1. 질의내용

주주들에게 부과고지된 증여세와 관련하여 회사를 제2차 납세의무자로 정하여 증여세를 부과,고지하고 부동산 압류등 영업활동을 제재하여 부득이 주주들의 증여세를 회사가 대납하여 주고 가지급금으로 회계처리하였으나, 원금회수가 장기화 될 것으로 간주되어 회사는 주주들에게 담보제공을 요구하였으며 회사와 주주들간에 주식을 담보로 한 담보계약을 체결하고 지급기일을 약정한바 있습니다.

그러나 회사 경리담당자의 업무착오로 담보계약된 주식에 대하여 자기주식 계정으로 회계처리를 잘못하였고, 또한 결산 및 세무조정 계산서 작성과정에서 자기주식계정 처리된 주식에 대하여 주식이동상황 명세서에 표기하여 신고하였습니다.

현재는 담보계약 체결된 약정기일내에 가지급금을 회수하였고 자기주식 계정도 삭제하였으며 주식등은 원상 회복된 상태입니다.

일련의 과정에서 잘못된 세무조정 계산상 주식이동상황 명세서에 의하여 주식을 실제로 양도,양수한 것으로 보아 과세 대상에 해당하는 것인지, 사실과 다르다는 것을 해명할 수 있는 방법은 없는 것인지 궁금하여 질의합니다.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련법령

○ 법인세법 제119조【주식등 변동상황명세서의 제출】

① 사업연도중에 주식등의 변동사항이 있는 법인(대통령령이 정하는 조합법인등을 제외한다)은 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 대통령령이 정하는 바에 따라 주식등 변동상황명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (98. 12. 28 개정)

② 주권상장법인 및 협회등록법인의 소액주주가 소유한 주식과 주식회사가 아닌 법인의 출자지분으로서 대통령령이 정하는 주식등에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. (98. 12. 28 개정)

○ 법인세법 제76조

⑥ 납세지 관할세무서장은 제119조의 규정에 의하여 주식등 변동상황명세서(이하 이 조에서 “변동상황명세서”라 한다)를 제출하여야 할 내국법인이 변동상황명세서를 제출하지 아니하거나 변동상황을 누락하여 제출한 경우와 제출한 변동상황명세서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 미제출ㆍ누락제출 및 불분명하게 제출한 주식등의 액면금액 또는 출자가액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. (98. 12. 28 개정)

○ 시행령 제161조【주식 등 변동상황명세서의 제출】

① 법 제119조 제1항에서 “대통령령이 정하는 조합법인 등”이라 함은 제1조 제1호 내지 제10호의 법인(그 중앙회 및 연합회를 제외한다)을 말한다. (98. 12. 31 개정)

② 법 제119조 제2항에서 “대통령령이 정하는 주식 등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주식 등을 말한다. (98. 12. 31 개정)

1. 주권상장법인의 소액주주의 주식 (98. 12. 31 개정)

2. 협회등록법인의 소액주주의 주식. 다만, 협회등록 전에 주식을 취득한 경우에는 당해 주식의 액면금액의 합계액이 500만원 이하인 주주의 주식과 중소기업의 주식으로서 소득세법시행령 제157조 제5항 제1호 다목의 규정을 적용받는 주식 (98. 12. 31 개정)

3. 주식회사가 아닌 법인의 소액출자자의 출자지분 (98. 12. 31 개정)

③ 제2항 제1호 및 제2호에서 “소액주주”라 함은 제87조 제2항의 규정에 의한 주주로서 보유하고 있는 주식의 액면금액의 합계액이 3억원에 미달하는 주주를 말하며, 제2항 제3호에서 “소액출자자”라 함은 출자총액이 500만원 이하인 출자자를 말한다. (98. 12. 31 개정)

④ 제2항 및 제3항의 규정에 의한 소액주주 또는 소액출자자 및 액면금액 또는 출자총액은 당해 법인의 사업연도개시일과 사업연도종료일 현재의 현황에 의한다. 이 경우 어느 한 날이라도 소액주주 또는 소액출자자에 해당하지 아니하는 경우에는 제3항의 규정에 의한 소액주주 또는 소액출자자로 보지 아니한다. (98. 12. 31 개정)

⑤ 법 제119조의 규정에 의한 주식 등 변동상황명세서는 재정경제부령으로 정하며, 동 명세서에는 다음 각호의 내용을 기재하여야 한다. (98. 12. 31 개정)

1. 주주 등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호ㆍ사업자등록번호 또는 고유번호 (98. 12. 31 개정)

2. 주주 등별 주식 등의 보유현황 (98. 12. 31 개정)

3. 사업연도 중의 주식 등의 변동사항 (98. 12. 31 개정)

4. 소득세법시행령 제165조 제1항 제2호 및 제3호 가목의 규정에 의한 기준시가 (98. 12. 31 개정)

⑥ 제5항 제3호에서 주식 등의 변동은 매매ㆍ증자ㆍ감자ㆍ상속ㆍ증여 및 출자 등에 의하여 주주 등ㆍ지분비율ㆍ보유주식액면총액 및 보유출자총액 등이 변동되는 경우를 말한다. (98. 12. 31 개정)

○ 시행령 제120조

⑤ 법 제76조 제6항에서 “대통령령이 정하는 불분명한 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 다만, 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항의 일부가 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 그 밖의 기재사항에 의하여 주식 등의 변동사항을 확인할 수 있는 경우를 제외한다. (98. 12. 31 개정)

1. 제출된 변동상황명세서에 제161조 제5항 제1호 내지 제3호의 기재사항(이하 이 항에서 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부를 기재하지 아니하였거나 잘못 기재하여 주식 등의 변동상황을 확인할 수 없는 경우 (98. 12. 31 개정)

2. 제출된 변동상황명세서의 필요적 기재사항이 주주명부 또는 사원명부의 기재사항과 다르게 기재되어 주식 등의 변동사항을 확인할 수 없는 경우 (98. 12. 31 개정)

나. 유사사례

○ 법인46012-2031, 1997.7.23

귀 질의의 경우 법인이 법인세 과세표준신고시에 주식 및 출자지분 변동상황명세서를 제출하였으나 양도주식을 인수한 양수인을 잘못 기재한 경우에는 실제 변동상황을 기재한 것으로 수정제출할 수 있으나, 동 수정제출의 경우에도 변동상황을 잘못기재한 부분에 대하여는 법인세법 제41조 제13항의 가산세규정을 적용하는 것입니다.

○ 법인46012-3271, 1996.11.23

귀 질의의 경우 사업연도중에 주주의 이동사항이 있는 법인이 법인세 과세표준 신고기한내에 주식이동상황명세서를 제출하면서 이동사항이 없는 것으로 잘못 제출한 경우에는 그후 실제 이동상황을 기재한 것으로 수정제출할 수 있으나, 동 수정제출의 경우에도 주식의 이동상황이 신고기한내에 제출되지 아니한 경우이므로 법인세법 제41조제13항의 가산세규정은 적용되는 것입니다.