1. 질의내용 요약

1. 사실관계

소프트웨어 자문개발용역과 컴퓨터 프로그램 매체제조업을 영위하는 내국법인 갑은 기술개발촉진법시행규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고된 연구개발 전담부서를 두고 있음. 갑은 외국법인 을과 체결한 소프트웨어개발용역계약에 따라 자신의 연구개발 전담부서로 하여금 동 개발용역을 수행케 하고, 그 대가로 을로부터 거기에 소요된 인건비 및 기타 직접비와 간접비의 합계액의 110％를 수령하고 있음. 이와 같이 갑의 연구개발 전담부서가 소프트웨어 연구개발용역을 수행한 결과 개발된 소프트웨어에 관한 저작권 및 기타 권리는 을에게 귀속됨.

2. 질의요지

갑의 연구개발 전담부서가 을에게 소프트웨어 개발용역을 제공하고 그 대가를 수령하고 있음에도(즉, 타인을 위하여 개발용역을 제공하는 사업을 영위하고 있음에도) 불구하고, 동 전담부서가 지출한 인건비 등 조세특례제한법(“법”)시행령(“영”) 제9조 제2항 별표 6 제1항 (가)목 소정의 비용(“대상비용”)에 관하여 법 제10조 소정의 연구인력개발비세액공제(“세액공제”)가 허용되는가의 여부

〈갑설〉 국세청 의견

법 제10조의 세액공제는 각 과세연도 중에 연구 및 인력개발을 위해 지출된 비용 중 대상비용에 관하여만 허용되는 것으로서, 다른 법인으로부터 위탁받은 연구개발 용역업무에 종사하는 자의 인건비에 대하여는 법 제10조의 세액공제가 허용되지 아니함(별첨 국세청 예규 제도 46012-10567, 2001. 4. 13)

〈을설〉 질의자 의견

갑의 연구개발 전담부서가 타인의 의뢰에 기해 대가를 받고 소프트웨어 개발용역을 제공하는 사업을 영위하는 경우에도, 동 전담부서가 지출한 대상비용에 대하여는 법 제10조의 세액공제가 허용되어야 함.

（이유 1）

영 제9조 제2항 별표 6 (가)목은 기술개발촉진법시행규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고된 기업내 연구개발 전담부서(이하 “전담부서”)에 근무하는 연구요원 및 이들을 직접 지원하는 자에 대한 인건비 등의 비용은 법 제10조의 세액공제 대상비용으로 열거하고 있음. 그런데 여기서 특기할 것은 별표 6 제1항 (가)목의 문언이 전담부서가 대상비용을 지출하면 그것으로 족할 뿐, 동 전담부서가 당해 기업내 영업부서(예 : 공장부문)를 지원하기 위해 연구개발을 행하는가 아니면 직접 타인을 위해 이를 행하는가의 여부는 이를 전혀 따지지 않도록 규정하고 있다는 점임. 그렇다면, 이 건의 경우처럼 전담부서가 직접 타인을 위하여 연구개발행위를 수행하고 그로부터 수익을 직접 창출하는 경우에도, 동 전담부서가 지출한 대상비용에 대하여는 당연히 법 제10조의 세액공제가 주어져야 할 것임.

（이유 2）

갑설은 전담부서가 수익을 창출하는 부서(예 : 공장부문)를 지원하는 경우에만 법 제10조의 세액공제를 허용하고 동 전담부서 자신이 직접 수익을 창출하는 경우에는 이를 부인한다는 것에 다름 아님. 그러나, 법 제10조가 연구개발(기본통칙 9-8-1 제2항에 의하면, “연구개발”은 기술개발촉진법 제2조 제1호의 “기술개발”을 의미)행위에 대하여 세액공제혜택을 부여한 것은 활발한 연구행위를 통해 개발된 기술의 산업화는 곧바로 제품 경쟁력 제고와 수익 극대화로 이어지기 때문임.

그렇다면, 전담부서가 타인의 의뢰를 받아 연구개발용역을 수행하고 그 대가를 지급받는 이 건의 경우에 대하여는 오히려 세액공제혜택을 우선 적용되어야 할 것임. 왜냐하면, 전담부서가 공장부문 등 영업부서를 지원하기 위하여 연구개발을 행하는 경우에는 간접적인 수익 창출 효과만을 기대할 수 있으나, 전담부서가 대가를 받고 연구개발을 수행하는 경우에는 직접적인 수익 창출 효과를 거둘 수 있기 때문임. 질의자의 이런 견해는 신기술 개발을 촉진하고 그 성과를 보급하여 기업의 국제경쟁력을 강화함으로써 국민경제 발전에 이바지하고자 하는 기술개발촉진법의 제정목적(동법 제1조)과도 그 궤를 같이 하고 있음.

（이유 3）

갑설이 이와 같이 해석한 것은 영 제9조 제2항 별표 6 제1항 (가)목의 제목이 “자체기술개발”이라는 점에 착안한 것으로 보임. 즉, 갑설은 “자체술개발”의 “자체”라는 문언을 “동일한 기업의 내부”로 읽은 나머지, 전담부서가 기업내 다른 부서(예 : 공장부문)를 지원하기 위해 연구개발을 수행하는 경우에만 세액공제가 허용된다고 해석하고 있는 것임.

그러나 (가)목의 “자체기술개발”은 (나)목의 제목인 “위탁 및 공동기술개발”에 대응되는 문언으로서, 이는 타인에게 위탁하거나 타인과 공동으로 기술을 개발하는 것이 아니라 당해 기업 독자적으로 기술을 개발하는 것을 의미함. 바꾸어 말하면, (가)목 및 (나)목의 제목은 연구개발의 효익 귀속자가 아니라 연구개발의 주체를 중심으로 기술개발행위를 구분한 것에 불과함. 그렇다면, 갑설이 전담부서가 행한 연구개발의 효익이 동일 기업내 타 부서에 귀속되는 경우에만 법 제10조의 세액공제가 허용된다는 취지로 해석한 것은 “자체기술개발”이라는 문언을 오해한데서 비롯된 것이라 할 수밖에 없을 것임.