1. 질의내용에 대한 자료

가. 관련법령

○ 17-62-3 【의제매입세액 재계산】

면세로 공급받은 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물을 구입시에 의제매입세액을 공제받은 후 당해 재화의 구성부분의 일부만을 과세재화의 제조ㆍ가공 또는 과세용역의 창출에 사용하고 나머지 부분은 그대로 양도 또는 과세용역의 창출에 사용하고 나머지 부분은 그대로 양도 또는 인도하는 경우(소세지 제조업자가 생돈을 구입하여 돈육을 사용하고 부산물을 판매하는 경우등)에는 영 제62조제2항의 규정에 의하여 그 공제한 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하여야 한다. 이 경우 양도한 부분의 취득가액을 구분할 수 없거나 합리적인 구분 기준이 없는 때에는 양도한 부분의 양도가액을 기준으로 하여 계산할 수 있다. (98. 8. 1 개정)

③ 법 제17조 제3항의 규정에 의한 매입세액의 공제를 받고자 하는 사업자는 법 제17조 제4항의 규정에 따라 매입처별 계산서합계표 또는 소득세법 제163조 또는 법인세법 제121조의 규정에 의하여 교부받는 영수증(제조업을 영위하는 사업자가 농ㆍ어민으로부터 면세농산물등을 직접 공급받는 경우에는 재정경제부령이 정하는 의제매입세액공제신고서와 관계증빙서류)을 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (98. 12. 31 개정)

③ 법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액을 공제받고자 하는 사업자는 다음 각호의 1에 해당하는 서류를 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (99. 12. 31 개정)

1. 소득세법 제163조 또는 법인세법 제121조의 규정에 의한 매입처별계산서합계표 (99. 12. 31 개정)

2. 여신전문금융업법에 의한 신용카드매출전표 또는 직불카드영수증 (99. 12. 31 개정)

3. 제조업을 영위하는 사업자가 농ㆍ어민으로부터 면세농산물 등을 직접 공급받는 경우에는 재정경제부령이 정하는 의제매입세액공제신고서와 관계증빙서류 (99. 12. 31 개정)

④ 제60조 제1항의 규정은 제3항의 규정에 의한 매입세액의 공제에 관하여 이를 준용한다. (91. 12. 31 신설)

④ 제60조 제1항 및 동조 제2항의 규정은 제3항의 규정에 의한 매입세액의 공제에 관하여 이를 준용한다. (97. 12. 31 개정)

○ 제62조의 2【납부세액계산특례】

과세특례자가 제4장 내지 제6장의 규정이 적용되는 사업자(이하 “일반과세자”라 한다)로 변경된 경우에는 재무부령이 정하는 바에 의하여 당해 변경일 현재의 재고품 및 감가상각자산에 대한 매입세액을 법17조의 규정에 의한 납부세액계산에 있어서 매입세액으로서 공제할 수 있다. (83. 12. 29 개정)

나. 유사사례

○ 부가 22601-994, 1990. 7. 30.

제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 김치 또는 간장을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우 원재료로 공급받은 김치 또는 간장에 대하여는 의제매입세액을 공제받을 수 없는 것임.

○ 부가 46015-2028, 1994. 10. 6.

사업자가 면세로 구입한 김치를 거래단위로 포장하여 판매하는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것이며, 이 경우 면세로 구입한 김치에 대하여는 부가가치세법 제17조 제3항 규정에 의한 의제매입세액을 공제받을 수 없는 것임.

○ 부가 22601-84, 1990. 1. 25.

제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물ㆍ임산물을 시험연구용으로 사용하는 경우에는 동 원재료에 대하여는 의제매입세액을 공제받을 수 없는 것임.

○ 부가 1265-2083, 1983. 9. 28.

굴통조림을 제조판매하는 사업자가 원재료인 굴을 수매함에 있어 굴 수하식양식 수산업협동조합(이하 굴수협이라 함)과 원료 굴 공급 및 채무보증계약을 체결, 수산업법에 의하여 지정받은 굴 양육지역 및 판매장소에서 당해 조합원으로부터 굴을 인도받고 굴 수협명의의 계산서를 교부받아 의제매입세액공제신고서를 제출한 경우는 사실과 다른 계산서로 볼 수 없으므로 의제매입세액공제를 받을 수 있음.

※ 1992. 1. 1. 이후부터는 이 경우에는 부가가치세 신고시 계산서만 제출하면 공제 가능.

○ 간세 1235-3657, 1977. 10. 10.

부가가치세법 제5조의 규정에 의한 등록을 하지 아니한 경우에는 동법 제17조 제3항의 규정에 적용되지 아니하며, 사업자등록을 한 사업자가 면세 원재료를 공급받는 날이 속하는 예정신고시 의제매입세액을 공제하지 아니한 경우에는 당해 과세기간의 확정신고시 의제매입세액을 공제할 수 있음.

※ 1991. 12. 31. 부가가치세법시행령 제62조의 제4항 신설로 수정신고나 경정청구 또는 경정시 경정기관의 확인을 거쳐 제출함으로써 의제매입세액을 공제받을 수 있음.

○ 부가 22601-1418, 1992. 9. 14.

부가가치세법 제17조 제3항의 규정에 의하여 의제매입세액을 공제받는 사업자가 매입세액공제대상 원재료를 면세사업자로부터 구입하는 때에는 소득세법 제189조 또는 법인세법