1. 질의내용 요약

Ⅰ. 사실관계

당사는 제조업을 영위하는 법인으로서, 서울의 공장을 지방으로 이전하여 2005년부터 동 공장에서 완성품이 생산되는 바, 조세특례제한법 제63조의 2［법인의 공장 및 본사의 수도권 외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면］을 적용받을 예정임. 이와 관련하여, 동 지방공장에 새로이 설치할 생산설비에 대하여 계속적으로 투자를 진행 중에 있으며, 2004년 말까지 투자가 대부분 완료될 예정에 있음. 동 투자금액에 대한 임시투자세액공제액은 예상되는 산출세액과 비교하여 볼 때 상당히 큰 금액이므로 대규모의 이월세액 공제금액이 발생될 것으로 예상됨.

Ⅱ. 질의사항

당사의 서울 공장의 지방이전과 관련하여,［법인의 공장 및 본사의 수도권 외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면］과 임시투자세액공제의 적용과 관련하여 아래와 같이 질의함.

- 아 래 -

(질의) 조세특례제한법 제63조의 2 에서의 감면(최저한세 적용대상 아님)과 임시투자세액공제(최저한세 적용대상임)의 이월세액공제가 동일과세기간내에 적용가능한 경우, 감면 및 공제의 적용방법.

 (가정)

공장지방이전에 대한 감면비율 : 100％

〈갑설〉 최저한세계산시, 최저한세적용대상이 아닌 감면소득을 제외한 비감면소득만을 기준으로 계산하여, 최저한세 적용대상 세액공제를 적용한 후, 감면세액을 적용함.

감면세액 : 25(공장지방이전감면세액에 대해서는 농특세가 부과되지 아니함)

최저한세 : △20 × 15％ ＝ 0

이월세액공제금액 : 0

납부할 세액 : 0(산출세액 ― 감면세액 ― 이월세액공제)

（이유） 법인세법 제59조에서는 동일 과세기간내에 세액감면과 세액공제가 중복하여 적용되는 경우, 세액감면을 우선하여 적용하도록 규정하고 있으므로, 조세특례제한법 제63조의 2에서 규정한 감면을 우선하여 적용하는 것임.

최저한세의 계산구조 상 감면후 세액의 계산시, 최저한세적용대상만을 차감하여 계산하도록 되어 있으므로, 감면세액을 우선하여 적용하기 위해서는, 상기 계산과 같이 최저한세 계산시에 최저한세적용대상이 아닌 소득을 제외하고 계산하여야 함.

〈을설〉 임시투자세액공제의 이월세액을 우선하여 공제하는 것임.

최저한세 : 100 × 15％ ＝ 15

최저한세 범위내 이월세액공제 금액 : 10 (산출세액 － 최저한세)

감면세액 : 15 (산출세액 － 이월세액공제금액)

(임시투자세액공제에 대해서는 농특세 20％ 적용됨)

납부할 세액 : 0 (산출세액 － 이월세액공제 － 감면세액)

（이유） 조세특례제한법 제132조에서 규정하고 있는 최저한세의 계산구조는, 최저한세적용대상 세액감면 및 공제후의 감면 후 세액이 과세표준에서 조세특례제한법에 의한 준비금등의 손금산입 및 소득공제금액을 가산한 금액에 15％(중소기업은 12％)를 적용한 금액에 미달하는 경우에는 적용한 공제감면세액중 동 미달하는 금액을 적용 배제하도록 규정하고 있음.

즉, 감면 후 세액을 계산시에 최저한세적용대상만을 포함하고 있으므로 동 계산구조 상 최저한세적용대상 세액감면 및 공제를 우선하여 적용하는 것이 타당함.

또한, 서이 46017-10725, 2003.4.7. 에서도, 최저한세의 적용대상이 되는 임시투자세액공제를 우선 적용한 후의 세액에서 최저한세 적용대상이 아닌 감면을 적용받도록 해석하고 있으므로, 최저한세적용대상이 되는 임시투자세액의 이월세액을 우선하여 적용한 후, 산출세액에서 동 이월세액을 적용한 후의 세액을 기준으로 감면세액을 계산하는 것임.

〈병설〉 납세자의 선택에 의하여 최저한세적용대상이 아닌 세액감면 또는 최저한세적용대상인 세액공제의 이월공제를 우선하여 적용하는 것임.

（이유） 조세특례제한법에서 규정하고 있는 각각의 조세특례는 취지 및 목적이 상이하므로, 개별 납세자는 추구하는 목적에 따라서 각각의 조세특례를 선택하여 적용받는 것이 타당한 것임.

따라서, 중복적용이 배제되는 조세특례에 대하여서는 납세자의 선택에 의하여 적용이 가능한 것이며, 중복적용이 가능한 조세특례에 대하여서는 납세자에게 유리한 조세특례를 우선하여 적용하도록 규정하고 있는 것임.

법인세법 제59조에서 규정하고 있는 세액감면과 세액공제의 중복적용시 우선적용순서 및 조세특례제한법 시행령 제126조 제5항에서 규정하고 있는 조세감면 배제시의 우선적용순서에 대한 규정은, 중복적용가능한 조세특례가 있는 경우에 납세자에게 유리한 조세특례를 우선하여 적용되도록 하는 것이 그 취지임.

이러한, 조세특례에 대하여 적용순서를 강행하는 경우에는 납세자의 선택권을 침해하는 결과를 가져올 수 있으므로 부당한 것임. 따라서, 최저한세적용대상인 세액공제의 이월공제와 최저한세적용대상이 아닌 세액감면이 중복적용가능한 경우에는 납세자의 선택에 의하여 우선적용여부를 결정하는 것임.