1. 질의내용에 대한 자료

가. 유사사례

○ 부가46015-2698, 1998. 12. 8

【질의】

1. 당 연구원은 민법 제32조 및 공익법인의 설립운영에 관한 법률 제4조 규정에 의거 국가산업 발전의 토대가 되는 과학기술연구개발 업무를 수행하고, 그 성과를 보급함으로써 산업과학 기술진흥에 기여함을 목적으로 과학기술처 장관의 허가를 받아 설립된 비영리 재단법인 종합연구기관임.

2. 당 연구원은 연구용역을 수행하는 전문연구기관으로 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 및 동법시행령 제37조 규정에 의하여 부가가치세 면세사업자이나, 동법 제12조 제4항 및 동법시행령 제47조 규정에 의하여 1987. 7. 1 면세를 포기하였음. 당 연구원이 정부와 관련 공공기관이 시행하는 공업기반기술 개발사업 등 각종 국책 연구개발 사업을 수행하고 지급받는 연구개발 사업비중 정부출연금에 대한 부가가치세 과세여부를 다음과 같이 질의함.

가. 공업발전법 제13조 및 동법시행령 제8조에 의거 산업자원부가 주관하는 공업기반기술 개발사업 중 중기거점 기술개발 사업의 추진체계는 총괄주관기관, 주관기관, 참여기업 및 위탁개발기관으로 구성됨.

또한 동 기술개발 사업비는 정부출연금과 참여기업의 부담금(민간부담금)재원으로 하며 공업기반기술 개발사업 운용요령(산자부공고)에 의하여 엄격히 관리되고 있음.

동사업을 수행함에 있어서 철강업계의 공동기술 개발을 위하여, 산업기술조합육성법에 의하여 설립된 ○○신철강연구조합(연구개발기능 없음)의 조합원사를 참여기업으로 하고, 동 조합이 총괄주관기관, 당 연구원이 세부 주관기관이 되어 정부(통상산업부장관)와 총괄주관기관(○○신철강연구조합)간의 협약 및 총괄주관기관과 세부주관기관(당연구원)간의 협약에 의하여 당 연구원이 실질적인 연구개발 사업을 수행하는 경우 동 사업비중 정부출연금에 대하여도 부가가치세 과세대상에 해당되어, 별도 부가가치세를 징구하고 세금계산서를 교부하여야 하는지.

(당연구원 의견)

동 연구개발 사업비중 정부출연금은 국가가 산업정책적 견지에서 시험연구의 촉진, 기술의 개발 및 향상을 목적으로 무상으로 교부하는 금액이므로 부가가치세법 제13조 제2항 제4호의 국고보조금, 공공보조금에 해당되어, 연구개발사업 용역을 공급받는 자로부터 직접 영수하는 것이 아닐 뿐만 아니라, 당해 보조금에 대한 부가가치세를 공공단체가 부담하지 않도록 하기 위한 동법 입법취지에 따라 동 사업비중 정부출연금은 부가가치세 과세표준에서 제외하고 참여기업의 민간부담금에 대하여만 부가가치세를 과세하여야 할 것으로 생각됨.

나. 기술개발촉진법 제8조의 2에 의거 과학기술부가 주관하는 특정연구 개발사업, 대체에너지개발촉진법 제2조에 의거 산업자원부가 주관하는 대체에너지 보급사업, 환경부가 주관하는 환경공학기술개발사업 등 각종 국가주도 연구개발 사업비도 “가” 항의 사업과 유사한 추진체계로서 정부출연금과 민간 참여기업 부담금을 재원으로 하여 동 사업을 추진함에 있어서

당 연구원이 해당 사업의 전담기관인 ○○연구소, ○○센타, ○○연구원 등과 동사업 추진 협약체결을 통하여 주관 연구기관으로서 실질적인 연구개발 사업을 추진하는 경우(유형1)와, 정부출연연구소, 대학 등 주관 연구기관과 당 연구원이 공동으로 동 연구개발사업을 추진하면서 주관 연구기관과 협약에 의하여 위탁개발 기관으로 참여하는 겨우(유형2), 유형1, 2의 각각 연구개발 사업비중 정부출연금과 민간부담금에 대한 부가가치세 과세대상 해당여부와 세금계산서 교부방법은.

【회신】

보조금의 예산 및 관리에 관한 법률에 의해 보조금의 교부대상이 되는 보조사업을 수행하는 자가 보조사업을 수행하고 국가 등으로부터 직접 교부받는 보조금은 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것이나, 면세포기신고를 한 사업자가 동법률에 의한 보조금이 아닌 정부출연금 등을 재원으로 국가 등이 시행하는 연구개발사업에 따라 연구개발용역을 제공하고 그 대가를 받는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함하는 것임.

○ 소비22601-984, 1985.9.19

【요약】

이농 및 전기수용의 폐지로 인하여 잔여수용가가 추가하여 부담하게 될 융자상환금을 정부가 예산에 반영하여 보전하여 주는 것은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호에 의한 국고보조금으로 봄.

【질의】

"전기사업자가 전력을 공급하는 단위 공사지역 내에서 전기 수용가의 이농 및 수용폐지로 인하여 다른 전기수용자의 상환금의 월 부담액이 배전시설공사 당시 부담하여야 할 상환금의 월부담금액을 초과하게 되는 경우에는 그 초과분에 대하여는 전기사업자가 우선 부담하고 정부는 다음 연도 예산에 반영하여 이를 보전한다.” 고 농어촌전화촉진법(법률 제3781호, 1984. 12. 31) 제12조 제3항에 규정되어 있는바, 동 규정에 의하여 ○○공사가 정부로부터 보전받는 금액이 부가가치세 과세표준에 포함되는지 여부에 대하여 의문이 있어 질의함.

(갑설) 부가가치세 과세표준에 포함한다.

(이유) 전기사업자와 전기수용자 간에는 배전시설 공사대금에 대하여 이미 공급가액(상환금)이 확정되었으며, 정부가 예산에 반영하여 보전하여 주는 금액은 이농 및 수용폐지를 한 전기수용자가 소속하였던 단위공사 지역내의 잔여수용가를 위하여 대신 지급하는 것이기 때문이다.

(을설) 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니한다.

(이유) 이농 및 전기수용의 폐지로 인하여 잔여 수용가가 추가하여 부담하게 될 융자상환금을 정부가 예산에 반영하여 보전하여 주는 것은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호에 의한 국고보조금으로 보아야 하기 때문임.

【회신】

“을설” 이 타당함.

○ 재무부 소비 22601-740, 1989.7.11

국고보조금(國庫補助金)은 국가의 산업정책적 견지에서 기업설비의 근대화, 시험연구의 촉진, 기술의 개발 및 향상, 재해복구 등의 목적으로 보조금관리규정에 의하여 시설자금이나 운영자금으로서 무상으로 교부하는 보조금을 말하고, 공공보조금(公共補助金)은 공공단체가 산업의 육성이나 사회공공사업의 조성 등 행정상의 목적을 위하여 교부하는 금액을 말한다.

여기서 과세표준에 포함하지 아니하는 국고보조금과 공공보조금이라 함은 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 공급받는 자로부터 그 대가를 받는 것이 아니라 국가나 공공단체로부터 보전(補塡)받는 보조금을 말하는 것으로, 공급받는 자가 국고보조금 또는 공공보조금을 재원으로 하여 그 대가를 지급하는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함한다