1. 질의내용 요약
귀청이 보내주신 청산중인 법인의 특별부가세 신고안내를 2000. 1. 2. 수령하고 그 다음날 인근 ○○세무서 법인세과에 문의한바 명확한 답변을 얻지 못하였고 취득가력을 소명할 장부는 오래되어 없사오니 납부하여야 할 세율과 세액을 알려주시기 바랍니다.
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련법령
○ 법인세법 제99조 【과세표준】
① 특별부가세의 과세표준은 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 “토지 등” 이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다. (2000. 2. 3 개정)
1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) (2000. 2. 3 신설)
2. 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (2000. 2. 3 신설)
3. 부동산에 관한 권리로서 다음 각목의 1에 해당하는 것 (2000. 2. 3 신설)
가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) (2000. 2. 3 신설)
나. 지상권 (2000. 2. 3 신설)
다. 전세권과 등기된 부동산임차권 (2000. 2. 3 신설)
4. 주식 또는 출자지분으로서 다음 각목의 1에 해당하는 것 (2000. 2. 3 신설)
가. 비영리내국법인이 양도하는 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것(제103조의 규정에 의한 비영리내국법인의 부동산 등 양도소득에 대한 특례의 경우에 한한다) (2000. 2. 3 신설)
나. 주식 또는 출자지분의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성ㆍ특정자산의 보유현황 또는 사업의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 것 (2000. 2. 3 신설)
② 제1항에서 “양도” 라 함은 토지 등에 대한 등기 등에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. (1998. 12. 28 개정)
③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가를 각각 양도가액과 취득가액으로 한다. (1998. 12. 28 개정)
1. 취득가액. 다만, 상속세 및 증여세법에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 법인이 대통령령이 정하는 토지등을 양도하는 경우에 있어서는 당해 토지등을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동법 동조 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. (1998. 12. 28 개정)
2. 토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용 (1998. 12. 28 개정)
④ 제3항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나가 분명하지 아니한 경우에 그 분명하지 아니한 가액은 대통령령이 정하는 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다. (1998. 12. 28 개정)
⑤ 법인이 토지등을 함께 취득하거나 양도한 경우 토지등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 취득가액 또는 양도가액을 계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (1998. 12. 28 개정)
⑥ 토지등의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28 개정)
⑦ 제3항에 규정하는 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다. (1998. 12. 28 개정)
1. 토 지 (1998. 12. 28 개정)
지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 "개별공시지가" 라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.
2. 건 물 (1998. 12. 28 개정)
제3호의 경우를 제외한 건물의 경우에는 대통령령이 정하는 과세시가표준액에 의한 가액
3. 건물에 부수되는 토지를 공유로 하고 건물을 구분소유하는 공동주택 또는 특수용도의 건물로서 대통령령이 정하는 지역안에 소재하는 주택 또는 건물의 경우에는 제1호 및 제2호의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액 (1998. 12. 28 개정)
4. 제1호 내지 제3호외의 자산 (1998. 12. 28 개정)
○ 법인세법 시행령 제140조 【특별부가세의 과세표준계산】
① 법인이 각 사업연도에 2 이상의 자산을 양도한 경우에 있어서 법 제99조 제1항에 의한 특별부가세의 과세표준은 당해 사업연도에 양도한 자산별로 법 제99조 제3항에 의하여 계산한 양도차익을 합산한 금액으로 한다. 이 경우 양도한 자산 중 법 제99조 제3항 제1호 및 제2호의 합계액이 당해 자산의 양도가액을 초과하는 자산이 있는 때에는 그 초과하는 금액을 차감하여 특별부가세의 과세표준을 계산한다. (1998. 12. 31 개정)
② 법 제99조 제3항에서 “취득가액” 이라 함은 다음 각호의 금액을 합계한 금액을 말한다. (1998. 12. 31 개정)
1. 제72조 제1항(동항 제3호 및 제4호의 규정은 현물출자의 경우에 한한다) 내지 제3항 및 동조 제4항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 취득가액. 다만, 동조 제2항 제1호의 규정에 의한 익금산입금액을 제외하고 동조 제3항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함한다. (1998. 12. 31 개정)
2. 한국토지공사법에 의한 한국토지공사가 부동산을 취득(기업의 재무구조개선을 지원하기 위하여 1999년 12월 31일 이전에 취득하는 것에 한한다)하기 위하여 발행하는 토지개발채권의 이자 (1998. 12. 31 개정)
3. 대한주택공사법에 의한 대한주택공사가 주택건설사업자의 미분양주택을 취득(1999년 12월 31일 이전에 취득하는 것에 한한다)하기 위하여 발행하는 주택채권의 이자 (1998. 12. 31 개정)
③ 법 제99조 제3항 제1호 단서에서 “대통령령이 정하는 토지 등” 이라 함은 출연받은 날부터 3년 이내에 양도하는 토지 등을 말한다. 다만, 1년 이상 다음 각호의 1에 해당하는 사업(의료업외에 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 토지 등을 제외한다. (1998. 12. 31 개정)
1. 법령에서 직접 사업을 정한 경우에는 그 법령에 규정된 사업 (1998. 12. 31 개정)
2. 행정관청으로부터 허가ㆍ인가 등을 받은 경우에는 그 허가ㆍ인가 등을 받은 사업 (1998. 12. 31 개정)
3. 제1호 또는 제2호외의 경우에는 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 사업 (1998. 12. 31 개정)
④ 상속세 및 증여세법에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 출연재산이 그 후에 과세요인이 발생하여 그 과세가액에 산입되지 아니한 상속세 또는 증여세의 전액 상당액이 부과되는 경우에는 제3항의 규정을 적용하지 아니한다. (1998. 12. 31 개정)
⑤ 소득세법시행령 제162조의 규정은 법 제99조 제6항의 취득시기 및 양도시기에 관하여 이를 준용한다. (1998. 12. 31 개정)
⑥ 법 제99조 제11항에서 "환지처분" 이라 함은 토지구획정리사업법 기타 법률에 의하여 사업시행자가 사업완료 후에 사업구역안의 토지소유자 또는 관계인에게 종전의 토지에 갈음하여 그 구역안의 다른 토지로 바꾸어 주는 것을 말하며, 사업시행으로 인한 분할ㆍ합병 또는 교환의 경우를 포함한다. (1998. 12. 31 개정)
⑦ 법 제99조 제11항에서 “체비지” 라 함은 토지구획정리사업법 기타 법률에 의하여 사업시행자가 사업구역안의 토지소유자 또는 관계인에게 그 구역안의 토지로 사업비용을 부담하게 하는 경우의 당해 토지와 토지구획정리사업법 기타 법률에 의한 보류지를 말한다. (1998. 12. 31 개정)
⑧ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인이 특수관계자와의 거래에 있어서 토지 등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 법 제99조 제10항의 규정에 의하여 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산할 수 있다. (1998. 12. 31 개정)
⑨ 1984년 12월 31일 이전에 취득한 자산의 취득가액은 1985년 1월 1일 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 1985년 1월 1일 현재의 기준시가로 하되, 제141조 제1항 제1호에 해당하는 경우 당해 취득가액은 동호의 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다. 이하 이 조에서 같다)에 의하여 평가한 가액으로 한다. 다만, 1984년 12월 31일 이전의 취득가액에 1984년 12월 31일 이전의 취득일로부터 1984년 12월 31일까지의 보유기간에 생산자물가상승률을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 1985년 1월 1일 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다. (1998. 12. 31 개정)
⑩ 조세특례제한법 제2조 제1항 제6호 또는 제7호의 규정은 법 제99조 제11항의 규정에 의한 이월과세 또는 과세이연을 적용함에 있어서 이를 준용한다. (1998. 12. 31 개정)
⑪ 법 제99조 제11항의 규정에 의하여 교환 또는 환지처분의 이월과세 또는 과세이연을 적용받고자 하는 내국법인은 교환일 또는 환지처분일이 속하는 사업연도의 법인세 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 이월과세적용신청서 또는 과세이연신청서에 교환명세서 또는 환지처분명세서를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (1998. 12. 31 개정)
○ 법인세법 시행령 제141조 【기준시가의 산정】
① 법 제99조 제4항에서 “대통령령이 정하는 산식” 이라 함은 다음 각호의 산식을 말한다. (1998. 12. 31 개정)
1. 취득가액이 분명하지 아니한 경우 (1998. 12. 31 개정)
취득당시의 기준시가
양도가액 × ─────────────────────────
양도당시의 기준시가(소득세법시행령 제164조 제7항
의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한
양도당시의 기준시가를 말한다)
2. 양도가액이 분명하지 아니한 경우 (1998. 12. 31 개정)
양도당시의 기준시가(소득세법시행령 제164조 제7항
의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한
양도당시의 기준시가를 말한다)
취득가액 × ──────────────────────────
취득당시의 기준시가
② 법 제99조 제5항에서 “대통령령이 정하는 방법” 이라 함은 다음 각호의 방법을 말한다. (1998. 12. 31 개정)
1. 기준시가가 있는 자산만을 취득하거나 양도한 경우에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산하는 방법 (1998. 12. 31 개정)
2. 기준시가가 있는 자산과 기준시가가 없는 자산을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산하는 방법 (1998. 12. 31 개정)
③ 법 제99조 제7항 제1호 단서에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액" 이라 함은 당해 토지와 지목ㆍ이용상황 등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률 제10조 제2항의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지 관할세무서장(납세지 관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지 관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장을 말한다)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 2 이상의 감정기관에 의뢰하여 당해 토지에 대한 감정기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다. (1998. 12. 31 개정)
④ 법 제99조 제7항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다. (1998. 12. 31 개정)
⑤ 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의하여 1990년 8월 30일 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 산식 중 시가표준액은 법률 제4995호로 개정되기 전의 지방세법상 시가표준액으로 한다. (1998. 12. 31 개정)
1990년 1월 1일을 기준으로 취득당시의 시가표준액
한 개별공시지가 × ───────────────────
1990년 8월 30일 현재의 시가표준액과
그 직전에 결정된 시가표준액의 합계액
을 2로 나누어 계산한 금액
⑥ 법 제99조 제7항 제1호 단서에서 “대통령령이 정하는 지역” 이라 함은 각종 개발사업 등으로 지가가 급등하거나 급등우려가 있는 지역으로서 국세청장이 지정한 지역을 말한다. (1998. 12. 31 개정)
⑦ 법 제99조 제7항 제2호에서 “대통령령이 정하는 과세시가표준액에 의한 가액” 이라 함은 지방세법시행령 제80조 제1항의 규정에 의한 시가표준액에 의한 가액(동항 단서의 가감산율을 적용하지 아니한 가액으로 한다)을 말한다. (1998. 12. 31 개정)
⑧ 법 제99조 제7항 제3호에서 "대통령령이 정하는 지역" 이라 함은 국세청장이 지정하는 지역을 말한다. (1998. 12. 31 개정)
⑨ 제8항의 규정에 의하여 국세청장이 지정한 지역에 있는 자산으로서 취득당시에는 그 지역에 해당하지 아니하는 경우 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. (1998. 12. 31 개정)