1. 질의내용 요약

○사실관계

- 당사는 ‘주거용 건물 개발 및 공급업’을 주업으로 하고 있으며, 2005년 2월 서울시 소재 토지를 취득하였음

- 2005년 4월 노인복지주택으로 건축계획심의를 적법하게 신청하였으나, 2005년 6월 반려가 되었음

- 2006년 3월 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령｣에서 노인복지주택의 건축허용여부에 대하여 도시계획조례로 위임하였으며, 서울시에서는 도시계획조례에서 노인복지주택을 제한하였음

- 2007년 10월 서울시 도시계획조례에서 용적율 및 심의기준을 대폭 강화하여 허용하고 있음

- 2005년 2월 토지취득시 적법하게 사업이 가능하였던 용도가 당사의 건축계획심의 신청후 건축허가가 제한되었다가 심의기준을 강화하여 다시 허용하게 되었으나, 당초 당사가 계획하였던 내용과 현격히 차이가 발생하여 재추진을 하지 못하고 현재까지 오고 있음

○ 질의요지

- 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지 해당 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

□ 법인세법 제55조의2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (2005. 12. 31. 후단신설)

 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설)

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

③ 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2005. 12. 31. 신설)

□ 법인세법 시행령 제99조의11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제55조의 2 제3항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의 2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다. (2005. 12. 31. 신설)

 1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간 (2005. 12. 31. 신설)

 3. 그 밖에 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령이 정하는 기간 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙)

□ 법인세법 시행규칙 제46조의2【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 영 제92조의 11 제1항 제3호의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의 2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다. (2005. 12. 31. 신설)

 1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)ㆍ면허 등을 신청한 자가 「건축법」 제12조의 규정 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지 : 건축허가가 제한된 기간 (2005. 12. 31. 신설)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 법인세과-2892(2008.10.15)

 내국법인이 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 건축허가를 신청하였으나 「건축법」 제12조의 규정 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축할 수 없게 된 토지는 건축허가가 제한된 기간 동안 「법인세법」 제55조의 2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정하는 것이지만,

 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 적용하지 아니하는 것임

○ 서면2팀-1889(2007.10.18)

 1. ｢법인세법｣ 제55조의 2 토지 등 양도소득에 대한 과세특례를 적용함에 있어 비사업용 토지는 당해 토지를 소유한 기간 중 같은 법 시행령 제92조의 3에서 정하는 기간 동안 「법인세법」 제55조의 2 제2항 각호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말하는 것으로, 토지 소유기간이 같은 령 제92조의 3 제3호 가목 및 나목의 모두에 해당하는 경우 비사업용 토지로 보는 것임.

 2. 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 ｢법인세법 시행규칙｣ 제46조의 2 제1항 제1호를 적용하지 아니하는 것임

○ 서면2팀-1197(2008.06.13)

 1. 귀 질의의 경우, 질의의 토지가 토지 취득 전부터 법령에 의해 사용이 제한된 토지인지 여부는 사실관계에 따라 별도로 판단할 사항이며, 본 회신은 토지 취득 전부터 법령에 의해 사용이 제한된 토지임을 전제로 하는 일반적인 경우에 대한 회신임.

 2. 법인이 법령에 의해 사용이 제한된 토지를 취득한 이후 당해 법령에 의한 사용 제한이 해제되고, 다른 법령에 의해 계속 당해 토지의 사용이 제한된 경우에는 「법인세법 시행령」 제92조의 11 제1항 제1호의 규정에 의한 “토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지”에 해당하지 아니하는 것임.