공공사업용토지 등을 양도하고 토지등 양도소득에 대하여 법인세법 제59조의 6의 『비영리내국법인의 부동산등 양도소득에 대한 특례』규정을 적용하여 특별부가세를 납부하는 경우 감면세액의 종합한도액계산은 동법 제119조의 양도소득세 감면의 종합한도액 계산의 방법에 의하는 것임.