1. 질의내용에 대한 자료

가. 유사사례

○ 부가46015-4064, 2000.12.18

사업자가 부가가치세가 과세되는 수종의 사업과 면제되는 수종의 사업을 겸업하는 경우에 있어서는 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산하여야 하고 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 이를 안분계산하여야 하며, 이 경우 어느 과세사업과 면세사업만에 관련된 매입세액으로의 구분이 가능한 경우에는 그 공통매입세액에 관련된 사업단위별로 구분하여 부가가치세법시행령 제61조 제1항의 규정에 의하여 안분계산하는 것입니다.

○ 부가46015-1099, 1999.5.26

【질의】

A법인은 법령을 출판ㆍ보급하는 부가가치세 면세업종이었으나 이러한 법령의 자료를 데이터로 수집 분류하여 이를 부가통신으로 이용자에게 실가로 이용하도록 하여 부가가치세 과세업을 겸영하게 되었음.

이러한 과세ㆍ면세를 겸영하게 됨으로써 부가가치세 매입세액을 우선 업종별로 구분하고 이를 실지귀속시킨 후 건물 임차료부분만이 공통매입세액에 해당되어 이를 부가가치세법시행령 제61조 제1항의 규정에 따라 총 공급가액 중 면세공급가액 비율로 안분하여 부가가치세를 신고 납부하여 왔음.

그러던 중 본사를 이전하고자 기존 건물을 구입하였으나 기존 임차인의 임차기간이 종료될 때까지 임대업을 겸하게 되어 지점 사업자등록을 필한 후 부가가치세를 신고 납부하였고, 모든 기존 임차인의 임차기간이 만료된 1998. 5월경부터 대대적인 개ㆍ보수를 진행하여 1998. 12. 31 모든 공사를 마치게 되었음.

이러한 건물 개ㆍ보수의 공사 진행중에 발생된 매입세액은 부가가치세법시행령 제61조 제4항의 규정에 의거 부동산 임대에 관련된 공급가액이 없어 이를 내부 계획에 따라 예정 사용면적으로 안분(=40% 임대, 60% 자체 사용)한 후 부가가치세를 신고하여 왔음.

이후 기존 건물의 개ㆍ보수가 어느 정도 완성되어 1998. 10. 본사를 지점 사업장이 있는 곳으로 이전 완료하였고, 1998. 2기 부가가치세 확정신고분부터는 본ㆍ지점이 동일한 사업장에 위치하게 되어 부가가치세 신고는 통합하여 신고하였음.

이러한 부가가치세 신고에 있어 제조ㆍ출판업과 부가통신업에 관련된 매입세액은 기존대로 명확히 구분되는 것은 실지 귀속에 따라, 임차건물(본사이전 전에 발생한 1개월분의 매입세액)에 대한 공통매입세액은 총공급가액과 면세공급가액 비율에 따라 안분계산하였고, 건물 개ㆍ보수와 관련된 매입세액은 기존대로 예정사용면적 비율로 안분계산한 후 이를 통산하여 부가가치세를 신고하였음.

이러한 부가가치세 신고시 부가가치세 공통매입세액 계산에 있어 다음과 같은 의견 중 어느 설이 옳은지 질의함.

<갑설> 부가가치세는 사업장 단위의 과세이므로 동일한 사업장에서 수종의 과세ㆍ면세를 겸영하더라도 전체 공통매입세액을 전체 사업의 당해 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분계산하여야 함.

<을설> 한 사업장에서 과세 면세 사업장을 겸영하는 경우에도 매입세액을 업종별로 실지 귀속시킨 후 어느 과세사업과 면세사업만에 관련된 공통매입세액으로 구분하여 이를 그 공통매입세액에 관련된 사업부분만의 당해 과세기간의 공급가액 비율 또는 예정 사용면적 비율에 따라 안분계산하여야 함.

【회신】

귀 질의의 경우에는 “을설” 이 타당함. 즉, 수종의 과세ㆍ면세사업 중에서 공통매입세액과 관련된 사업단위(부분)별로 세분이 가능한 경우에는 그 공통매입세액과 관련된 사업부분별로 구분하여 당해 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액 비율 등에 의하여 공통매입세액을 안분계산하는 것임.

○ 대법원 1982. 9. 28. 제1부 판결, 82누170 부가가치세 부과처분 취소

부가가치세가 과세되는 수종의 사업과 면세되는 수종의 사업을 겸영하는 경우에 있어서 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액이 그 사업 중에서 어느 과세사업과 면세사업에만 관련된 것으로 세분이 가능한 때의 매입세액의 계산방법

사업자가 부가가치세가 과세되는 수종의 사업과 면세되는 수종의 사업을 겸영하는 경우에 있어서는 면세사업과 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산해야 하고, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 이를 안분계산함에 있어서도 어느 과세사업과 면세사업에만 관련된 공통매입세액으로의 세분이 가능한 경우에는, 그 공통매입세액만에 관련된 사업단위(부분)별로 구분하여 부가가치세법시행령 제61조 제1항 소정의 산식에 의거 이를 안분계산해야 할 것으로 해석되므로, 사업주체(과세주체)별로 수종의 과세사업과 면세사업에 관련된 전체의 공통매입세액을 전체 사업의 당해 과세기간의 총공급가액에 대한 총면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 방법에 의할 것이 아니고, 어느 과세사업과 면세사업만에 관련된 공통매입세액으로 구분하여, 이를 그 공통매입세액에 관련된 사업부분만의 당해 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 방법에 의하여 할 것임.

○ 부가 1265.2-1215, 1982. 5. 12.

공통매입세액의 안분계산은 사업지 단위(예: 건설업에 있어서 건설현장단위)로 하되, 각 사업지의 공통적으로 사용되는(예: 본사 사업장의 임차료 등) 매입세액의 안분계산은 사업장의 공급가액의 합계액으로 부가가치세법시행령 제61조의 규정에 의하여 안분계산하는 것임.

○ 부가 46015-1007, 1997. 5. 8.

여러 개의 사업장이 있는 사업자의 경우 공통매입세액의 안분계산은 각 사업장 단위로 하되, 각 사업장에 공통으로 사용되는 매입세액은 각 사업장의 공급가액의 합계액으로 부가가치세법시행령 제61조의 규정에 의해 안분계산하는 것임.