1. 질의요지
○ 질의1) 감독, 스테이크부장, 성전장 등이 교회명의로 취득한 주택에서 5년~20년이상 거주하다 부득이한 사정으로 동주택을 매각하는 경우 법인세 및 특별부가세 대상여부와 양도차익 계산방법
○ 질의2) 전도사의 사택인 국민주택규모 아파트를 취득하여 3년~5년 거주 후 타지역전출로 인하여 매각하는 경우 법인세 및 특별부가세 과세여부
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련법령
○ 법인세법 제59조의 2【과세표준】
① 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지ㆍ건물ㆍ부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 “토지등” 이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다. (90. 12. 31 개정)
(중 략)
③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가를 각각 양도가액과 취득가액으로 한다. (94. 12. 22 단서개정)
1. 취득가액. 다만 상속세법의 규정에 의하여 상속세과세가액에 산입되지 아니한 재산 또는 증여세가 면제되는 재산을 출연받은 법인이 대통령령이 정하는 토지등을 양도하는 경우에 있어서는 당해 토지등을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동법 동조 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. (94. 12. 22 단서개정)
○ 법인세법 제1조【납세의무】
① 국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 “내국법인”이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조에 규정된 설립목적 및 그와 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 “비영리내국법인”이라 한다)은 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호의 수익사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다. (94. 12. 22 개정)
(중 략)
6. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인한 수입 (94. 12. 22 개정)
○ 조세감면규제법 제74조【사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제】
① 다음 각호의 1에 해당하는 토지등을 당해 법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다. (95. 12. 29 제목개정)
1. 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이 그 고유목적에 3년 이상 직접 사용한 토지등 (95. 12. 29 개정)
2. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적에 5년 이상 직접 사용한 토지등
2. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적에 3년 이상 직접 사용한 토지등 (95. 12. 29 개정)
○ 법인세법시행령 제124조의 2
② 법 제59조의 2 제3항에서 “취득가액”이라 함은 제37조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액(제37조 제2항의 규정에 의하여 계상한 현재가치할인차금을 포함하고, 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다), 건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적지출액을 합계한 금액을 말한다. (94. 12. 31 개정)
(중 략)
⑭ 1984년 12월 31일 이전에 취득한 자산의 취득가액은 1985년 1월 1일 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 1985년 1월 1일 현재의 기준시가로 하되, 제124조의 5 제2항 제1호에 해당하는 경우 당해 취득가액은 동호의 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다. 이하 같다)에 의하여 평가한 가액으로 한다. 다만, 1984년 12월 31일 이전의 취득가액에 1984년 12월31일 이전의 취득일로부터 1984년 12월 31일까지의 보유기간에 생산자물가상승률을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 1985년 1월 1일 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다. (95. 12. 30 개정)
② 법 제1조 제1항 제6호에서 “고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(법 제1조 제1항 제1호의 규정에 의한 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 고정자산을 말한다. (95. 12. 30 개정)
○ 조세감면규제법시행령 제71조
③ 법 제74조 제2항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 그 고유목적사업에 사용하지 아니한 때”라 함은 다음 각호에 해당하는 때를 말한다. (95. 12. 30 항번개정)
1. 양도금액을 고유목적사업외의 목적에 사용한 때 (95. 12. 30 개정)
2. 양도금액을 3년 이내에 사용하지 아니한 때. 다만, 부득이한 사유로 인하여 3년 이내에 사용할 수 없는 경우로서 1차에 한하여 3년을 넘지 아니하는 범위안에서 소관세무서장의 사용기한 연장승인을 얻은 경우를 제외한다. (95. 12. 30 개정)
나. 관련예규
○ 재경원 재산 46014-55, 96. 2. 3
종교의 보급 기타교화를 위하여 목사에게 제공한 사택 등 그 법인의 정관에 규정된 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용한 토지 등을 그 고유목적사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세 및 법인세가 면제되는 것으로 회신한 내용이 있음.
* 구 법인세법기본통칙 7-3-18…59의3중 “선교활동을 위하여 선교사용 주택, 사무실 또는 합숙소 등은 교회의 고유목적에 직접 사용하는 토지 등으로 본다”는 규정은 조세감면규제법으로 이관되어 감면사항으로 규정됨에 따라 ’93. 2. 1 삭제되었음.
○ 법인 46012-2961, 96.10.24
1988.12.31 이전에 취득한 비영리법인의 수익사업용 고정자산의 취득가액은 장부가액과 1989.1.1현재로 상속세법 제9조 제1항의 가액으로 평가한 가액 중 높은 금액을 취득가액으로 할 수 있는 것임.