1. 질의내용 요약

결손금 소급공제 환급받은 세액에 대한 추징세액 계산과 관련하여 아래와 같은 의문이 발생하여 질의합니다.

(사례)

1. 소급공제 환급신청

(1) 환급세액 계산

① 786,439,939 - (2,851,567,642-2,851,567,642) = 786,439,939원

 (전기산출세액) (전기과표) (업체신고소급공제결손금)

② 786,439,939 - 98,886,437 = 687,552,502원

 (전기산출세액) (공제감면세액)

①,②중 적은 것

⇒ 687,552,502원 소급공제 환급 필

(2) 직전년도에 공제감면 받은 세액이 있는 경우 소급공제 결손금에 대한 쟁점

(갑설) 위 (1)① 계산시 업체가 신청한 금액이 2,851,567,642원이므로 소급공제 결손금은 2,851,567,642원이다

(을설) 업체가 소급공제 환급받은 세액은 전기산출세액에서 공제감면세액을 차감한 금액을 한도로 환급을 받았으므로 실질적으로 환급받은 687,552,502원에 대해 과세표준 2,498,401,762원이 소급공제 결손금이므로 업체가 이 금액을 초과하여 신청한 소급공제 결손금은 없는 것으로 보아야 한다

따라서 갑설ㆍ을설중 어느것이 맞는 것인지 회신하여 주시기 바랍니다.

2. 전기 공제감면세액이 있고 결손금 소급공제후 경정으로 인해 결손금이 감소된 경우 감소된 결손금에 대한 기환급세액 추징할 세액 계산 방법

(산식)

감소된 결손금액에 대한 기환급세액

= 당초 환급세액 * (감소된 결손금액 - 소급공제받지아니한 결손금)

 /소급공제결손금액

(1) 갑설에 의한 계산

687,552,500 * [811,050,093-(3,201,099,080-2,851,567,642)] / 2,851,567,642

(2) 을설에 의한 계산

687,552,500 * [811,050,093-(3,201,099,080-2,498,401,792)] / 2,498,401,792

따라서 쟁점은 전기 공제감면세액이 있는 경우 감소된 결손금액에 대한 기환급세액 추징 계산시 소급공제 결손금액을 어떻게 보아야 할 것인가로 업체가 소급공제 환급신청시 산출세액이 아닌 납부세액을 한도로 환급계산이 이루어지므로 갑설에 따라 계산한다면 환급받지도 못한 소급공제 결손금이 과다하게 계상되는 결과가 초래되어 납세자에게 불리해질 수밖에 없는 바,

(1), (2)중 어느 산식이 맞는 것인지 조속히 회신하여 주시기 바랍니다.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련법령

○ 법인세법 제72조 【결손금소급공제에 의한 환급】

① 제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다. (98.12.28. 개정)

② 제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 내국법인은 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다. (98.12.28. 개정)

③ 납세지 관할세무서장이 제2항의 규정에 의한 신청을 받은 때에는 지체없이 환급세액을 결정하여 국세기본법 제51조 및 제52조의 규정에 의하여 환급하여야 한다. (98.12.28. 개정)

④ 제1항 내지 제3항의 규정은 당해 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에 한하여 이를 적용한다. (98.12.28. 개정)

⑤ 납세지 관할세무서장은 제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다. (98.12.28. 개정)

⑥ 결손금의 소급공제에 의한 환급세액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (98.12.28. 개정)

○ 법인세법 시행령 제110조 【결손금소급공제에 의한 환급세액의 계산】

① 법 제72조 제1항에서 “대통령령이 정하는 법인세액”이라 함은 직전 사업연도의 법인세 산출세액(법 제56조의 규정에 의한 적정유보초과소득에 대한 법인세를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에서 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제 또는 감면된 법인세액(이하 이 조에서 “감면세액”이라 한다)을 차감한 금액(이하 “직전 사업연도 법인세액”이라 한다)을 말한다. (98.12.31. 개정)

② 법 제72조 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액을 말한다. (98.12.31. 개정)

1. 직전 사업연도의 법인세 산출세액

2. 직전 사업연도의 과세표준에서 법 제14조 제2항의 규정에 의한 당해 사업연도의 결손금으로서 소급공제를 받고자 하는 금액(직전 사업연도의 과세표준을 한도로 하며, 이하 이 조에서 “소급공제 결손금액”이라 한다)을 차감한 금액에 직전사업연도의 세율을 적용하여 계산한 금액

③ 법 제72조 제2항의 규정에 의하여 환급을 받고자 하는 법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 재정경제부령이 정하는 소급공제법인세액환급신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (98.12.31. 개정)

④ 법 제72조 제5항의 규정에 의하여 결손금이 감소됨에 따라 징수하는 법인세액의 계산은 다음 산식에 의한다. 다만, 법 제14조 제2항의 결손금 중 그 일부 금액만을 소급공제받은 경우에는 소급공제받지 아니한 결손금이 먼저 감소된 것으로 본다. (98.12.31. 개정)

[법 제72조 제3항의 규정에 의한 환급세액(이하 이 조에서 “당초 환급세액”이라 한다]

                감소된 결손금으로서 소급공제받지 아니한

                결손금을 초과하는 금액

          × ───────────────────────

                      ※ 소급공제 결손금액