1. 질의내용 요약

종합경제연구 등의 목적으로 주무관청의 허가를 받아 민법 제32조의 규정에 의거 설립된 비영리법인 또는 대학(교) 부설연구소가 ‘국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률시행규칙’ 제9조 제2항 및 회계예규 ‘원가계산에 의한 예정가격작성준칙’ 제30조의 규정에 의하여 재정경제부장관에게 원가계산용역기관으로 등록하고 원가계산용역을 공급하는 경우 부가가치세 면제 여부에 대하여 다음과 같이 이견이 있어 질의함.

- 다 음 -

〈갑설〉부가가치세가 면제되는 학술연구용역의 공급에 해당하지 아니하여 부가가치세가 과세됨.

부가가치세법 제12조 제1항 제13호 및 동법시행령 제35조 제2호(라)목의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 학술연구용역은 새로운 학술이나 기술을 개발하기 위하여 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등을 연구하는 것으로 하고 있으므로 정부기관 등이 물품구매 또는 공사 발주시 기초자료로 활용할 수 있도록 재료비, 노무비 등 원가요소를 조사·분석하여 예정원가를 산정해 주는 원가계산용역은 학술연구용역으로 보기 어려움.

부가가치세법 제12조 제1항 제16호 및 동법시행령 제37조 제1호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 학술연구단체가 공급하는 재화·용역은 학술연구단체가 학술연구용역과 관련되어 공급되는 재화·용역을 말하는 것이나 원가계산용역은 학술연구용역으로 보기 어려우므로 학술연구단체가 동 용역을 제공하는 경우에도 부가가치세가 면제되지 않는 것으로 보아야 함.

〈을설〉부가가치세법 제12조 제1항 제16호 및 동법시행령 제37조 제1호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 학술연구단체가 공급하는 용역에 해당하여 부가가치세가 면제됨.

종합 경제연구 등을 목적으로 주무관청의 허가를 받아 설립된 비영리법인 등으로서 학술연구단체에 해당한다고 보아야 하며, 단체의 정관에 원가계산사업을 고유 목적사업으로 규정하고 있어 원가계산용역은 학술연구와 관련성이 있다고 보아야 함.

〈병설〉부가가치세법 제12조 제1항 제13호 및 동법시행령 제35조 제2호(라)목의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 학술연구용역의 공급에 해당하여 부가가치세가 면제됨.

원가계산용역은 고도의 전문지식과 기술을 바탕으로 시장조사, 재무 및 경영분석 등을 통하여 원가요소를 조사·분석하는 것이므로 학술연구용역에 해당되는 것으로 볼 수 있음.