1. 질의내용 요약

Ⅰ. 질의사항

(질의 1) 기업회계기준에 의한 유가증권의 평가를 하지 아니하여 이와 관련된 세무조정사항이 없는 피합병법인의 유가증권을 합병법인이 공정가액으로 평가하여 승계함으로써 그 승계가액이 피합병법인의 장부가액보다 낮은 경우에, 피합병법인의 장부가액과 승계가액의 차액을 피합병법인이 유가증권 평가와 관련하여 손금에 산입하지 아니한 금액으로 보아 법인세법시행령(2000. 12. 29 대통령령 제17033호로 개정된 것, 이하 같음) 제85조 제1항 제3호 단서의 규정을 적용할 수 있는지 여부에 관하여 다음과 같은 설이 었어 질의함.

《사례》

□ 유가증권 평가 및 승계현황

ｏ 피합병법인 : 기업회계기준에 의한 유가증권의 평가를 하지 않고 취득원가(1,513억원)로 계상

⇒ 유가증권 평가와 관련하여 익금 또는 손금에 산입하지 않은 금액 없음.

ｏ 합병법인 : 합병회계준칙상의 매수법에 의하여 합병하면서 당해 유가증권을 공정가액(“0”)으로 평가하여 승계

〈갑설〉 법인세법시행령 제85조 제1항 제3호 단서의 규정을 적용할 수 없음.

（이유） 법인세법시행령 제85조 제1항 제3호 단서의 규정에 따라 합병법인에게 승계되는 사항은

피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준의 계산에 있어서 기업회계기준에 의한 퇴직급여충당금의 적립 및 동 기준에 의한 유가증권의 평가와 관련하여 익금에 산입하지 아니하거나 손금에 산입하지 아니한 금액을 말하므로

이 건과 같이 피합병법인이 유가증권의 평가를 하지 아니함으로써 동 평가와 관련하여 손금불산입한 금액이 없는 경우에는 위 규정 적용의 여지가 없기 때문임.

〈을설〉 법인세법시행령 제85조 제1항 제3호 단서의 규정을 적용할 수 있음.

（이유） 피합병법인의 유가증권을 합병법인이 공정가액으로 평가하여 승계함으로써 그 승계가액이 피합병법인의 장부가액보다 낮은 경우에,

피합병법인의 장부가액과 승계가액의 차액은 사실상 피합병법인이 유가증권 평가와 관련하여 손금에 산입하지 아니한 금액으로 볼 수 있기 때문임.

(질의 2) 기업회계기준에 의한 유가증권평가를 하지 못한 법인 중 법인세법시행령 제85조 제1항 제3호 개정에 관한 입법예고 및 개정법령 공포전에 최종사업연도 법인세과세표준 및 세액신고기한이 경과된 법인은 국세기본법 제45조의 2 경정기간내에 합병보고총회 또는 합병보고이사회를 개최하여 피합병법인의 유가증권평가손실을 장부에 계상하고, 또 이것을 기준으로 하여 작성한 재무제표를 첨부하여 경정청구를 한 경우에는 동 피합병법인의 유가증권평가손실을 합병법인에게 승계할 수 있는지 여부

〈갑설〉 피합병법인이 기업회계기준에 따라 유가증권을 평가하고 동 평가손익을 세무조정하여 최종사업연도 법인세과세표준 및 세액 신고기한내에 신고한 경우에만 합병법인이 동 세무조정 사항을 승계 할 수 있음.

〈을설〉 기업회계기준에 의한 유가증권 평가를 하지 못한 법인 중 법인세법시행령 제85조 제1항 제3호 개정에 관한 입법예고 및 개정법령 공포전에 최종사업연도 법인세과세표준 및 세액신고기한이 경과된 법인은 국세기본법 제45조의 2 경정기간내에 합병보고총회 또는 합병보고이사회를 개최하여 피합병법인의 유가증권평가손실을 장부에 계상하고, 또 이것을 기준으로 하여 작성한 재무제표를 첨부하여 경정청구를 한 경우에는 동 피합병법인의 유가증권평가손실을 합병법인에게 승계할 수 있음.

（이유） 법인세법시행령 개정사항이 2000. 12. 29 공포되고 2000년도 합병분부터 소급 적용됨.

ｏ 개정령 공포일 이전에 동 시행령의 개정을 인지하지 못하고 합병을 완료한 경우로서 피합병법인이 기업회계기준에 따라 유가증권을 평가하지 않고 관련 세무조정을 하지 않은 경우에는 동 개정 시행령을 적용받을 수 있는 여지가 없는 바, 과세의 형평성에 문제가 있음.

Ⅱ. 개정 법인세법시행령(제85조 제1항 제3호) 적용시 문제점

ｏ 2000. 12. 29 동시행령 개정전에는 합병법인이 피합병법인의 유가증권을 기업회계기준에 의해 평가감한 가액 그대로 승계한 경우, 평가증 상당액은 추후 합병차익으로 과세되어지나, 평가감 상당액은 추후 합병법인이 동 유가증권을 양도할 때 손금으로 인정받지 못하는 문제가 있었음.

- 유가증권 평가차익이 발생한 경우에는 동 평가차익이 합병법인의 합병평가차익 또는 피합병법인의 청산소득으로 과세되고 과세된 금액은 합병법인의 취득가액으로 인정되어 문제가 없으나,

- 유가증권 평가차손이 발생한 경우에는 합병평가차손의 손비불인정 및 마이너스 청산소득에 따른 법인세 환급 불가로 평가차손 상당액에 대해서는 영원히 비용으로 인정받지 못하는 문제가 있었음.

- 물론 합병법인이 장부가액으로 승계한다면 이러한 문제가 발생하지 않으나 장부가액 승계시에는 합병법인의 합병사업연도에 대한 외부회계감사시 합병회계준칙 위배로 적정의견이 불가능한 바, 이에 따른 엄청난 불이익이 발생하므로 당시 법령으로는 추가적인 세부담을 감수할 수 밖에 없는 상황이었음.

ｏ 세법상자산의 가액은 시가가 아닌 취득가액을 기초로 계산하도록 되어있으며, 세무조정은 법인이 세법상의 제규정대로 소득금액을 계산하지 아니할 때, 예외적으로 수행하는 절차이지 반드시 하여야 할 필수적인 절차가 아님.

예) 취득가액 500억, 기업회계상 평가손 200억일 때

ｏ 2000. 12. 29 법인세법시행령(제85조 제1항 제3호 단서 규정) 개정으로 피합병법인이 기업회계기준에 따라 유가증권을 평가하고 관련 세무조정을 한 경우에는 합병법인이 관련 세무조정을 승계할 수 있게 되었고 이를 2000년도 중 합병한 경우에도 소급하여 적용됨에 따라

- 당사와 같이 시행령 개정전에 이미 합병절차를 완료한 경우로서 피합병법인이 유가증권을 기업회계기준에 따라 평가하지 않아 승계받을 수 있는 세무조정 금액이 없는 경우에는 아래의 사례와 같이 평가차손 상당액에 대해 추가적인 세부담을 하여야 하는 상황임.

〈예〉 유가증권 평가손실 발생시 세무조정 여부에 따른 세부담 차이 비교

ｏ 피합병법인 주식 취득가액 : 1,513/합병시 평가액 : O/합병법인 양도가액 : 1,513