1. 질의내용 요약

〈사실관계〉

○ S세무서는 토목공사업을 영위하는 K법인에 대하여 1996년부터 1998년까지 가공 세금계산서를 수취한 것으로 보아 법인세 등을 추징하였음.

○ K법인은 1996년부터 1998년 사이에 작성한 어음기입장과 위장자료임을 주장하는 A씨(중기사업자를 관장)의 확인서를 첨부하여 2001년부터 2002년까지 일부는 심사청구를 하고, 일부는 심판청구를 제기하였으나, 쟁점세금계산서에 상응하는 중기건설용역을 제공받았다고 인정할 만한 원시 증빙자료를 제시하지 못하여 기각되었음(2002.3.14.).

○ K법인의 전대표이사 甲은 행정소송을 포기하고, 2004년3월 그동안 제출하지 못했던 “현장별 작업일지”, “어음장 사본” 등 새로운 증빙을 첨부하여 S세무서에 고충민원을 제기하였고

○ S세무서는 이미 심사청구와 심판청구에서 받아들여지지 않은 사안이지만 새로운 증빙을 제출함에 따라 납세자보호사무처리규정 제30조에 의거 납세자의 권익보호차원에서 사실확인을 통해 부과제척기간이 남아있는 1998년 귀속분 중 실지거래임이 확인되는 부분을 인정하여 일부 환급조치 하였으나

- 1996∼1997사업연도는 부과제척기간(5년)이 경과하여 심의대상에서 제외하였음.

○ K법인의 전 대표이사 甲은 과세관청에서 자료상으로부터 허위의 세금계산서를 받아 비용을 과대계상하는 방법으로 세금을 탈루한 것으로 간주하고 추징한 것이기 때문에 사기기타부정한 행위로 보아 국세부과제척기간 10년을 적용하여 1996∼1997사업연도분도 환급함이 타당하다고 주장함.

〈질의내용〉

(질의 1) 1996∼1997 사업연도분 중 실지거래임이 확인되는 부분에 대해 부과제척기간이 경과하였더라도 과세관청이 환급결정할 수 있는지 여부

〈제1안〉 : 환급할 수 없음.

〈제2안〉 : 환급할 수 있음.

(질의 2) 질의 1에서 〈제1안〉이 채택될 경우로서 위 사례가 사기 기타 부정한 행위에 해당된다면 부과제척기간 10년을 적용하여 환급할 수 있는지 여부

〈제1안〉 : 환급할 수 있음.

〈제2안〉 : 환급할 수 없음.

(질의 3) 부과 당시에는 당해 사안이 사기 기타 부정한 행위에 해당되는지를 적시하지 않고 탈루한 세액을 추징만 하였으나, 5년 부과제척기간이 경과한 이 시점에서 사기기타부정한 행위로 인정되면 부과제척기간10년을 적용할 수 있는지 여부

〈제1안〉 :부과 당시 사기 기타 부정한 행위로 보지 않았더라도 현재 사기 기타 부정한 행위로 인정된다면 10년의 국세 부과제척기간을 적용할 수 있음.

〈제2안〉 : 부과당시 사기 기타 부정한 행위로 보아 경정하지 않았다면 현재 사기기타 부정한 행위로 인정되더라도 10년의 국세부과제척기간을 적용할 수 없음.