1. 질의내용 요약

○ 저희는 비영리법인인 학교법인으로서, 학교법인 소지의 수익용재산을 임대를 주어 그 임대료를 교육사업에 사용하고 있던 중, 2001년 6월 11일에 수익용재산인 토지와 건물을 비영리법인에게 매각하였으며, 그 매각금액을 교육사업에 사용할 계획입니다.

○ 이 경우, 저희가 알고 싶은 사항은 다음과 같습니다.

(1) 2001년도에 원천세 환급액이 발생하여서, 법인세 과세표준신고를 하였으며, 상기의 매각자산에 대한 처분손익을 누락한 경우, 법인세 수정신고 와 양도소득세특례에 의한 양도소득세 신고 중 선택하여 신고를 할 수 있는지 여부?

(2) 법인세 수정신고를 할 수 있는 경우,

① 각 사업연도소득금액 계산시 매각 전전월 2001.4.17일에 재평가한 차액을 장부가액에 반영하여 처분손익을 계산할 수 있는지 여부?

② 법인세 특별부가세 계산시, 조세특례제한법 제 81조 【학교법인의 토지 등에 대한 특별부가세의 면제 】규정에 의해 특별부가세를 면제받을 수 있는지 여부? (국세청 콜센터에 문의시, 조세특례제한법 제 81조는 교육 사업용으로 사용 한 토지.건물에 대해서만 적용되는 것이지, 임대료를 교육사업에 사용한 임대수입의 매각자산은 적용되는 것이 아니라고 답해주셨습니다.)

(3) 양도소득세 신고를 하는 경우,

① 상기 매각자산을 1981년도에 취득하였기에, 기준시가로 신고함과 동시에 기타필요경비, 장기보유특별공제,양도소득기본공제,주민세 모두 개인과 같이 적용되는지 여부?

② 가산세 기산일을 매각일의 다음날인 2001.6.12로부터 기산을 해야하는지, 아니면 양도소득세 확정신고기한 다음날인 2002.6.1로부터 기산을 해야 하는지 여부?