1. 질의내용 요약

1. 국세청 서면2팀-110(2006.1.12.)의 답변에서 비영리내국법인으로서 법인으로 보는 단체의 경우에는 법인세법 시행령 제56조 제1항의 규정에서 정한 단체에 한하여 같은법 제29조의 규정을 적용할 수 있는 것이라 하였음.

이 답변은 주무관청에 등록되지 않은 개별교회에 대해 고유목적사업준비금을 설정 할 수 없다는 것임.

국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의거 관할세무서장으로부터 “법인으로 보는 단체의 승인”을 얻고 개별교회가 소속한 (사)한국기독교총연합회가 주무관청에 허가(등록)되어 있다면 당연히 고유목적사업준비금을 설정할 수 있어야 함.

2. 본 교회는 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체의 승인을 얻은 개별교회이며, 직접 주무관청인 문화관광부에 등록되어 있지 않았으나 ① (사)한국기독교총연합회가 문화관광부장관으로부터 법인설립허가를 받았고 ② 대한예수교장로회(합신)총회는 (사)한국기독교총연합회 가맹교단임이 증명되고 ③ 본 교회는 대한예수교장로회(합신)총회에 회원교단임이 증명됨. 이 경우에 주무관청에 직접 등록되지 않은 본 교회의 경우 고유목적사업준비금을 설정할 수 있는 단체에 해당되는지 여부

(1) 법인세법 제29조(고유목적사업준비금의 손금산입) 제1항에서 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다) ∼ 이하 생략 ∼ 고 되어 있음.

(2) 그리고, 법인세법 제29조 제1항에서 대통령령이 정하는 단체를 같은법 시행령 제36조 제1항 마목에서 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체”로 규정하고 있음.

(3) 법문대로 해석하면 주무관청에 등록되지 않은 개별교회가 고유목적사업준비금을 설정할 수 없음. 한국에는 5만 개별교회들이 있는데 개별적으로 주무관청인 문화관광부에 직접 등록한 종교법인체 총괄표(문화관광부 종무실 2005.3.31. 기준)를 보면 재단법인 118개, 사단법인 121개에 불과하며 그 내용을 보면 개별교회는 없고 (사)한국기독교총연합회 및 유지재단 등이 등록되어 있을 뿐임.

(4) 또한, 소득세법 제52조 제6항의 규정에 의거 특별공제대상이 되는 기부금의 경우에는 개별교회인 종교단체가 주무관청에 등록되지 아니한 때에도 기부금납입영수증 이외 그 개별종교단체가 소속한 총회 또는 중앙회 등이 주무관청에 등록되어 있음을 중명하는 서류를 원천징수의무자에게 제출하면 공제대상이 된다(국세청 인터넷상담 84221, 2004.7.19.)고 함.

(질의내용)

소득세법에서도 기부금 특별공제를 받기 위해 그 개별종교단체가 소속한 총회 또는 중앙회 등이 주무관청에 등록되어 있음을 증명하는 서류를 원천징수의무자에게 제출하면 공제대상이 된다고 하였으므로, 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의거 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체의 승인을 얻고 개별교회들이 직접 주무관청에 등록된 단체가 아니더라도 개별교회가 소속한 (사)한국기독교총연합회가 주무관청에 허가를 받은 경우 고유목적사업준비금을 설정할 수 있는지.