1. 질의내용 요약

○ 사실관계

-｢수도권 과밀억제권역(경기 성남)에 본사 및 제1공장 소재, 성장관리권역(경기 화성)에 제2공장 소재｣하는 기업이 위 각 사업장을 개발 중인 원주기업도시에 통합하여 이전하고자 하며, 동 기업은 각각 아래와 같이 법인세 감면조건에 해당함

-성남 소재 사업장의 원주 기업도시로의 이전

  → 조세특례제한법 제63조의2 제2항의 감면요건과 동법 제121조의17 제2항의 감면요건을 동시에 충족

-화성 소재 사업장의 원주 기업도시로의 이전

  → 조세특례제한법 제63조의2 제2항의 감면요건은 충족시키지 못하나, 동법 제121조의17 제2항의 감면요건은 충족

○ 질의요지

-위 기업이 기업도시 내에 이전하여 가동함으로써 발생하는 소득에 대한 법인세 감면방법은 ?

 ①원주 통합 사업장에서 발생하는 소득을 성남 사업장 이전분과 화성 사업장 이전분으로 구분하여 성남 사업장 이전분에 대해서는 조세특례제한법 제63조의2 제2항에 의거하여 감면받고 화성 사업장 이전분에 대해서는 동법 제121조의17 규정에 의한 감면을 적용받는지 ?

 ②또는 원주 통합 사업장에서 발생하는 전체 소득에 대하여 조세특례제한법 제63조의2 제2항에 의거하여 감면받는지?

 ③아니면 원주 통합 사업장에서 발생하는 전체 소득에 대하여 조세특례제한법 제121조의17 규정에 의거하여 감면받는지?

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○조세특례제한법 제63조의2【법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면】

① 다음 각호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "수도권 외 지역이전법인"이라 한다)은 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 소비성서비스업, 대통령령이 정하는 부동산업 및 건설업을 영위하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다. (2007.12.31. 개정)

 1. ～ 2. 생략

② 수도권외 지역이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 종료하는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (2007.12.31. 개정)

 1. 공장을 이전한 경우에는 당해 공장에서 발생하는 소득

 2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득 (2004.12.31. 개정)

  가. 당해 과세연도의 과세표준에서 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익을 차감한 금액 (2005.12.31. 개정)

  나. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 이전 후에 받는 급여총액이 법인 전체인원이 받는 연간급여총액에서 차지하는 비율 (2002.12.11. 개정)

  다. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 수도권 안의 본사 근무인원과 이전본사 근무인원의 합계인원에서 차지하는 비율(동 비율이 100분의 50 미만인 경우에는 이를 영으로 본다) (2002.12.11. 개정)

 3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 당해 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.

○조세특례제한법 제121조의17【기업도시개발구역 입주기업 등에 대한 법인세 등의 감면】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 이 장에서 "감면대상사업"이라 한다)을 영위하기 위한 투자로서 업종 및 투자금액이 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 투자에 대하여는 제2항 내지 제4항에 규정하는 바에 따라 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세 및 재산세를 각각 감면한다. (2006.12.30. 개정)

 1. 기업도시개발구역에 2009년 12월 31일까지 입주하는 기업이 당해 구역 안의 사업장에서 영위하는 사업 (2006.12.30. 개정)

 2. 기업도시개발사업시행자가 영위하는 사업으로서 기업도시개발특별법 제2조 제3호의 규정에 의한 기업도시개발사업

② 제1항의 규정에 해당하는 기업의 감면대상사업에서 발생한 소득에 대하여는 사업개시일 이후 당해 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서 제1항 제1호의 경우에는 법인세 또는 소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을, 제1항 제2호의 경우에는 법인세 또는 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면하고, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서 제1항 제1호의 경우에는 법인세 또는 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을, 제1항 제2호의 경우에는 법인세 또는 소득세의 100분의 25에 상당하는 세액을 각각 감면한다. (2004.12.31. 신설)

○조세특례제한법 제127조【중복지원의 배제】

① ～ ④ 생략

⑤ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의 2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제33조의 2, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제85조의 6, 제121조의 8, 제121조의 9 제2항과 제121조의 2 또는 제121조의 4의 규정에 의한 소득세 또는 법인세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다. (2007.12.31. 개정)

○조세특례제한법 기본통칙 127-0…2【동일사업장 내의 별도공장에 대하여 각각 다른 감면적용 가능】

  동일부지내에 공장이 있더라도 각 제품별로 제조설비 및 공장건물을 별도로 설치하고 제조공정이 서로 무관한 제품을 생산하여 구분경리가 가능한 경우에는 공장별로 각각 다른 감면을 선택하여 적용받을 수 있다. (2002. 4. 15. 신설)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○재조예-17, 2005.01.07

내국법인이 동일한 사업장에서 제조업으로 창업한 후 도매업을 추가하여 겸영하면서 명확히 구분경리하는 경우 제조업에서 발생한 소득에 대하여는 조세특례제한법 제6조에서 규정하는 창업중소기업세액감면을 적용받고 도매업에서 발생한 소득에 대하여는 조세특례제한법 제7조에서 규정하는 중소기업특별세액감면을 적용받을 수 있는 것임.