1. 질의내용 요약
(상 황)
1. A사(합병회사)와 B사(피합병회사)는 99.5.4(합병등기일)자로 합병하였으며
2. B사(피합병회사)는 98년 자산재평가를 실시하였습니다.
3. 법인세법 제99조 제11항은 “합병(제44조 제1항 각호의 요건을 갖춘 것에 한한다)………교환(제50조의 요건을 갖춘 것에 한한다)으로 인하여 소유권이 이전되거나 토지구획정리사업법 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이월과세 또는 과세이연을 적용받을 수 있다.”고 규정하고 있고
4. 법인세법시행령 제140조 제11항은 “법99조 제11항의 규정에 의하여 교환 또는 환지처분의 이월과세 또는 과세이연을 적용받고자 하는 내국법인은 교환일 또는 환지처분일이 속하는 사업연도의 법인세 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 이월과세적용신청서 또는 과세이연신청서에 교환명세서 또는 환지처분명세서를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.”고 규정하고 있습니다.
(질 의)
위와 같이 법인세법 제99조 제11항은 동법 제44조 제1항 각호의 요건을 갖춘 합병의 경우 대통령령이 정하는 바에 따라 이월과세를 적용받을수 있다고 규정하고 있는바 합병의 경우 이월과세를 대통령령으로 정한바 없어도 이월과세를 적용받을 수 있는 지에 대하여 질의합니다.
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 법규
○ 법인세법 제99조【과세표준】
① 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다. (98.12.28. 개정)
② 제1항에서 “양도”라 함은 토지 등에 대한 등기 등에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지 등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다.
⑪ 합병(제44조 제1항 각호의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ법인의 분할(제46조 제1항 각호 및 제47조 제1항의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ조직변경 및 교환(제50조의 요건을 갖춘 것에 한한다)으로 인하여 소유권이 이전되거나 토지구획정리사업법 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이월과세 또는 과세이연을 적용받을 수 있다. (98.12.28. 개정)
○ 법인세법시행령 제140조【특별부가세의 과세표준계산】
① 법인이 각 사업연도에 2 이상의 자산을 양도한 경우에 있어서 법 제99조 제1항에 의한 특별부가세의 과세표준은 당해 사업연도에 양도한 자산별로 법 제99조 제3항에 의하여 계산한 양도차익을 합산한 금액으로 한다. 이 경우 양도한 자산 중 법 제99조 제3항 제1호 및 제2호의 합계액이 당해 자산의 양도가액을 초과하는 자산이 있는 때에는 그 초과하는 금액을 차감하여 특별부가세의 과세표준을 계산한다. (98.12.31. 개정)
⑩ 조세특례제한법 제2조 제1항 제6호 또는 제7호의 규정은 법 제99조 제11항의 규정에 의한 이월과세 또는 과세이연을 적용함에 있어서 이를 준용한다. (98.12.31. 개정)
⑪ 법 제99조 제11항의 규정에 의하여 교환 또는 환지처분의 이월과세 또는 과세이연을 적용받고자 하는 내국법인은 교환일 또는 환지처분일이 속하는 사업연도의 법인세 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 이월과세적용신청서 또는 과세이연신청서에 교환명세서 또는 환지처분명세서를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (98.12.31. 개정)
○ 조세특례제한법 제2조【정의】
① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. (98.12.28. 개정)
6. “이월과세”라 함은 현물출자 등을 통하여 개인 또는 법인이 당해 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “종전사업용고정자산 등”이라 한다)을 다른 법인에게 양도하는 경우 이를 양도하는 개인 또는 법인에 대하여는 소득세법 제94조의 규정에 의한 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다) 또는 법인세법 제99조의 규정에 의한 특별부가세(이하 “특별부가세”라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 당해 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “신사업용고정자산 등”이라 한다)을 양도하는 경우 종전사업용고정자산등의 취득가액을 신사업용고정자산등의 취득가액으로 보아 신사업용고정자산 등의 양도가액에서 차감한 금액에 대하여 특별부가세를 과세하는 것을 말한다. 이 경우 종전사업용고정자산등의 취득시기를 신사업용고정자산 등의 취득시기로 본다.