4. 귀 질의4의 경우, 부가가치세법 중 개정법률(법률 제5585호) 제12조 제1항 제13호 및 동법시행령 중 개정령(대통령령 제15973호) 제35조의 개정규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 용역을 공급하는 사업자가 1999. 1. 1이후 부담한 매입세액으로서 동 개정법률 부칙 제2조 단서의 규정에 의하여 종전의 규정(부가가치세면세)을 적용받는 인적용역과 관련된 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호의 규정에 의하여 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이며 종전의 규정을 적용 받는 인적용역과 개정규정의 적용을 받는 인적용역의 공급에 공통으로 사용되어 실지귀속이 불분명한 매입세액은 부가가치세법시행령 제61조의 규정에 의한 공통매입세액에 해당하는 것임.

1. 질의내용 요약

당사는 엔지니어링진흥법에의한 엔지니어링업을 영위하는 법인으로 부가가치세법 개정에 따라 과세사업으로 당사가 제공하는 용역의 내용은 도로 및 교량, 터널 등의 설계, 교통계획, 도시계획, 환경영향평가, 교통영향평가를 주업으로 하고 있음. 당사의 모든 용역은 해당용역별로 계약에 의해 정해짐.

질의사항

1. 부칙 제2조의 “최초로 용역의 제공이 개시되는 분”이라 함은 다음 중 어느 것이 타당한지.

1) 계약서상 과업기간이 개시일

2) 착공계의 제출일

2. 연차계약의 경우 상기 부칙의 적용여부 - 연차계약이라 함은 장기용역계약의 경우 총용역기간과 총계약금액이 정해진 상태에서 1년의 기간단위로 당 계약하는 경우를 말함.

1) 최초의 용역제공 시기를 총용역계약으로 보아야 하므로 면세함.

2) 1년의 기간단위로 정산이 이루어지므로 새로운 계약으로 보고 과세함.

3. 용역수행 중 해당과업이 증액되는 경우 과업기간연장 및 총액분을 재계약하는 경우

1) 최초의 용역제공 시기를 총용역계약으로 보아야 하므로 면세함.

2) 신규계약으로 보고 과세함.

4. 면세사업관련 매입세액 불공제 여부

1) 회사의 전체사업은 과세사업이고 면세적용을 받는 분은 경과조치에 해당하므로 공제되어야 함.

2) 면세사업과 직접관련이 있는 매입세액을 불공제 처리함.

3) 공통매입세액의 경우라도 안분계산 하여야 함.