1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 원자력연구원은 특정연구개발 육성법에 의해 설립된 비영리내국법인으로 정관 제4조에서 ‘방사선 및 동위원소이용에 관한 연구’를 목적사업으로 하며, 관련 연구를 위해 시험농장을 운영하고 있음.

- 시험농장은 1973년 정부에서 출연받았으며, 1993년 도시지역(미금시)으로 편입되어 일반주거지역으로 분류되고 있으며,

- 시험농장 일부는 택지개발사업지구로 지정되어 2000년 일부 매각되고, 잔여토지는 방사선을 이용한 품종개량 연구목적으로 연구사업에 계속 사용중임.

- 수도권 소재의 시험농장을 지방으로 이전해 새로운 농지를 취득하기 위해 상기의 시험농지를 매각할 예정임.

○ 질의요지

1) 잔여 시험농장을 매각시 매각차익에 대한 법인세 과세여부

 - 시험농장은 1973년 정부출연하여 현재까지 35년동안 정관에 규정된 연구사업을 수행하고 있음.

2) 잔여 시험농장을 매각시 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 적용여부를 검토함에 있어 비사업용 토지인 농지에 해당하는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

□ 법인세법 제55조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (2005. 12. 31. 후단신설) (중략)

 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설)

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

 1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

가. 농업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 「농지법」 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 농지를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)

나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역(「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의한 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호의 규정에 의한 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안의 농지. 다만, 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 농지를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설) (이하생략)

□ 법인세법 시행령 제92조의 5 【농지의 범위 등】

① 법 제55조의 2 제2항 제1호에서 “농지”라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다. (2005. 12. 31. 신설) (중략)

③ 법 제55조의 2 제2항 제1호 가목 단서에서 “「농지법」 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 농지”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

 1. 「농지법」 제6조 제2항 제2호ㆍ제6호ㆍ제10호 가목 또는 다목에 해당하는 농지 (2008. 2. 22. 개정) (중 략)

④ 법 제55조의2제2항제1호나목 본문에서 "대통령령이 정하는 지역"이라 함은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 녹지지역 및 개발제한구역을 말한다.

⑤ 법 제55조의 2 제2항 제1호 나목 단서에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 2년을 말한다. (2005. 12. 31. 신설) (이하생략)

□ 농지법 제6조 【농지 소유 제한】

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 자기의 농업경영에 이용하지 아니할지라도 농지를 소유할 수 있다. (2007. 4. 11. 개정) (중략)

 2. 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 농림수산식품부령으로 정하는 공공단체ㆍ농업연구기관ㆍ농업생산자단체 또는 종묘나 그 밖의 농업 기자재 생산자가 그 목적사업을 수행하기 위하여 필요한 시험지ㆍ연구지ㆍ실습지 또는 종묘생산지로 쓰기 위하여 농림수산식품부령으로 정하는 바에 따라 농지를 취득하여 소유하는 경우 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 정부조직법 부칙) (이하생략)

□ 농지법 시행규칙 제5조 【시험지ㆍ연구지ㆍ실습지 등의 용도로 농지를 소유할 수 있는 공공단체 등의 범위】

법 제6조 제2항 제2호에서 “농림부령으로 정하는 공공단체ㆍ농업연구기관ㆍ농업생산자단체 또는 종묘나 그 밖의 농업 기자재 생산자”란 별표 2에 해당하는 단체 또는 기관을 말한다. (2007. 7. 4. 개정)

□ 농지법 시행규칙 【별표 2】 (2008. 6. 13. 개정)

실습지등으로 농지를 소유할 수 있는 공공단체 등의 범위(제5조 관련)