1. 질의내용 요약

1. 본 법인은 ○○시 ○○공사와 ○○구 ○○동 ○○번지외 6필지에 대하여 1994년 6월 28일 수용 협의 계약을 체결하였습니다.

2. 그러나 수용 협의 계약 체결 당시, 수용면적이 확정되지 않아서 보상금은 추후에 면적이 확정되면 받기로 하고, 일단 관보상에 게재된 면적으로 1994년 6월 30일 ○○공사에 지분 이전하였습니다.

3. 이후 1994년 11월 10일 수용 면적이 확정되어, 본 법인은 ○○공사로부터 보상금 15,486,744,000원 전액을 수령하였습니다.

4. 그러나 면적 확정 결과 당초 1994년 6월 30일 ○○시 ○○공사가 지분으로 이전해간 면적과 동년 11월 10일 확정된 면적간에 차이가 발생하였습니다(일부 토지는 면적이 증가하였고, 일부 토지는 면적이 감소하였음).

5. 이에 본 법인과 ○○시 ○○공사는 동년 11월 14일 차이나는 면적에 대해 서로 교환 계약서를 작성하여, 지분으로 등기되어 있던 등기부등본을 정리하였습니다.

6. 이에대해 담당 세무서인 ○○세무서에서는, 1994년 11월 14일자 교환등기는 양도에 해당되므로 특별부가세 과세대상이라고 주장하고 있습니다.

7. 그러나 본 법인은 1995년 5월 30일 정기분 법인세 신고시, 수용 확정된 면적과 수령한 보상금을 조세감면규제법 제73조 및 동법 시행령 제70조에 의거 감면 신청을 하였고, 교환등기는 94년 6월 30일 소유권 이전 당시 지분으로 등기 이전되었기 때문에, 추후 차이가 나는 면적을 정산하기 위해서 불가피하게 교환 등기를 한 것이라고 설명하였습니다.

8. 상기와 같은 경우 면적 정산을 위한 교환등기도 특별부가세 과세대상이 되는지 여부에 대해 문의하는 것이니 검토하신후 회신하여 주시기 바랍니다.

○ 법인세법기본통칙 7-4-1…59의 5【부동산양도계약의 변경에 따른 특별부가세 취급】

① 토지 등의 양도계약을 체결하고 영 제124조의 2 제13항의 규정에 의한 양도시기가 경과한 후 그 계약이 변경된 경우에는 그 변경된 내용에 따라양도차익을 계산한다. (93.2.1. 개정)

② 제1항의 경우 당초 양도일과 변경일이 사업연도를 달리하는 때에는 다음 각호에 의한다. (85.1.1. 개정)

1. 양도계약의 변경으로 인하여 양도차익이 증감된 경우에는 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 그 변경일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금으로 한다.

2. 양도계약의 변경으로 인하여 양도차익이 증가된 경우에는 그 증가된 금액에 대한 특별부가세는 당해 변경일이 속하는 사업연도의 특별부가세로 납부할 수 있다. 이 경우 추가납부할 특별부가세는 당초 신고 또는 경정내용을 기준으로 하여 계산한다.

3. 양도계약의 변경으로 인하여 양도차익이 소멸되거나 감소됨으로써 소멸 또는 감소된 특별부가세는 당초 양도일이 속하는 사업연도의 신고 또는 결정분을 그 변경된 내용에 따라 경정한다. 다만, 변경일이 속하는 사업연도에 다른 토지 등의 양도차익(제2호의 양도차익을 포함한다)이 있는 경우에는 계약변경으로 인하여 소멸되거나 감소된 양도차익에 대한 특별부가세는 변경일이 속하는 사업연도의 특별부가세에서 차감하여 납부할 수 있다. 이 경우 차감하는 특별부가세는 당초 신고 또는 경정내용을 기준으로 하여 계산한다. (88.3.1. 개정)

③ 제2항 제3호의 경우에 발생되는 국세환급금은 납세자에게 귀책사유가 있는 것이므로 국세환급가산금은 국세기본법 제52조 제6호 단서의 규정에 의하여 계산한다.