1. 질의내용 요약

임시투자세액공제를 적용함에 있어 투자가 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 이루어지는 경우, 투자단위별로 투자금액 전체에 대해 투자를 완료한 사업연도에 세액공제를 적용할 수 있는지 여부

〈갑설〉 투자금액 전체에 대해 투자를 완료한 사업연도에 임시투자세액공제 적용 가능

（이유）

ㆍ조세특례제한법 시행령 제23조 제3항에 의하면 임시투자세액공제는 투자가 이루어지는 각 과세연도 또는 당해 투자가 완료된 과세연도에 적용받도록 규정

⇒ 진행기준과 완료기준을 선택 가능함

ㆍ임시투자세액공제 적용기간을 연장할 때마다 법 또는 시행령 부칙에서 규정하는 완료의제일은 완료기준을 선택한 경우 일몰이 도래하여 세액공제제도가 폐지되면 투자세액공제를 적용받지 못하는 불이익을 고려한 규정으로서 적용기간이 연장되지 않더라도 지금까지 투자한 금액에 대해 세액공제를 적용받을 수 있도록 하여 완료기준 문제점을 보완하는 규정이라 할 수 있음.

ㆍ또한, 세법 개정으로 임시투자세액공제의 일몰기한을 계속 연장하면서 개정 세법 부칙에서 완료의제일을 새로이 규정하고 있으므로 구법 부칙에서 규정하는 완료의제일은 효력을 상실하고, 개정 세법의 부칙에서 정하는 완료의제일만이 유효

ㆍ따라서, 투자를 완료한 사업연도에 투자금액 전체에 대해 일시에 임시투자세액공제를 적용 가능함.

〈을설〉 당해 사업연도에 투자한 금액(진행기준) 또는 완료의제일까지 투자한 금액(완료의제기준)에 대해 임시투자세액공제 적용

（이유）

ㆍ조세특례제한법 시행령 제23조 제3항에서 투자가 이루어지는 각 과세연도 또는 당해 투자가 완료된 과세연도에 적용받도록 하여 진행기준과 완료기준을 선택 가능하도록 규정하고 있으나, 임시투자세액공제 적용기간을 연장할 때마다 법 또는 시행령 부칙에서 완료의제일을 규정하여 완료의제일까지 투자분은 완료의제일이 속하는 사업연도에 세액공제를 적용받도록 하고 있음.

※ 적용기한 연장일 기준으로 투자가 완료되지 아니한 경우 연장일까지 투자한 분에 대하여는 연장일 현재 투자가 완료된 것으로 보아 조세특례제한법 시행령 제23조 제3항의 과세연도를 적용

ㆍ완료의제일 규정은 완료기준을 선택한 경우 일몰이 도래하여 세액공제제도가 폐지되면 투자세액공제를 적용받지 못하는 불이익을 고려한 규정이었으나, 임시투자세액공제 적용기간을 1년 또는 6월 단위로 계속 연장하면서 그 때마다 완료의제일을 규정하여 완료의제일에 따라 사업연도를 적용하도록 규정

ㆍ법률에서 부칙은 시행일, 적용례 등을 규정하는 조항으로서, 법률이 개정될 때마다 신설되는 개정 세법 부칙에 의해 구 부칙의 효력이 상실되는 것은 아니므로 구 부칙에서 정하는 완료의제일도 완료일로 보아 사업연도를 적용하는 것이 타당함.

ㆍ따라서, 완료의제일까지의 투자금액 또는 투자가 이루어지는 당해 사업연도의 진행률에 의해 계산한 금액에 대해 세액공제를 받아야 함.