1. 질의내용 요약

[거래형태]

○ 상기 법인은 도매 무역업을 영위하는 법인으로서 ○○시에 소재하는 본점은 등기부상 명시되었을 뿐 임원진, 영업부서, 관리부서등은 ○○시 ○○로 지점사무실에 상주하고 있음.

부가가치세 신고는 본점(○○시)을 주사업장으로하여 총괄납부승인을 받아 주사업장 관할세무서에 총괄납부하여 ○○지점에서는 부동산 임대부분만 관할세무서에 신고함.

○ 상기 법인은 ○○시 ○○로 소재 ○○지점에 상품매입과 관련된 직원 전원이 상주하면서 관련거래처로부터 상품(원재료나 반제품이 아닌 가공이 불필요한 완제품)을 공급받아 공급당일 또는 익일에 전량을 외국으로 수출하여 상품의 납품가격 결정, 중량 확인, 보관, 반출하고 대금지급도 ○○지점에서 이루어짐.

○ 매입세금계산서는 ○○소재 본점 명의로 수취하여 부가가치세를 신고하고 ○○ 본점의 매입세액으로 공제하였으며 영세율 매출도 ○○ 본점에서 신고하였을 경우

[매입세액 불공제 및 가산세 적용 여부]

[갑설]

부가가치세는 사업장별 과세가 원칙이므로 ○○ 본점에서 공제받은 매입세액은 ○○ 지점에서 공제받을 매입세액을 공제받았으므로 매입세액 불공제 및 부가가치세법 제22조 제4항의 규정에 의한 매입세금계산서합계표 제출 불성실 가산세(법인의 경우이므로 2%)를 적용하여야 하며 이 경우 ○○지점은 실지 매입사실이 확인되므로 ○○본점에서 공제받은 매입세액은 공제하고 매입세금계산서합계표 미제출가산세(법인의 경우이므로 2%)를 적용하여야 하며 또한 수출과 관련한 매출액에 대하여는 부가가치세법 제22조 제6항의 규정에 의한 영세율 신고 불성실가산세를 적용하여야 하는 것임.

[을설]

○○본점과 ○○지점은 주사업장 총괄납부가 승인되어 설사 ○○본점에서 제출한 매입세금계산서가 ○○지점에서 공제받을 매입세액이라 하더라도 납부할 세액 전체에 영향을 미치지 아니하고, 매입처별 세금계산서 합계표를 부가가치세 신고기한내에 ○○본점에 제출하였으므로 정부에 제출한 것으로 보아 매입세액불공제 및 매입처별세금계산서합계표 제출불성실가산세 적용대상이 될 수 없음. 또한 지점의 수출에 대하여도 영세율 신고불성실 가산세를 적용할 수 없음.